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- PDB-4mo3: Crystal Structure of Porcine C2 Domain of Blood Coagulation Facto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mo3
タイトルCrystal Structure of Porcine C2 Domain of Blood Coagulation Factor VIII
要素Coagulation factor VIII
キーワードBLOOD CLOTTING / Blood coagulation domain
機能・相同性
機能・相同性情報


blood coagulation, intrinsic pathway / acute-phase response / oxidoreductase activity / copper ion binding / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Coagulation factor 5/8-like / : / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase ...Coagulation factor 5/8-like / : / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Galactose-binding domain-like / Cupredoxin / Galactose-binding-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Coagulation factor VIII
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.702 Å
データ登録者Spiegel, P.C. / Brison, C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Porcine C2 Domain of Blood Coagulation Factor VIII (FoldIt Target)
著者: Spiegel, P.C. / Brison, C.
履歴
登録2013年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
M: Coagulation factor VIII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9952
ポリマ－19,9031
非ポリマー921
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.070, 68.940, 105.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Coagulation factor VIII / Procoagulant component


分子量: 19903.359 Da / 分子数: 1 / 断片: C2 domain (UNP residues 1971-2129) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: F8, CF8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12263
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.36 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10.4
詳細: 2:1 crystallization buffer (0.1 M magnesium acetate, 10% ethanol) to protein, crystals formed overnight with 0.1 M CHES buffer and 220 uL Hampton Research Al's oil over 400 uL reservoir, pH ...詳細: 2:1 crystallization buffer (0.1 M magnesium acetate, 10% ethanol) to protein, crystals formed overnight with 0.1 M CHES buffer and 220 uL Hampton Research Al's oil over 400 uL reservoir, pH 10.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 98 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年5月2日 / 詳細: Confocal VarimaxHR
放射モノクロメーター: VarimaxHR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→31.912 Å / Num. all: 19595 / Num. obs: 19595 / % possible obs: 97.42 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル最高解像度: 1.7 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
Cootモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1D7P

1d7p


解像度: 1.702→31.912 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 19.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2093 1960 10 %RANDOM
Rwork0.1752 ---
obs0.1786 19595 97.42 %-
all-19595 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.702→31.912 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1225 0 6 179 1410
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061297
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2181769
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.786481
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088203
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004224
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.702-1.74460.26971330.19261188X-RAY DIFFRACTION95
1.7446-1.79170.21641350.16631221X-RAY DIFFRACTION95
1.7917-1.84440.22531340.15841208X-RAY DIFFRACTION96
1.8444-1.9040.2351370.16191231X-RAY DIFFRACTION96
1.904-1.9720.21111370.17261238X-RAY DIFFRACTION96
1.972-2.0510.18761390.16131249X-RAY DIFFRACTION97
2.051-2.14430.1941360.15141225X-RAY DIFFRACTION97
2.1443-2.25730.17881420.15591277X-RAY DIFFRACTION98
2.2573-2.39870.20571370.1631233X-RAY DIFFRACTION98
2.3987-2.58380.21031420.1791280X-RAY DIFFRACTION98
2.5838-2.84370.18951430.18581286X-RAY DIFFRACTION99
2.8437-3.25480.22821450.17671297X-RAY DIFFRACTION99
3.2548-4.09940.20871450.17411309X-RAY DIFFRACTION99
4.0994-31.91720.21341550.19421393X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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