PDB-4mph: Crystal structure of BaLdcB / VanY-like L,D-carboxypeptidase Zinc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mph

タイトル

Crystal structure of BaLdcB / VanY-like L,D-carboxypeptidase Zinc(II)-bound

要素

D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein

キーワード

HYDROLASE / structural genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Hedgehog/DD-peptidase fold / VanY-like family / MEROPS family M15B / zinc-dependent metallopeptidase / peptidoglycan metallopeptidase / BaLdcB / L / D-carboxypeptidase / tetrapeptidase / substrate L-Ala-D-iso-Gln-L-Lys-D-Ala

機能・相同性

機能・相同性情報

carboxypeptidase activity / proteolysis / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.0301 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Skarina, T. / Shatsman, S. / Peterson, S.N. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Structure of the LdcB LD-Carboxypeptidase Reveals the Molecular Basis of Peptidoglycan Recognition.
著者: Hoyland, C.N. / Aldridge, C. / Cleverley, R.M. / Duchene, M.C. / Minasov, G. / Onopriyenko, O. / Sidiq, K. / Stogios, P.J. / Anderson, W.F. / Daniel, R.A. / Savchenko, A. / Vollmer, W. / Lewis, R.J.

履歴

登録	2013年9月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月19日	Group: Structure summary
改定 1.2	2014年6月18日	Group: Database references / Other
改定 1.3	2014年7月23日	Group: Database references
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mph.cif.gz	174.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mph.ent.gz	139.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mph.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/4mph ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/4mph	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jidC 4ox3C 4ox5C 4oxdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7mi0-d 4avc-2 2ocx-d 4j2w-1 5iuf-1 4o2r-d 5ipp-1 6z1t-2 5buf-2 4avb-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP02154

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#192 - 2015年12月バンコマイシン (Vancomycin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein

B: D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein

ヘテロ分子

44.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
21.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
22.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.831, 112.337, 125.666
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-643- HOH
2	1	A-672- HOH

#1: タンパク質	D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein / Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase 分子量: 21828.436 Da / 分子数: 2 / 断片: VanY-like peptidase / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: AMES 遺伝子: BACI_C24940, BAS2349, BA_2526, DACA3, GBAA_2526, VANY プラスミド: PMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CODONPLUS(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q81QA6, UniProt: A0A6L8PDI9*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-PE3 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL / POLYETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-トリデカオキサヘンテトラコンタン-1,41-ジ(以下略) 分子量: 634.751 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₅₈O₁₅
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 460 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.39 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 30% PEG 4K, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.282 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月18日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.282 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.03→30 Å / Num. obs: 35417 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -2 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.8 % / R_sym value: 0.101 / Net I/σ(I): 32.11
反射シェル	解像度: 2.03→2.06 Å / 冗長度: 9.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.23 / Num. unique all: 1708 / R_sym value: 0.511 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX	(phenix.solve)	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.0301→28.308 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.76 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1894	3374	5 %	random
R_work	0.1491	-	-	-
obs	0.1511	67494	99.36 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.0301→28.308 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2931	0	14	460	3405

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	3064
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.991	4148
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.848	1155
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	434
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	533

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0301-2.0591	0.3023	135	0.2282	2578	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0591-2.0898	0.2362	138	0.2071	2548	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0898-2.1225	0.2777	134	0.1937	2590	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1225-2.1572	0.2171	145	0.1859	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1572-2.1944	0.2043	141	0.1769	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1944-2.2343	0.2266	141	0.1666	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2343-2.2773	0.1973	141	0.161	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2773-2.3237	0.2255	142	0.1568	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3237-2.3742	0.1978	141	0.1515	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3742-2.4294	0.1839	140	0.1524	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4294-2.4902	0.2045	139	0.162	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4902-2.5574	0.233	145	0.1689	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5574-2.6326	0.2276	143	0.1718	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6326-2.7176	0.2169	140	0.1601	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7176-2.8146	0.2031	137	0.1578	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8146-2.9272	0.2074	143	0.1525	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9272-3.0603	0.1842	145	0.155	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0603-3.2214	0.1701	142	0.1488	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2214-3.4229	0.1718	146	0.1467	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4229-3.6867	0.1714	140	0.1347	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6867-4.0567	0.1493	139	0.1227	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0567-4.6415	0.1927	138	0.1144	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6415-5.8393	0.152	141	0.1303	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8393-28.311	0.1614	138	0.1489	2662	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8062	2.1788	-1.4577	6.8636	1.1024	3.9041	-0.0103	0.0932	0.5855	-0.0615	-0.0766	0.6956	-0.6898	-0.7422	0.1321	0.3398	0.1658	-0.0509	0.3226	0.089	0.4344	40.0144	50.2187	12.0458
2	4.4074	0.1396	-0.295	2.459	0.1844	3.4152	-0.0101	0.3808	-0.162	-0.1905	0.0226	0.0357	0.1462	-0.2394	-0.024	0.1319	-0.0101	-0.0229	0.1915	0.0227	0.0962	45.6325	30.4003	11.3699
3	0.5385	0.757	-0.7103	5.4363	0.7574	5.8851	0.0142	-0.9448	0.2581	2.1249	-0.254	-0.3478	-0.2358	0.7852	0.1707	0.7429	-0.0444	-0.0647	0.5832	0.0049	0.3496	43.9335	45.9133	27.5081
4	3.0217	-0.718	-0.2141	2.421	-0.1787	2.0892	-0.0186	0.0973	0.1622	0.1092	-0.0173	-0.2321	-0.1474	0.2625	0.0332	0.1363	-0.0225	-0.0069	0.207	0.0606	0.1444	55.4531	37.8559	14.4115
5	4.4184	1.3952	1.18	1.9334	0.1541	2.7348	0.0584	-0.1301	-0.0454	0.1772	-0.0513	-0.1541	-0.055	0.335	-0.0107	0.1687	0.0126	-0.0216	0.2096	0.103	0.1688	66.5178	24.5257	44.7573
6	3.7351	-0.2606	0.0082	1.3716	0.2096	2.952	-0.0207	0.1772	-0.2673	-0.0047	-0.065	0.0585	0.2322	-0.2733	0.0709	0.1652	-0.0075	-0.0305	0.1911	0.0827	0.1851	49.7937	20.1128	36.786
7	3.4373	1.4443	0.6093	4.7379	-1.8747	8.2489	-0.4728	1.1022	1.6794	-0.4154	0.5241	0.9062	-1.5769	-0.9011	-0.0453	0.5655	-0.0397	-0.2305	0.6413	0.3518	0.7351	64.257	37.228	33.6366
8	3.1983	0.5947	0.8355	1.6526	0.2127	2.2701	-0.0394	-0.0473	0.5766	-0.0306	-0.0296	0.2802	-0.3613	-0.5643	0.0674	0.2005	0.0759	-0.0246	0.2759	0.0635	0.251	47.4227	29.8774	43.1843
9	1.9984	-0.2321	0.5168	3.179	-1.1121	1.8301	-0.0865	0.3796	0.4325	-0.1583	0.0237	-0.3047	-0.4103	0.0274	0.0411	0.2502	-0.0236	-0.0051	0.2466	0.1261	0.2678	54.925	46.9378	8.1294
10	3.0503	0.1055	1.0329	2.6828	0.5121	3.9319	0.0647	-0.589	0.2588	0.1503	-0.1621	0.072	-0.1309	-0.1072	0.0859	0.1879	0.0219	-0.0041	0.2873	0.0007	0.2029	53.6738	29.3821	52.5622

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resi 55:77
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resi 78:126
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resi 127:154
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and resi 155:208
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain B and resi 52:82
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B and resi 83:129
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain B and resi 130:156
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain B and resi 157:208
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain A and resi 209:243
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain B and resi 209:243

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)