PDB-4mpb: 1.7 Angstrom resolution crystal structure of betaine aldehyde deh...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mpb

タイトル

1.7 Angstrom resolution crystal structure of betaine aldehyde dehydrogenase (betB) from Staphylococcus aureus

要素

Betaine aldehyde dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / structural genomics / NAD / Center for Structural Genomics of Infectious / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / CSGID / Rossmann fold / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

betaine-aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / betaine-aldehyde dehydrogenase / glycine betaine biosynthetic process from choline / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Halavaty, A.S. / Shuvalova, L. / Minasov, G. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Peterson, S.N. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2014
タイトル: Structure-based mutational studies of substrate inhibition of betaine aldehyde dehydrogenase BetB from Staphylococcus aureus.
著者: Chen, C. / Joo, J.C. / Brown, G. / Stolnikova, E. / Halavaty, A.S. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Yakunin, A.F.

履歴

登録	2013年9月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2013年9月25日	ID: 3ED6
改定 1.0	2013年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月31日	Group: Other
改定 1.2	2015年4月1日	Group: Database references
改定 1.3	2015年5月13日	Group: Database references
改定 1.4	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mpb.cif.gz	459.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mpb.ent.gz	378.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mpb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/4mpb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/4mpb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4mpyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4go3-1 4q92-3 5u0m-d 2eit-d 4nmk-2 4lh3-d 4go4-2 6rts-d 4lh2-d 3uu0-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP00699

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Betaine aldehyde dehydrogenase

B: Betaine aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

115 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Betaine aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Betaine aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
115 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Betaine aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Betaine aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
115 kDa, 2 ポリマー
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3

A: Betaine aldehyde dehydrogenase

B: Betaine aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Betaine aldehyde dehydrogenase

B: Betaine aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
230 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	106.313, 118.570, 87.947
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Betaine aldehyde dehydrogenase 分子量: 57504.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 株: COL / 遺伝子: betB, SACOL2628 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q5HCU0, UniProt: A0A0H2X0S3*PLUS, betaine-aldehyde dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.96 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 1:1 v/v JCSG+ Suite condition 42 to 7.4 mg/mL protein (in 0.5 M sodium chloride, 5 mM BME, 10 mM Tris-HCl, pH 8.3), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月11日 / 詳細: beryllium lenses
放射	モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→88.05 Å / Num. all: 122661 / Num. obs: 122661 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 19.89
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.526 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 12121 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0029	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 1.7→19.79 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 3.483 / SU ML: 0.058 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17531	6146	5 %	RANDOM
R_work	0.13842	-	-	-
obs	0.14027	116223	99.86 %	-
all	-	116223	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.893 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.27 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.66 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7806	0	6	1316	9128

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	8729
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	8313
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.694	1.955	11912
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.98	3	19261
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.039	5	1164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.026	25.588	408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.39	15	1572
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.363	15	41
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	1298
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	10413
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1956

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.289	461	-
R_work	0.255	8449	-
obs	-	8449	99.89 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.6847	2.15	-0.7581	3.2201	-0.0898	1.0555	0.288	-0.3664	-0.157	-0.1749	-0.2632	-0.6596	0.0427	0.2816	-0.0248	0.204	0.0603	0.1412	0.1243	0.031	0.2392	86.852	-16.0099	77.208
2	2.5448	1.2261	-0.8821	2.5172	-0.0906	0.6689	0.0008	0.2771	-0.1036	-0.4391	-0.0484	-0.2855	0.0869	-0.0062	0.0476	0.2802	0.0804	0.138	0.1064	0.0075	0.0981	80.0481	-14.1203	67.3163
3	1.0563	0.1169	0.2178	0.8181	-0.0265	1.0153	0.0214	0.023	-0.1542	-0.1531	-0.0292	0.0111	0.1113	-0.0604	0.0078	0.1178	0.0146	0.0353	0.0144	-0.0099	0.0648	62.8562	-19.852	86.4135
4	1.8395	0.4538	-1.4311	3.1466	-2.2959	4.1795	0.0279	-0.0663	0.0244	-0.2336	-0.1798	-0.3946	-0.0206	0.1946	0.1519	0.0913	0.0242	0.0977	0.0228	0.0219	0.1379	84.9112	-8.531	85.6763
5	11.8648	8.3913	-4.5311	6.5796	-3.4974	3.9624	0.3087	-0.2389	0.0735	0.1478	-0.2734	-0.2458	-0.1839	0.2483	-0.0353	0.101	0.01	0.1057	0.038	0.0381	0.2072	85.9649	-0.8079	86.8907
6	5.7789	1.4438	-2.2982	2.0876	-0.3549	2.4972	0.0316	0.0192	0.1283	-0.1702	0.0045	0.0537	0.0213	-0.0313	-0.0362	0.0667	0.0154	0.0275	0.0066	0.0126	0.0325	68.8238	-7.2674	94.8272
7	8.0298	-0.9852	0.7496	0.6029	-0.6627	1.0951	-0.0735	-0.013	0.1253	0.0721	0.0317	0.0423	0.0515	-0.0523	0.0418	0.1037	0.0068	0.0014	0.0507	-0.0309	0.0853	39.5171	-9.0039	98.7919
8	0.7722	-0.3451	-0.1674	0.2971	-0.2453	0.9796	0.0835	0.0105	0.1431	-0.1206	-0.03	-0.0455	-0.0022	0.0212	-0.0535	0.2158	0.0246	0.0418	0.0768	-0.0265	0.1117	67.1664	-6.7216	80.8129
9	1.0113	-0.3058	-0.1146	0.9486	-0.1878	0.5346	0.0545	0.1104	-0.0447	-0.2666	-0.0777	-0.0673	0.0759	0.0254	0.0232	0.1542	0.0275	0.0568	0.0255	-0.0085	0.0399	68.8229	-12.9512	77.7738
10	1.9354	0.1418	0.9387	0.6158	0.4098	1.0937	0.0369	0.1913	0.1193	-0.2412	-0.0484	-0.0195	-0.0329	-0.0313	0.0115	0.1753	0.0208	0.0266	0.0591	0.006	0.038	58.6915	-0.7368	71.0396
11	1.0491	-0.2576	-0.0948	1.5491	0.6105	1.0783	0.0063	-0.0196	0.0591	-0.1861	0.0035	-0.2023	-0.0266	0.0783	-0.0099	0.1238	-0.011	0.0853	0.0302	0.0233	0.1021	79.1345	18.9037	84.5935
12	0.9067	0.6162	-0.4335	3.369	-0.1967	0.6042	-0.1057	0.109	0.0538	-0.452	0.0475	-0.1859	-0.0564	0.0122	0.0582	0.154	-0.0223	0.0745	0.026	0.0247	0.1208	78.239	25.1007	81.1677
13	2.1364	-1.18	-0.3325	2.5501	0.2499	0.5149	0.1806	0.1327	0.0484	-0.4727	-0.1099	-0.5613	-0.038	0.0339	-0.0707	0.2405	0.0343	0.1967	0.0983	0.0461	0.2173	88.9095	10.2477	75.2312
14	5.9648	-1.006	-1.2994	2.4334	-1.8096	2.194	0.1355	0.917	0.1652	-0.5332	-0.2705	-0.2663	0.2562	-0.0335	0.135	0.5378	0.042	0.2435	0.2771	0.0765	0.2196	84.3481	17.4631	65.4812
15	3.7076	-1.4584	-0.6392	3.4159	0.1833	0.2999	0.1647	0.3337	0.3852	-0.4839	-0.1239	-0.5899	-0.0632	0.1015	-0.0409	0.3081	0.0409	0.2188	0.1836	0.0863	0.1954	87.2558	14.4182	69.8896
16	3.6439	-1.7191	-1.1003	3.1234	0.6149	1.0636	0.0279	0.2766	0.0633	-0.481	-0.1069	-0.1835	0.047	0.0391	0.079	0.2788	0.0075	0.0941	0.0605	0.0434	0.0704	73.402	21.031	73.5482
17	1.0159	0.2252	0.2405	0.9229	0.0347	0.4397	0.0145	-0.0063	0.1343	-0.1479	-0.0228	-0.0031	-0.0417	0.0155	0.0083	0.1055	0.0014	0.0378	0.0079	0.0075	0.0418	67.5179	20.3079	87.0182
18	0.9904	-0.5398	0.8942	0.6386	-0.344	1.6016	-0.0544	-0.026	0.0288	-0.1537	-0.0022	-0.0652	0.0146	-0.1288	0.0566	0.1333	-0.0051	0.027	0.0261	0.0097	0.0603	64.2236	6.207	84.9962
19	4.2287	4.6149	1.2919	5.0767	1.0413	3.7697	0.0168	-0.0672	0.1135	0.0215	-0.0668	0.1201	-0.0205	-0.1167	0.05	0.1072	0.0265	0.0116	0.035	0.0114	0.0802	59.638	-4.0881	89.1564
20	1.1554	-0.1537	0.8931	1.3512	-0.3018	0.7947	0.0767	-0.2471	-0.1416	-0.1031	0.0002	0.2716	-0.004	-0.1749	-0.077	0.1166	-0.0036	-0.0617	0.1048	0.0018	0.1531	27.6628	-14.6512	92.5616
21	13.3778	-17.649	-3.0041	29.0605	-2.0853	7.0123	0.3065	0.4516	-0.0863	-0.1633	-0.5732	-0.1639	-0.3406	-0.1287	0.2667	0.1677	0.0762	-0.0746	0.2056	-0.0077	0.2808	82.4529	-34.3031	124.4494
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27	3.1905	-3.184	-0.3383	5.6162	0.159	1.146	-0.039	0.1577	0.0579	-0.0398	-0.0242	0.1033	-0.0758	0.0641	0.0631	0.0527	-0.003	-0.0136	0.0374	0.0015	0.0396	55.5067	16.1314	102.9823
28	0.6118	-0.362	0.1424	0.293	0.088	0.6402	0.0042	-0.0582	-0.043	-0.0071	-0.0182	0.0141	0.0101	-0.0158	0.0141	0.04	0.0136	-0.0093	0.089	0.0299	0.0417	65.1208	-9.9067	121.0014
29	1.1082	-0.3456	0.2809	0.9983	0.0412	0.8487	-0.0485	-0.1283	-0.0183	0.0338	0.0221	-0.0838	0.0252	0.0802	0.0264	0.0208	0.0137	-0.0068	0.0643	0.029	0.0281	73.6222	-10.8668	122.1025
30	1.3682	-0.2212	-0.2443	0.7798	0.3971	1.0444	-0.093	-0.314	0.0015	0.2151	0.0843	0.0123	0.0176	0.0002	0.0087	0.0818	0.0308	-0.0172	0.1125	0.0165	0.0381	63.1516	-4.2304	131.0509
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33	8.1036	0.912	1.3595	1.0199	-0.1326	0.5747	0.1297	-0.3053	-0.7845	-0.0138	-0.0093	0.0001	0.1706	-0.0597	-0.1203	0.1474	-0.0347	-0.059	0.0604	0.11	0.2634	51.1362	-40.7781	120.9907
34	4.5069	-0.4158	-2.5866	1.1347	-0.0541	1.614	0.033	-0.6063	-0.0884	0.0412	-0.0752	-0.1432	0.0331	0.2585	0.0422	0.1803	-0.0971	-0.0642	0.4467	0.1419	0.1805	55.3615	-30.2975	135.9079
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36	11.305	-0.044	1.1151	0.0645	0.0446	0.4154	0.1877	-0.7105	-0.8095	0.0421	-0.0748	-0.0578	0.2237	-0.1241	-0.113	0.1444	-0.0508	-0.0322	0.1862	0.1927	0.2115	56.8545	-38.3041	131.8337
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38	0.6906	0.0231	0.2367	1.0184	-0.0617	0.6074	0.0419	-0.1176	-0.0722	-0.0235	-0.0106	0.1108	0.0538	-0.1065	-0.0313	0.0269	-0.0131	0.0015	0.0451	0.0232	0.0328	44.1205	-19.149	115.2475
39	1.9001	3.0215	0.2519	7.6607	0.5807	2.7981	-0.1334	0.025	0.1401	-0.1314	0.0631	0.1186	-0.034	-0.0366	0.0703	0.0296	0.0113	0.0024	0.0376	0.0139	0.0455	59.3845	-5.1005	112.3655
40	1.3836	0.1095	-0.4756	0.7628	0.1813	1.4447	0.1413	-0.0082	0.2983	-0.2766	-0.0375	0.0265	-0.1612	0.0023	-0.1038	0.1301	0.0028	0.0162	0.0544	-0.0065	0.128	55.8904	28.0568	109.4269

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-5 - 15
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	16 - 48
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	49 - 80
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	81 - 100
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	101 - 110
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	111 - 126
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	127 - 143
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	144 - 163
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	164 - 233
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	234 - 257
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	258 - 287
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	288 - 308
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	309 - 339
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	340 - 363
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	364 - 382
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	383 - 404
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	405 - 449
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	450 - 466
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	467 - 478
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	479 - 496
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	-4 - 3
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	4 - 24
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	25 - 56
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	57 - 69
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	70 - 87
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	88 - 126
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	127 - 143
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	144 - 164
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	165 - 214
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	215 - 238
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	239 - 266
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	267 - 299
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	300 - 327
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	328 - 349
35	X-RAY DIFFRACTION	35	B	350 - 363
36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	364 - 379
37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	380 - 405
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	406 - 466
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	467 - 477
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	478 - 496

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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