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万見
- PDB-4mnh: Structure of the DP10.7 TCR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mnh
タイトルStructure of the DP10.7 TCR
要素
  • Human nkt tcr alpha chain
  • T-cell receptor gamma chain V region PT-gamma-1/2, Human nkt tcr beta chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin / Histocompatibility antigens / T cell receptor / Immunological / lymphocytes / T cell recognition / activation / gamma delta T cell / Human / intraepithelial lymphocytes / CD1d / glycolipids / non-classical MHC / Glycoproteins / Cell-surface receptors
機能・相同性
機能・相同性情報


T cell receptor complex / immune system process / adaptive immune response / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Human nkt tcr beta chain / TRA@ protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Luoma, A.M. / Adams, E.J.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure of V delta 1 T Cell Receptor in Complex with CD1d-Sulfatide Shows MHC-like Recognition of a Self-Lipid by Human gamma delta T Cells.
著者: Luoma, A.M. / Castro, C.D. / Mayassi, T. / Bembinster, L.A. / Bai, L. / Picard, D. / Anderson, B. / Scharf, L. / Kung, J.E. / Sibener, L.V. / Savage, P.B. / Jabri, B. / Bendelac, A. / Adams, E.J.
履歴
登録2013年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月1日Group: Database references
改定 1.22017年6月14日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-cell receptor gamma chain V region PT-gamma-1/2, Human nkt tcr beta chain
B: Human nkt tcr alpha chain
C: T-cell receptor gamma chain V region PT-gamma-1/2, Human nkt tcr beta chain
D: Human nkt tcr alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,3744
ポリマ－109,3744
非ポリマー00
水00
1
A: T-cell receptor gamma chain V region PT-gamma-1/2, Human nkt tcr beta chain
B: Human nkt tcr alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6872
ポリマ－54,6872
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4380 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area20530 Å2
手法PISA
2
C: T-cell receptor gamma chain V region PT-gamma-1/2, Human nkt tcr beta chain
D: Human nkt tcr alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6872
ポリマ－54,6872
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area20820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.261, 60.835, 99.086
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.33, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 T-cell receptor gamma chain V region PT-gamma-1/2, Human nkt tcr beta chain


分子量: 29284.555 Da / 分子数: 2
断片: DP10.7 TCR gamma variable domain fused with human TCR beta constant domain
変異: S173C, C191A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRGV3, TCRB, B2M, HDCMA22P, B2M, HDCMA22P / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: K7N5M4
#2: タンパク質 Human nkt tcr alpha chain


分子量: 25402.463 Da / 分子数: 2
断片: DP10.7 TCR delta variable domain fused with human TCR alpha constant domain
変異: T167C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRA@ / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6PJ56
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.31 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 20% PEG 10k, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.0781 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月31日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0781 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. all: 15411 / Num. obs: 15411 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 %
反射 シェル解像度: 3.3→3.36 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→49.415 Å / SU ML: 0.48 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2853 758 4.95 %
Rwork0.231 --
obs0.2337 15321 98.99 %
all-15321 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→49.415 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6440 0 0 0 6440
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026607
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6329005
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.5432199
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0251013
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041152
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.55480.37891740.2922877X-RAY DIFFRACTION99
3.5548-3.91240.34441450.2482896X-RAY DIFFRACTION99
3.9124-4.47820.25511410.20462923X-RAY DIFFRACTION99
4.4782-5.64070.25811490.20752897X-RAY DIFFRACTION99
5.6407-49.420.26531490.2362970X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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