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- PDB-4mo1: Crystal structure of antitermination protein Q from bacteriophage... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mo1
タイトルCrystal structure of antitermination protein Q from bacteriophage lambda. Northeast Structural Genomics Consortium target OR18A.
要素Antitermination protein Q
キーワードTranscription regulator / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / Antitermination protein Q / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Enzyme I; Chain A, domain 2 - #110 / Antitermination protein Q / Antitermination protein Q superfamily / Antitermination protein Q / Heat shock protein DnaJ, cysteine-rich domain superfamily / Enzyme I; Chain A, domain 2 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / Antitermination protein Q
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage lambda (λファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.099 Å
データ登録者Vorobiev, S. / Su, M. / Nickels, B. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Kogan, S. / Maglaqui, M. / Wang, D. / Everett, J.K. ...Vorobiev, S. / Su, M. / Nickels, B. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Kogan, S. / Maglaqui, M. / Wang, D. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Ebright, R.H. / Montelione, G.T. / Hunt, J. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of antitermination protein Q from bacteriophage lambda.
著者: Vorobiev, S. / Su, M. / Nickels, B. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Kogan, S. / Maglaqui, M. / Wang, D. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Ebright, R.H. / Montelione, G.T. / Hunt, J. / Tong, L.
履歴
登録2013年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antitermination protein Q
B: Antitermination protein Q
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,42510
ポリマ－39,9482
非ポリマー4778
水2,918162
1
A: Antitermination protein Q
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1554
ポリマ－19,9741
非ポリマー1813
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Antitermination protein Q
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2706
ポリマ－19,9741
非ポリマー2965
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.474, 54.474, 109.852
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
詳細monomer according to gel-filtration

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要素

#1: タンパク質 Antitermination protein Q


分子量: 19974.064 Da / 分子数: 2 / 変異: truncation: 1-37; C-terminus tag: LEHHHHHH / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage lambda (λファージ)
遺伝子: Q / プラスミド: pET21_NESG, OR18A-39-207-21.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: P03047
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.78 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microbatch crystallization under oil / pH: 10
詳細: 12% PEG 20000, 0.1M ammonium bromide, 0.1M CAPS, pH 10.0, Microbatch crystallization under oil, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月25日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.099→50 Å / Num. all: 42628 / Num. obs: 42458 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 32.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.666 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 4027 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.099→43.348 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.22 / SU ML: 0.68 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.05 / 位相誤差: 25.7 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: CYS108 SIDE CHAIN IS COVALENTLY MODIFIED BASED ON THE ELECTRON DENSITY. HOWEVER, THE IDENTITY OF THE MODIFYING GROUP IS NOT KNOWN.THE EXTRA ELECTRON DENSITY IS CURRENTLY MODELED BY WATERS 605, 640, 668 AND 669.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 2172 5.14 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.216 42280 99.35 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.938 Å2 / ksol: 0.329 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 113.7 Å2 / Biso mean: 39.773 Å2 / Biso min: 13.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.372 Å20 Å20 Å2
2---1.372 Å20 Å2
3---2.743 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.099→43.348 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2202 0 8 162 2372
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062242
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3083032
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09341
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006387
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.107824
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.099-2.1450.3491240.3382363248795
2.145-2.1950.3361270.3092523265099
2.195-2.250.3261210.3582444256598
2.25-2.310.3751520.3342509266199
2.31-2.3780.2691540.24425362690100
2.378-2.4550.2921500.23425042654100
2.455-2.5430.2741240.2325062630100
2.543-2.6450.251280.21625002628100
2.645-2.7650.2381480.21425582706100
2.765-2.9110.3071140.21625302644100
2.911-3.0930.2881440.23825022646100
3.093-3.3320.3251320.22925642696100
3.332-3.6670.2661400.21124902630100
3.667-4.1970.1861300.18325682698100
4.197-5.2870.1671380.15125022640100
5.287-43.3570.1931460.1762509265599
精密化 TLS

S33: -0 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0335-0.04750.04390.0220.00740.02110.0812-0.00950.0135-0.0499-0.0503-0.10240.08430.0350.15340.03730.01950.12010.00520.152233.777631.444981.236
20.00880.02980.03460.05830.00840.0023-0.03830.05750.06630.03190.02830.08550.1049-0.05880.1512-0.01980.00580.1527-0.0210.134211.816847.889461.9525
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA62 - 206
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB62 - 204

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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