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- PDB-4mpa: Crystal structure of NHERF1-CXCR2 signaling complex in P21 space group -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mpa
タイトルCrystal structure of NHERF1-CXCR2 signaling complex in P21 space group
要素Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF1, C-X-C chemokine receptor type 2 chimera
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / neutrophil / inflammatory diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of renal phosphate excretion / renal sodium ion transport / type 2 metabotropic glutamate receptor binding / glutathione transport / dopamine receptor binding / renal phosphate ion absorption / interleukin-8-mediated signaling pathway / metanephric tubule morphogenesis / negative regulation of neutrophil apoptotic process / mast cell granule ...regulation of renal phosphate excretion / renal sodium ion transport / type 2 metabotropic glutamate receptor binding / glutathione transport / dopamine receptor binding / renal phosphate ion absorption / interleukin-8-mediated signaling pathway / metanephric tubule morphogenesis / negative regulation of neutrophil apoptotic process / mast cell granule / import across plasma membrane / interleukin-8 receptor activity / gamma-aminobutyric acid transmembrane transporter activity / gamma-aminobutyric acid import / cerebrospinal fluid circulation / negative regulation of sodium ion transport / microvillus assembly / interleukin-8 binding / maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / bile acid secretion / positive regulation of monoatomic ion transmembrane transport / regulation of protein kinase activity / channel activator activity / stereocilium tip / acute inflammatory response to antigenic stimulus / phospholipase C-activating dopamine receptor signaling pathway / plasma membrane organization / C-X-C chemokine receptor activity / cilium organization / gland morphogenesis / myosin II binding / growth factor receptor binding / establishment of Golgi localization / intracellular phosphate ion homeostasis / fibroblast migration / neutrophil activation / type 3 metabotropic glutamate receptor binding / C-C chemokine receptor activity / plasma membrane protein complex / establishment of epithelial cell apical/basal polarity / C-C chemokine binding / positive regulation of vascular permeability / negative regulation of fibroblast migration / auditory receptor cell stereocilium organization / chloride channel regulator activity / positive regulation of neutrophil chemotaxis / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / beta-2 adrenergic receptor binding / Chemokine receptors bind chemokines / dendritic cell chemotaxis / nuclear migration / microvillus membrane / regulation of cell size / renal absorption / midbrain development / microvillus / negative regulation of mitotic cell cycle / cellular defense response / phosphatase binding / transport across blood-brain barrier / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / protein-membrane adaptor activity / ruffle / sperm midpiece / neutrophil chemotaxis / endomembrane system / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / secretory granule membrane / protein localization to plasma membrane / morphogenesis of an epithelium / cell periphery / PDZ domain binding / filopodium / sensory perception of sound / calcium-mediated signaling / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / brush border membrane / G protein-coupled receptor activity / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / beta-catenin binding / receptor internalization / Wnt signaling pathway / positive regulation of angiogenesis / chemotaxis / mitotic spindle / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / actin cytoskeleton / regulation of cell shape / microtubule cytoskeleton / actin cytoskeleton organization / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / protein-containing complex assembly / G alpha (i) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / vesicle / transmembrane transporter binding / cell surface receptor signaling pathway / immune response / apical plasma membrane
類似検索 - 分子機能
EBP50, C-terminal / Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHERF-1/2 / EBP50, C-terminal / CXC chemokine receptor 2 / : / CXC chemokine receptor 1/2 / : / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain ...EBP50, C-terminal / Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHERF-1/2 / EBP50, C-terminal / CXC chemokine receptor 2 / : / CXC chemokine receptor 1/2 / : / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF1 / C-X-C chemokine receptor type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.097 Å
データ登録者Jiang, Y. / Lu, G. / Wu, Y. / Brunzelle, J. / Sirinupong, N. / Li, C. / Yang, Z.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: New Conformational State of NHERF1-CXCR2 Signaling Complex Captured by Crystal Lattice Trapping.
著者: Jiang, Y. / Lu, G. / Trescott, L.R. / Hou, Y. / Guan, X. / Wang, S. / Stamenkovich, A. / Brunzelle, J. / Sirinupong, N. / Li, C. / Yang, Z.
履歴
登録2013年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月28日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref / struct_ref_seq
Item: _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF1, C-X-C chemokine receptor type 2 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9563
ポリマ－9,8601
非ポリマー962
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)26.593, 45.509, 33.446
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.71, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF1, C-X-C chemokine receptor type 2 chimera / NHERF-1 / Ezrin-radixin-moesin-binding phosphoprotein 50 / EBP50 / Regulatory cofactor of Na(+)/H(+) ...NHERF-1 / Ezrin-radixin-moesin-binding phosphoprotein 50 / EBP50 / Regulatory cofactor of Na(+)/H(+) exchanger / Sodium-hydrogen exchanger regulatory factor 1 / Solute carrier family 9 isoform A3 regulatory factor 1 / CXC-R2 / CXCR-2 / CDw128b / GRO/MGSA receptor / High affinity interleukin-8 receptor B / IL-8R B / L-8 receptor type 2


分子量: 9860.318 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NHERF, NHERF1, SLC9A3R1, CXCR2 / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O14745, UniProt: P25025
#2: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細PROTEIN IS A CHIMERA OF RESIDUES 11-95 OF PDZ DOMAIN OF NHERF1 AND RESIDUES 356-360 OF CXCR2 ...PROTEIN IS A CHIMERA OF RESIDUES 11-95 OF PDZ DOMAIN OF NHERF1 AND RESIDUES 356-360 OF CXCR2 (RESIDUE 95 OF NHERF1 AND RESIDUE 356 OF CXCR2 ARE THE SAME RESIDUE).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 100 mM sodium acetate, pH 4.8, 0.2 M ammonium acetate, 24% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月4日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.097→45.5 Å / Num. all: 30032 / Num. obs: 30032 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 8.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.024 / Net I/σ(I): 24.8
反射 シェル解像度: 1.097→1.16 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 3845 / % possible all: 86

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4JL7

4jl7


解像度: 1.097→25.893 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 14.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1569 1508 5.03 %RANDOM
Rwork0.1434 ---
obs0.1441 30006 97.61 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.097→25.893 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数691 0 5 158 854
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01731
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.425995
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.239288
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065115
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005133
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.097-1.13290.19281050.1582101X-RAY DIFFRACTION80
1.1329-1.17330.16221290.1382593X-RAY DIFFRACTION97
1.1733-1.22030.15691300.12372635X-RAY DIFFRACTION100
1.2203-1.27590.13541260.11932653X-RAY DIFFRACTION100
1.2759-1.34310.13881580.11772641X-RAY DIFFRACTION100
1.3431-1.42730.14031370.11962611X-RAY DIFFRACTION100
1.4273-1.53750.1281300.122671X-RAY DIFFRACTION100
1.5375-1.69210.1461410.12412669X-RAY DIFFRACTION100
1.6921-1.93690.15831490.13562638X-RAY DIFFRACTION100
1.9369-2.440.1611500.14432653X-RAY DIFFRACTION100
2.44-25.90010.16721530.16912633X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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