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Yorodumi- PDB-4mp4: Crystal structure of a glutathione transferase family member from... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4mp4 | ||||||
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Title | Crystal structure of a glutathione transferase family member from Acinetobacter baumannii, Target EFI-501785, apo structure | ||||||
Components | Glutathione S-transferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / GST / glutathione S-transferase fold / Enzyme Function Initiative / EFI / structural genomics | ||||||
Function / homology | Function and homology information Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | Acinetobacter baumannii (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.498 Å | ||||||
Authors | Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. ...Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Armstrong, R.N. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of a glutathione transferase family member from Acinetobacter baumannii, Target EFI-501785, apo structure Authors: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hillerich, B. / Love, J. / ...Authors: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Armstrong, R.N. / Almo, S.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4mp4.cif.gz | 252.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4mp4.ent.gz | 206.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4mp4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4mp4_validation.pdf.gz | 460 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4mp4_full_validation.pdf.gz | 464.8 KB | Display | |
Data in XML | 4mp4_validation.xml.gz | 23.5 KB | Display | |
Data in CIF | 4mp4_validation.cif.gz | 32.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/4mp4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/4mp4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4jbbS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 24982.426 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Acinetobacter baumannii (bacteria) / Strain: ACICU / Gene: ACICU_01452 / Plasmid: pET / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: B2HYC1, UniProt: A0A7U4DD23*PLUS, glutathione transferase #2: Chemical | ChemComp-SO4 / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.22 Å3/Da / Density % sol: 61.85 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.6 Details: protein in 10 mM HEPES, pH 7.5, 5 mM GSH, reservoir: MCSG2(E10) (0.8 M lithium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6), cryoprotection: 20% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 31-ID / Wavelength: 0.9793 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Nov 8, 2012 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: diamond(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.498→50 Å / Num. all: 32775 / Num. obs: 32775 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 36.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 11.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.498→2.54 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.453 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 1605 / % possible all: 98.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4JBB Resolution: 2.498→36.317 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.39 / FOM work R set: 0.7978 / SU ML: 0.31 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / Phase error: 27.31 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 106.63 Å2 / Biso mean: 35.3232 Å2 / Biso min: 1.01 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.498→36.317 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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