[日本語] English
万見
- PDB-4mmu: Crystal Structure of Prefusion-stabilized RSV F Variant DS-Cav1 a... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mmu
タイトルCrystal Structure of Prefusion-stabilized RSV F Variant DS-Cav1 at pH 5.5
要素(Fusion glycoprotein ...) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / fusion / membrane / structure-based vaccine design
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of syncytium formation by virus / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Maturation of hRSV A proteins / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / virion component / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell ...positive regulation of syncytium formation by virus / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Maturation of hRSV A proteins / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / virion component / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Fusion glycoprotein F0 / Fibritin
類似検索 - 構成要素
生物種Human respiratory syncytial virus A2 (ウイルス)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Joyce, M.G. / Mclellan, J.S. / Stewart-Jones, G.B.E. / Sastry, M. / Yang, Y. / Graham, B.S. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Structure-based design of a fusion glycoprotein vaccine for respiratory syncytial virus.
著者: McLellan, J.S. / Chen, M. / Joyce, M.G. / Sastry, M. / Stewart-Jones, G.B. / Yang, Y. / Zhang, B. / Chen, L. / Srivatsan, S. / Zheng, A. / Zhou, T. / Graepel, K.W. / Kumar, A. / Moin, S. / ...著者: McLellan, J.S. / Chen, M. / Joyce, M.G. / Sastry, M. / Stewart-Jones, G.B. / Yang, Y. / Zhang, B. / Chen, L. / Srivatsan, S. / Zheng, A. / Zhou, T. / Graepel, K.W. / Kumar, A. / Moin, S. / Boyington, J.C. / Chuang, G.Y. / Soto, C. / Baxa, U. / Bakker, A.Q. / Spits, H. / Beaumont, T. / Zheng, Z. / Xia, N. / Ko, S.Y. / Todd, J.P. / Rao, S. / Graham, B.S. / Kwong, P.D.
履歴
登録2013年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月26日Group: Data collection / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_detector / entity_src_gen / software / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22017年9月20日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42021年6月2日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity_src_gen
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.host_org_common_name ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fusion glycoprotein F2
B: Fusion glycoprotein F1 fused with Fibritin trimerization domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5258
ポリマ－54,8252
非ポリマー7006
水1,45981
1
A: Fusion glycoprotein F2
B: Fusion glycoprotein F1 fused with Fibritin trimerization domain
ヘテロ分子

A: Fusion glycoprotein F2
B: Fusion glycoprotein F1 fused with Fibritin trimerization domain
ヘテロ分子

A: Fusion glycoprotein F2
B: Fusion glycoprotein F1 fused with Fibritin trimerization domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,57524
ポリマ－164,4746
非ポリマー2,10118
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area44620 Å2
ΔGint-457 kcal/mol
Surface area52170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.588, 168.588, 168.588
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Space group name H-MP4132

-
要素

-
Fusion glycoprotein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Fusion glycoprotein F2


分子量: 9215.410 Da / 分子数: 1 / 変異: P102A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus A2 (ウイルス)
遺伝子: F / プラスミド: p(alpha)H / 細胞株 (発現宿主): FreeStyle(tm) 293-F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03420
#2: タンパク質 Fusion glycoprotein F1 fused with Fibritin trimerization domain


分子量: 45609.148 Da / 分子数: 1 / 変異: S155C, S190F, V207L, S290C, I379V, M447V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus A2 (ウイルス), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: F / プラスミド: p(alpha)H / 細胞株 (発現宿主): FreeStyle(tm) 293-F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03420, UniProt: P10104

-
糖 , 1種, 1分子

#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 86分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.22 %
結晶化pH: 5.5
詳細: 1.8 M Ammonium sulphate 0.1 M citrate pH5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年6月2日 / 詳細: SI 111
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 16922 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 16.3 % / Biso Wilson estimate: 74.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.22 / Rsym value: 0.22 / Net I/σ(I): 22.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4JHW

4jhw


解像度: 3→28.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU R Cruickshank DPI: 0.737 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 859 5.08 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.181 16922 99.8 %-
all-16956 --
原子変位パラメータBiso mean: 78.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→28.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3522 0 39 81 3642
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013607HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.434890HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1275SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes97HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes501HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3607HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.98
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion24.09
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion499SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4268SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3→3.18 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3027 131 4.94 %
Rwork0.2329 2519 -
all0.2364 2650 -
obs--99.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.3247-1.9265-1.244904.37642.5659-0.2137-0.9749-0.45790.80380.24310.18010.24020.2716-0.0294-0.13270.07520.024-0.03050.1357-0.1468168.423180.516205.324
21.7017-0.1939-0.73032.55884.0548.42350.23160.4289-0.39260.16610.2842-0.07370.97420.1323-0.51580.11380.0214-0.1541-0.0769-0.0466-0.0347172.573151.832168.77
30-2.5762-2.550202.08485.17720.00440.6884-0.3213-0.2501-0.2434-0.19380.7267-0.04610.239-0.1458-0.1935-0.2155-0.1939-0.2561-0.2592172.03152.954152.737
40.16614.31877.802405.94640-0.00740.9145-0.1187-0.36910.15350.36890.205-0.3768-0.14610.7150.1021-0.08380.0211-0.15550.09188.279163.838171.934
50.15311.7852.18340-0.87682.42160.22560.4232-0.4578-0.85990.07710.17010.44990.8178-0.3027-0.03950.1923-0.1636-0.119-0.1114-0.2117187.352160.199179.797
66.93613.94823.72696.7731-1.4955.6002-0.1935-0.2732-1.1824-0.29070.29810.13951.20420.6824-0.10460.72290.1522-0.1801-0.3851-0.0036-0.0235178.878140.192175.063
71.9068-0.6779-0.15664.21565.21680-0.00060.2834-0.58340.09390.15970.1590.55220.1037-0.15910.3253-0.3301-0.154-0.3252-0.2824-0.116167.441140.976158.727
83.4223.9562.07651.66630.9374.86840.03940.30740.0836-0.3199-0.0011-0.03940.49530.109-0.03830.3724-0.255-0.32160.2018-0.44920.0692161.451141.137144.913
92.2725-2.5931.95110.00331.12550-0.17520.1969-0.09480.28340.22160.5360.5413-0.3465-0.0464-0.1109-0.2207-0.2022-0.2276-0.2529-0.1478165.255153.149160.075
103.9629-2.0658-2.67482.92281.94995.9833-0.3041-0.5081-0.74470.57290.0270.21330.8588-0.14240.27710.1902-0.153-0.2158-0.1792-0.07740.0764170.721154.278178.652
110.55821.20230.75940-0.55763.1089-0.010.1674-0.4127-0.02350.21760.34370.932-0.1708-0.20750.26020.0038-0.1423-0.0075-0.03290.1936174.025156.093182.203
1212.29084.0412-0.08861.40233.40877.1812-0.1329-0.31861.0274-0.44420.13150.6057-0.82050.04960.0015-0.17050.0592-0.0097-0.2018-0.0625-0.2497177.026194.042199.428
134.6389-0.08860.45454.8132-0.27062.308-0.1814-0.09890.22190.17680.02530.21530.2119-0.25390.156-0.14780.03310.0006-0.08740.1276-0.1153178.692172.546199.324
145.3248-1.05512.8165.49966.18280.0434-0.10480.0664-0.0891-0.2505-0.00770.27520.1741-0.12120.1126-0.23450.01780.0248-0.07680.08510.0581182.996192.37197.622
154.466-5.30830.43151.21860.89671.89780.2069-0.07650.13040.2391-0.11520.56010.025-0.0655-0.0917-0.24350.02350.0174-0.0873-0.0349-0.1163165.06192.248195.687
164.78244.1044-1.03262.85753.08570-0.02470.1263-0.2950.18240.07010.5654-0.0717-0.5158-0.0454-0.0630.02580.13420.13840.09750.2545151.462192.567197.363
173.1985-1.35430.82751.6902-0.35844.16350.0145-0.2894-0.20330.08940.15070.41770.3388-0.5513-0.1652-0.06930.0435-0.01990.0173-0.06490.0526160.941190.117195.826
184.0999-4.7582-1.3441.8494-5.42980.6617-0.0994-0.9441-0.60820.42680.39271.22280.2039-0.4859-0.2933-0.1019-0.04150.25280.11130.15930.1505162.733182.393205.468
1917.2265.0510.26662.15741.12261.56230.3555-1.04690.39910.17350.0899-0.1137-0.49430.1664-0.4454-0.11050.0063-0.0572-0.2373-0.0705-0.1912185.938194.636203.264
201.5452-0.17778.539807.67492.81970.0852-0.13610.2180.5052-0.1173-0.8445-0.39730.60130.0321-0.0002-0.2097-0.21920.24950.05540.1818197.232197.739207.539
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|26 - 41}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|42 - 75}
3X-RAY DIFFRACTION3{A|76 - 96}
4X-RAY DIFFRACTION4{A|97 - 107}
5X-RAY DIFFRACTION5{B|137 - 162}
6X-RAY DIFFRACTION6{B|163 - 190}
7X-RAY DIFFRACTION7{B|191 - 205}
8X-RAY DIFFRACTION8{B|206 - 218}
9X-RAY DIFFRACTION9{B|219 - 236}
10X-RAY DIFFRACTION10{B|237 - 270}
11X-RAY DIFFRACTION11{B|271 - 314}
12X-RAY DIFFRACTION12{B|315 - 338}
13X-RAY DIFFRACTION13{B|339 - 392}
14X-RAY DIFFRACTION14{B|393 - 401}
15X-RAY DIFFRACTION15{B|402 - 426}
16X-RAY DIFFRACTION16{B|427 - 434}
17X-RAY DIFFRACTION17{B|435 - 459}
18X-RAY DIFFRACTION18{B|460 - 472}
19X-RAY DIFFRACTION19{B|473 - 493}
20X-RAY DIFFRACTION20{B|494 - 509}

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る