PDB-4mnu: Crystal Structure of Uncharacterized SlyA-like Transcription Regu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mnu

タイトル

Crystal Structure of Uncharacterized SlyA-like Transcription Regulator from Listeria monocytogenes

要素

SlyA-like transcription regulator

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATOR / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / MarR transcription factor / helix-turn-helix

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散,

分子置換 / 解像度: 1.898 Å

データ登録者

Kim, Y. / Tesar, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Uncharacterized SlyA-like Transcription Regulator from Listeria monocytogenes
著者: Kim, Y. / Tesar, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

履歴

登録	2013年9月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mnu.cif.gz	145.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mnu.ent.gz	116.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mnu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4mnu_validation.pdf.gz	456 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4mnu_full_validation.pdf.gz	459.4 KB	表示
XML形式データ	4mnu_validation.xml.gz	19 KB	表示
CIF形式データ	4mnu_validation.cif.gz	25.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/4mnu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/4mnu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3fdh-d 4eju-d 5uxn-d 3r2g-d 2qzu-d 4bwz-d 6gcz-d 2yw2-2 4o92-2 3vl7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC106842

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SlyA-like transcription regulator

B: SlyA-like transcription regulator

ヘテロ分子

36.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.155, 84.362, 94.856
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	SlyA-like transcription regulator 分子量: 17661.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 株: EGD-e / 遺伝子: lmo0815 / プラスミド: pMCSG73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q8Y8S9
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.95 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 30 %(w/v) PEG8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月30日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 29672 / Num. obs: 29672 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 29.6 Å² / R_sym value: 0.063 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 1303 / R_sym value: 0.648 / % possible all: 87.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
SHELXS		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_1367)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散,

分子置換 / 解像度: 1.898→38.542 Å / SU ML: 0.2 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.222	1509	5.1 %	random
R_work	0.179	-	-	-
obs	0.181	29605	98.53 %	-
all	-	20605	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.898→38.542 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2435	0	41	264	2740

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2588
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.064	3485
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.623	1026
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	394
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	441

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
1.8975-1.9588	0.308	119	0.2672	2261	2380	89
1.9588-2.0288	0.2457	128	0.2248	2508	2636	98
2.0288-2.11	0.2801	136	0.1963	2565	2701	100
2.11-2.206	0.2659	144	0.1888	2553	2697	100
2.206-2.3223	0.193	139	0.1853	2548	2687	100
2.3223-2.4678	0.2226	137	0.185	2568	2705	100
2.4678-2.6583	0.2054	139	0.1863	2581	2720	100
2.6583-2.9257	0.2688	151	0.1954	2581	2732	100
2.9257-3.3489	0.2031	142	0.182	2594	2736	100
3.3489-4.2184	0.208	142	0.1532	2652	2794	100
4.2184-38.55	0.2015	132	0.1659	2685	2717	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.5621	-0.7983	-0.8689	1.8313	0.6297	4.2114	-0.2298	-0.0609	0.614	-0.0277	0.1148	0.232	-0.0241	-0.4662	0.1168	0.2211	-0.0202	-0.0534	0.2284	0.0469	0.373	30.6402	49.7377	22.2477
2	3.8676	-2.2173	-5.2576	8.8401	0.0674	9.2578	-0.2895	1.241	-0.3727	-0.6892	0.0361	0.1107	0.2465	-0.4486	0.2609	0.2925	-0.0614	-0.0057	0.254	-0.0017	0.2074	45.4311	37.2853	15.3215
3	3.6116	1.1907	-0.3553	3.9527	-1.6254	5.5382	-0.1613	-0.0423	0.4016	0.0599	0.187	0.1772	-0.4017	-0.0705	-0.0855	0.2041	0.0093	0.0104	0.1014	0.0029	0.1753	42.9544	34.1001	29.4678
4	2.6966	-2.8013	0.5639	3.3322	-1.1634	2.1318	-0.217	-0.5254	-0.4994	-0.5271	0.5213	1.2735	0.4056	-0.7881	-0.297	0.2753	-0.0267	-0.0435	0.3487	0.0982	0.3288	33.2331	32.2935	31.8478
5	2.4664	-1.1551	-2.7407	6.6567	1.1262	5.1803	-0.3441	0.673	-1.4823	-0.4004	-0.1021	0.7156	0.6976	-0.9404	0.283	0.3042	-0.0934	-0.0207	0.3216	-0.0569	0.3052	37.707	27.0105	21.5072
6	3.4056	1.4211	-2.3433	7.9979	-5.5903	4.5318	0.0915	0.3452	-0.1781	-0.0643	-0.3331	-0.2268	0.1451	-0.0727	0.2077	0.3279	-0.0326	0.0544	0.083	-0.0241	0.2317	47.2189	25.125	25.014
7	3.3485	0.8837	-0.1572	4.2298	-0.623	1.4274	-0.081	-0.046	0.2618	0.2314	0.0214	0.2806	-0.0337	-0.0776	0.0265	0.1669	0.0015	0.0138	0.1369	-0.0282	0.1149	45.765	38.026	28.6938
8	8.1553	2.4985	-0.8884	3.8827	0.2492	2.1464	0.2391	-2.395	0.4319	1.147	-0.0687	-0.7748	0.03	0.3294	-0.034	0.2878	0.0621	-0.0913	0.9643	-0.1731	0.4733	29.6418	48.1601	36.4316
9	1.6038	0.0858	0.0613	3.1493	-2.2207	2.8695	-0.1285	-1.397	-0.4017	-0.1507	0.0982	0.4228	-0.1195	-0.8687	-0.2296	0.3724	0.0188	0.0348	0.6522	0.128	0.532	14.6312	36.6462	33.6844
10	4.1733	0.2765	0.6706	0.6268	0.0351	1.7913	-0.1537	-0.0496	-0.002	-0.0915	0.0607	-0.2262	0.0162	0.1664	0.0909	0.2098	0.0019	0.034	0.195	0.0179	0.2335	25.1892	42.8601	22.8604
11	4.0256	0.7336	3.2658	1.86	-1.1781	8.4622	-0.3457	1.0617	0.8709	-0.1892	-0.174	-0.2952	0.0622	1.1873	0.3485	0.2857	-0.0273	0.0156	0.3495	0.1271	0.2701	26.2177	49.4216	8.5855
12	2.3326	2.5872	-1.0365	5.806	1.7821	5.7969	-0.1511	2.0609	-1.5788	-0.2058	0.32	-1	0.8826	0.4244	0.051	0.4005	0.0595	0.1019	0.4354	-0.084	0.3931	24.5897	37.2267	7.6618
13	1.6266	-0.3173	-2.7458	0.2989	-0.7183	5.0356	-0.1458	0.1955	0.0803	-0.1258	0.1432	0.0529	0.2299	0.0605	-0.008	0.2495	-0.053	0.0069	0.2179	0.03	0.1984	15.5361	45.3314	11.2245
14	7.0297	1.5104	-3.4586	1.9959	0.1045	4.2382	0.1887	-0.3945	1.4561	-0.1215	-0.0552	0.4554	-0.5054	-0.2018	-0.1924	0.2797	0.0642	-0.0589	0.3203	-0.0528	0.6378	34.3767	56.2901	23.1672

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 22 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 23 through 31 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 32 through 46 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 47 through 57 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 58 through 70 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 71 through 77 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 78 through 117 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 118 through 143 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 144 through 150 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 1 through 41 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 42 through 57 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 58 through 70 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 71 through 112 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 113 through 150 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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