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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4mnh | ||||||
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タイトル | Structure of the DP10.7 TCR | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin / Histocompatibility antigens / T cell receptor / Immunological / lymphocytes / T cell recognition / activation / gamma delta T cell / Human / intraepithelial lymphocytes / CD1d / glycolipids / non-classical MHC / Glycoproteins / Cell-surface receptors | ||||||
機能・相同性 | ![]() cellular response to stimulus / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of T cell activation / cell surface receptor signaling pathway / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Luoma, A.M. / Adams, E.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of V delta 1 T Cell Receptor in Complex with CD1d-Sulfatide Shows MHC-like Recognition of a Self-Lipid by Human gamma delta T Cells. 著者: Luoma, A.M. / Castro, C.D. / Mayassi, T. / Bembinster, L.A. / Bai, L. / Picard, D. / Anderson, B. / Scharf, L. / Kung, J.E. / Sibener, L.V. / Savage, P.B. / Jabri, B. / Bendelac, A. / Adams, E.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 173.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 139.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 464.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 470.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29284.555 Da / 分子数: 2 断片: DP10.7 TCR gamma variable domain fused with human TCR beta constant domain 変異: S173C, C191A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 25402.463 Da / 分子数: 2 断片: DP10.7 TCR delta variable domain fused with human TCR alpha constant domain 変異: T167C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.31 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 20% PEG 10k, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月31日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0781 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→50 Å / Num. all: 15411 / Num. obs: 15411 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.36 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.3→49.415 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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