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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4mo0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of aIF1 from Methanocaldococcus jannaschii | ||||||
要素 | Protein translation factor SUI1 homolog | ||||||
キーワード | TRANSLATION / alpha-beta domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 translation reinitiation / formation of translation preinitiation complex / translation initiation factor activity / mRNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Schmitt, E. / Mechulam, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of aIF1 from Methanocaldococcus jannaschii 著者: Coureux, P.-D. / Schmitt, E. / Monestier, A. / Larquet, E. / Cladiere, L. / Menetret, J.-F. / Klaholz, B. / Mechulam, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4mo0.cif.gz | 42 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4mo0.ent.gz | 32.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4mo0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/4mo0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/4mo0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11621.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 遺伝子: MJ0463, sui1 / プラスミド: pet15blpa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta / 参照: UniProt: Q57902 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.75 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25% PEG3350, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月16日 |
放射 | モノクロメーター: channel cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98011 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→32.9 Å / Num. all: 7257 / Num. obs: 7272 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 18.7 % / Biso Wilson estimate: 38.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.032 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 17.9 % / Rmerge(I) obs: 0.595 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique all: 905 / Rsym value: 0.578 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1→32.866 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 23.22 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.946 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.54 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→32.866 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 1.5593 Å / Origin y: 14.6822 Å / Origin z: 6.4597 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |