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- PDB-4mod: Structure of the MERS-CoV fusion core -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mod
タイトルStructure of the MERS-CoV fusion core
要素HR1 of S protein, LINKER, HR2 of S protein
キーワードVIRAL PROTEIN / MERS-CoV / Viral envelope proteins / Spike / trimer of hairpins / 6-helix bundle / membrane fusion
機能・相同性
機能・相同性情報


receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #300 / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #300 / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human betacoronavirus 2c EMC/2012 (ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.901 Å
データ登録者Gao, J. / Lu, G. / Qi, J. / Li, Y. / Wu, Y. / Deng, Y. / Geng, H. / Xiao, H. / Tan, W. / Yan, J. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Structure of the fusion core and inhibition of fusion by a heptad repeat peptide derived from the S protein of Middle East respiratory syndrome coronavirus.
著者: Gao, J. / Lu, G. / Qi, J. / Li, Y. / Wu, Y. / Deng, Y. / Geng, H. / Li, H. / Wang, Q. / Xiao, H. / Tan, W. / Yan, J. / Gao, G.F.
履歴
登録2013年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月28日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HR1 of S protein, LINKER, HR2 of S protein
B: HR1 of S protein, LINKER, HR2 of S protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8052
ポリマ－27,8052
非ポリマー00
水2,324129
1
A: HR1 of S protein, LINKER, HR2 of S protein

A: HR1 of S protein, LINKER, HR2 of S protein

A: HR1 of S protein, LINKER, HR2 of S protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7083
ポリマ－41,7083
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area6980 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area11090 Å2
手法PISA
2
B: HR1 of S protein, LINKER, HR2 of S protein

B: HR1 of S protein, LINKER, HR2 of S protein

B: HR1 of S protein, LINKER, HR2 of S protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7083
ポリマ－41,7083
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area7090 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area11110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.816, 42.816, 75.566
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1301-

HOH

21B-1301-

HOH

31B-1354-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 HR1 of S protein, LINKER, HR2 of S protein


分子量: 13902.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: amino acids 992-1054 (HR1) and amino acids 1252-1286 (HR2) linked by a 22-residue linker (LVPRGSGGSGGSGGLEVLFQGP)
由来: (組換発現) Human betacoronavirus 2c EMC/2012 (ウイルス), (組換発現) synthetic construct (人工物)
株: HCoV-EMC / 遺伝子: spike, S / プラスミド: pET-21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: K0BRG7, UniProt: K9N5Q8*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.13 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M BIS-TRIS, 25%(w/v) Polyethylene glycol 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.03906 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月25日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03906 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 12252 / Num. obs: 12172 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 18.442
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.156 / Mean I/σ(I) obs: 11.717 / Num. unique all: 1267 / Rsym value: 0.156 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
AMoRE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WNC

1wnc


解像度: 1.901→37.783 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.34 / FOM work R set: 0.8258 / SU ML: 0.2 / σ(F): 2.04 / 位相誤差: 24.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2135 583 4.79 %Random
Rwork0.1847 ---
obs0.1862 12169 99.31 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 89.4 Å2 / Biso mean: 21.5105 Å2 / Biso min: 2.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.901→37.783 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1178 0 0 129 1307
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091210
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0331638
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071200
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003214
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.3448
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9009-2.09220.26251410.187629183059100
2.0922-2.39490.22571480.178429323080100
2.3949-3.01710.21651480.184428963044100
3.0171-37.79040.19521460.18692840298698
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -8.1446 Å / Origin y: 10.6624 Å / Origin z: 18.0261 Å
111213212223313233
T0.0351 Å2-0.0037 Å2-0.0004 Å2-0.0314 Å20.0003 Å2--0.0413 Å2
L0.2027 °2-0.0954 °20.1419 °2-0.1198 °2-0.0909 °2--0.106 °2
S0.0077 Å °0.0007 Å °0.0129 Å °0.0011 Å °0.0203 Å °-0.0107 Å °-0.0385 Å °0.0143 Å °0.0072 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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