PDB-4mp4: Crystal structure of a glutathione transferase family member from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mp4

タイトル

Crystal structure of a glutathione transferase family member from Acinetobacter baumannii, Target EFI-501785, apo structure

要素

Glutathione S-transferase

キーワード

TRANSFERASE / GST / glutathione S-transferase fold / Enzyme Function Initiative / EFI / structural genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.498 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a glutathione transferase family member from Acinetobacter baumannii, Target EFI-501785, apo structure
著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hillerich, B. / Love, J. / ...

履歴

登録	2013年9月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mp4.cif.gz	252.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mp4.ent.gz	206.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mp4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4mp4_validation.pdf.gz	460 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4mp4_full_validation.pdf.gz	464.8 KB	表示
XML形式データ	4mp4_validation.xml.gz	23.5 KB	表示
CIF形式データ	4mp4_validation.cif.gz	32.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/4mp4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/4mp4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jbbS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1d6n-d 3ru0-2 3pns-4 1fvp-d 6pnt-d 4qq7-d 7kdn-3 4k8v-3 2z8k-1 5hft-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-501785

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glutathione S-transferase

B: Glutathione S-transferase

C: Glutathione S-transferase

ヘテロ分子

75 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutathione S-transferase

B: Glutathione S-transferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Glutathione S-transferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	183.198, 103.358, 51.057
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.090, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Glutathione S-transferase / GST 分子量: 24982.426 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 株: ACICU / 遺伝子: ACICU_01452 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: B2HYC1, UniProt: A0A7U4DD23*PLUS, glutathione transferase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.85 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: protein in 10 mM HEPES, pH 7.5, 5 mM GSH, reservoir: MCSG2(E10) (0.8 M lithium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6), cryoprotection: 20% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月8日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.498→50 Å / Num. all: 32775 / Num. obs: 32775 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 36.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / R_sym value: 0.11 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 2.498→2.54 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.453 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 1605 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4JBB

4jbb

解像度: 2.498→36.317 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.39 / FOM work R set: 0.7978 / SU ML: 0.31 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 27.31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2546	1608	5.05 %	RANDOM
R_work	0.1911	-	-	-
all	0.1943	31838	-	-
obs	0.1943	31838	96.34 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 106.63 Å² / B_iso mean: 35.3232 Å² / B_iso min: 1.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.498→36.317 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4778	0	5	161	4944

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4908
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.031	6656
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	735
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	849
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.823	1813

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.498-2.579	0.2955	101	0.2134	2131	2232	75
2.579-2.6712	0.2879	130	0.2142	2556	2686	90
2.6712-2.7781	0.2827	159	0.2197	2733	2892	98
2.7781-2.9045	0.3146	157	0.2072	2852	3009	100
2.9045-3.0575	0.2836	134	0.2204	2849	2983	100
3.0575-3.249	0.3082	149	0.2059	2833	2982	100
3.249-3.4997	0.281	153	0.1998	2845	2998	100
3.4997-3.8515	0.2629	153	0.1647	2843	2996	100
3.8515-4.408	0.2015	149	0.1611	2852	3001	100
4.408-5.5504	0.213	146	0.167	2867	3013	100
5.5504-36.3211	0.237	177	0.2109	2869	3046	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2772	-0.1359	-0.2301	1.3596	0.1316	1.2604	-0.2918	0.2802	0.4938	-0.3049	0.1308	0.5033	-0.1251	-0.0192	-0.0468	0.1852	-0.0546	-0.0691	0.1889	0.0796	0.2361	55.8059	8.5731	23.7812
2	0.873	0.7226	-0.2494	1.7403	0.0799	0.9311	-0.1827	0.3838	0.5579	-0.1957	-0.0027	0.3539	-0.2344	0.1372	-0.3452	0.3194	-0.1132	-0.1241	0.1042	0.2807	0.2529	49.7962	7.9732	19.1506
3	0.9898	0.1849	0.2484	0.9121	0.0859	0.4046	-0.0557	0.0864	-0.1063	-0.1084	-0.1074	-0.2274	0.1768	-0.155	-0.0025	0.2091	-0.0776	0.0834	0.176	-0.0285	0.0806	54.9596	-5.9119	28.9029
4	3.1647	-0.2771	-0.8718	2.9271	0.6659	4.4811	0.235	-0.1836	-0.4308	0.346	-0.1311	0.0277	0.3761	-0.0079	0.0959	0.2518	-0.0277	-0.1029	0.1108	0.1293	0.4141	56.6251	-16.302	36.5195
5	0.9031	0.6722	0.7716	0.9881	0.2609	2.907	0.1543	0.0592	-0.4317	-0.1643	0.2492	-0.4163	0.3292	0.4269	0.1819	0.1421	0.0168	0.0149	0.1308	-0.0005	0.2277	65.1865	-8.1524	29.2484
6	0.7894	0.0115	0.6129	3.5702	1.2445	1.0612	-0.1581	0.0479	0.4515	-0.0244	-0.0671	0.1153	-0.297	0.0243	-0.0474	0.2047	-0.0523	-0.0161	0.19	0.0895	0.2923	63.1234	13.804	30.2637
7	1.162	-0.0576	0.2144	1.1311	-0.2886	1.1308	-0.1478	-0.2975	-0.3836	0.2776	0.1563	0.0076	0.1614	0.0212	0.0076	0.2447	0.0673	-0.0198	0.1221	0.0662	0.2193	39.769	-19.562	19.107
8	1.158	-0.1479	0.2978	1.2191	-0.0888	0.6664	-0.1212	-0.0433	0.3741	-0.1764	-0.126	-0.8542	0.0527	0.1591	0.1203	0.3876	0.0327	0.0664	0.1955	0.0193	0.4032	34.844	-5.219	25.355
9	0.325	0.0532	-0.3077	1.384	-0.2018	1.1578	0.0643	0.0791	0.7116	-0.1536	0.2087	-0.9454	-0.5284	0.3153	0.4421	0.2799	-0.0934	0.0284	0.0479	0.0311	1.1454	26.64	-0.882	24.423
10	0.3366	0.6367	-0.3176	3.7581	0.8733	1.1619	-0.1684	-0.1151	-0.4554	-0.1366	0.1259	-0.1251	0.1253	0.0895	-0.18	0.1554	0.008	-0.0831	0.2647	0.1089	0.7406	26.405	-25.033	25.08
11	1.0197	-0.0323	0.5727	1.2337	0.2363	1.1329	-0.1508	0.5355	0.0761	-0.2442	0.0622	-0.0684	-0.2961	0.289	-0.0882	0.0598	-0.0617	-0.156	0.4596	0.0947	0.0422	82.7057	16.0768	35.7225
12	0.9643	-0.2148	0.2324	1.6745	0.0423	2.0427	-0.1695	0.4056	0.1188	-0.318	0.1444	-0.164	-0.0676	0.3713	0.0867	0.2034	-0.0839	-0.027	0.404	0.1098	0.1349	89.6732	19.6764	36.8849
13	2.4375	0.7504	-3.677	0.9677	-0.7291	5.9742	-0.1279	0.0644	0.437	0.168	-0.0691	-0.0318	-0.4727	-0.009	-0.0565	0.2781	0.0546	-0.1113	0.2434	0.0624	0.4045	81.6858	29.9944	47.9985
14	0.8796	-0.1435	0.2717	0.6057	-0.0647	0.9661	0.2369	-0.2017	-0.3015	0.3412	0.1641	-0.1285	0.2997	0.0656	-0.0628	0.1289	0.0446	-0.077	0.2301	0.0467	0.1947	80.1698	6.9994	50.8452
15	0.2626	-0.1988	-0.498	1.6353	-0.2988	2.0968	-0.0875	-0.2091	-0.0847	0.3621	0.0252	0.0012	0.1915	0.1121	0.1925	0.2297	-0.1216	0.0398	0.7246	0.2888	-0.0447	75.5342	5.8821	60.3859
16	3.3306	-0.1951	0.209	3.0392	0.2211	2.7331	-0.0718	-0.3421	-0.0407	0.342	0.0155	0.4503	0.1538	-0.4019	-0.0007	0.2004	0.113	0.0352	0.4724	0.0051	0.2673	70.4589	22.0045	54.262
17	0.5029	0.0852	0.2522	1.3923	-0.027	0.818	0.0349	-0.0908	0.0911	0.1352	-0.0401	0.2711	0.0277	-0.3122	-0.0266	0.0914	-0.0331	-0.0029	0.255	0.0507	0.1149	70.7275	11.1935	45.2967

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and ( resid 5 through 29 )	A	5 - 29
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and ( resid 30 through 83 )	A	30 - 83
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and ( resid 84 through 133 )	A	84 - 133
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and ( resid 134 through 150 )	A	134 - 150
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and ( resid 151 through 197 )	A	151 - 197
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and ( resid 198 through 216 )	A	198 - 216
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and ( resid 5 through 83 )	B	5 - 83
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and ( resid 84 through 133 )	B	84 - 133
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and ( resid 134 through 197 )	B	134 - 197
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and ( resid 198 through 216 )	B	198 - 216
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and ( resid 5 through 29 )	C	5 - 29
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and ( resid 30 through 83 )	C	30 - 83
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and ( resid 84 through 93 )	C	84 - 93
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and ( resid 94 through 133 )	C	94 - 133
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and ( resid 134 through 151 )	C	134 - 151
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and ( resid 152 through 163 )	C	152 - 163
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and ( resid 164 through 209 )	C	164 - 209

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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