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万見
- PDB-4mmv: Crystal Structure of Prefusion-stabilized RSV F Variant DS-Cav1-T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mmv
タイトルCrystal Structure of Prefusion-stabilized RSV F Variant DS-Cav1-TriC at pH 9.5
要素
  • Fusion glycoprotein F1 fused with Fibritin trimerization domain
  • Fusion glycoprotein F2
キーワードVIRAL PROTEIN / fusion / membrane / structure-based vaccine design
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of syncytium formation by virus / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / virion component / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell ...positive regulation of syncytium formation by virus / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / virion component / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusion glycoprotein F0 / Fibritin
類似検索 - 構成要素
生物種Human respiratory syncytial virus A2 (ウイルス)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Stewart-Jones, G.B.E. / McLellan, J.S. / Joyce, M.G. / Sastry, M. / Yang, Y. / Graham, B.S. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Structure-based design of a fusion glycoprotein vaccine for respiratory syncytial virus.
著者: McLellan, J.S. / Chen, M. / Joyce, M.G. / Sastry, M. / Stewart-Jones, G.B. / Yang, Y. / Zhang, B. / Chen, L. / Srivatsan, S. / Zheng, A. / Zhou, T. / Graepel, K.W. / Kumar, A. / Moin, S. / ...著者: McLellan, J.S. / Chen, M. / Joyce, M.G. / Sastry, M. / Stewart-Jones, G.B. / Yang, Y. / Zhang, B. / Chen, L. / Srivatsan, S. / Zheng, A. / Zhou, T. / Graepel, K.W. / Kumar, A. / Moin, S. / Boyington, J.C. / Chuang, G.Y. / Soto, C. / Baxa, U. / Bakker, A.Q. / Spits, H. / Beaumont, T. / Zheng, Z. / Xia, N. / Ko, S.Y. / Todd, J.P. / Rao, S. / Graham, B.S. / Kwong, P.D.
履歴
登録2013年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月26日Group: Data collection / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_detector / entity_src_gen / software / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22017年9月20日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32021年6月2日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line ..._entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion glycoprotein F2
B: Fusion glycoprotein F1 fused with Fibritin trimerization domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9092
ポリマ－54,9092
非ポリマー00
水1,31573
1
A: Fusion glycoprotein F2
B: Fusion glycoprotein F1 fused with Fibritin trimerization domain

A: Fusion glycoprotein F2
B: Fusion glycoprotein F1 fused with Fibritin trimerization domain

A: Fusion glycoprotein F2
B: Fusion glycoprotein F1 fused with Fibritin trimerization domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,7266
ポリマ－164,7266
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area40970 Å2
ΔGint-268 kcal/mol
Surface area59940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)170.241, 170.241, 170.241
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Space group name H-MP4132

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要素

#1: タンパク質 Fusion glycoprotein F2


分子量: 9215.410 Da / 分子数: 1 / 変異: P102A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus A2 (ウイルス)
遺伝子: F / プラスミド: p(alpha)H / 細胞株 (発現宿主): FreeStyle(tm) 293-F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03420
#2: タンパク質 Fusion glycoprotein F1 fused with Fibritin trimerization domain


分子量: 45693.320 Da / 分子数: 1
変異: S155C, S190F, V207L, S290C, I379V, M447, VD486H, E487Q, F488W, D489H
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus A2 (ウイルス), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: F / プラスミド: p(alpha)H / 細胞株 (発現宿主): FreeStyle(tm) 293-F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03420, UniProt: P10104
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 1.4M sodium potassium tartarate, 0.1M CHES, pH 9.5, 0.2M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年7月11日
放射モノクロメーター: 1.00A / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 21005 / Num. obs: 21005 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.81→40.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 12.701 / SU ML: 0.254 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.559 / ESU R Free: 0.351 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27906 1088 5.2 %RANDOM
Rwork0.21321 ---
all0.2165 21005 --
obs0.2165 19968 99.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 106.461 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.81→40.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3771 0 0 73 3844
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.023840
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023728
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.031.9645212
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9853.0048582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.465484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.93225.779154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.31315698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.2271511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2621
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024303
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02824
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it9.90110.4711941
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other9.88710.4651940
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it14.48115.7032424
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other14.47815.7112425
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it10.82410.9221896
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other10.82110.9271897
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other15.44616.1342786
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined21.96883.8174511
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other21.96683.854512
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.807→2.88 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 92 -
Rwork0.27 1406 -
obs--99.07 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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