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- PDB-4mmu: Crystal Structure of Prefusion-stabilized RSV F Variant DS-Cav1 a... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4mmu | ||||||
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Title | Crystal Structure of Prefusion-stabilized RSV F Variant DS-Cav1 at pH 5.5 | ||||||
![]() | (Fusion glycoprotein ...) x 2 | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / fusion / membrane / structure-based vaccine design | ||||||
Function / homology | ![]() positive regulation of syncytium formation by virus / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Maturation of hRSV A proteins / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / virion component / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell ...positive regulation of syncytium formation by virus / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Maturation of hRSV A proteins / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / virion component / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joyce, M.G. / Mclellan, J.S. / Stewart-Jones, G.B.E. / Sastry, M. / Yang, Y. / Graham, B.S. / Kwong, P.D. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure-based design of a fusion glycoprotein vaccine for respiratory syncytial virus. Authors: McLellan, J.S. / Chen, M. / Joyce, M.G. / Sastry, M. / Stewart-Jones, G.B. / Yang, Y. / Zhang, B. / Chen, L. / Srivatsan, S. / Zheng, A. / Zhou, T. / Graepel, K.W. / Kumar, A. / Moin, S. / ...Authors: McLellan, J.S. / Chen, M. / Joyce, M.G. / Sastry, M. / Stewart-Jones, G.B. / Yang, Y. / Zhang, B. / Chen, L. / Srivatsan, S. / Zheng, A. / Zhou, T. / Graepel, K.W. / Kumar, A. / Moin, S. / Boyington, J.C. / Chuang, G.Y. / Soto, C. / Baxa, U. / Bakker, A.Q. / Spits, H. / Beaumont, T. / Zheng, Z. / Xia, N. / Ko, S.Y. / Todd, J.P. / Rao, S. / Graham, B.S. / Kwong, P.D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 199.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 160.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4mmqC ![]() 4mmrC ![]() 4mmsC ![]() 4mmtC ![]() 4mmvC ![]() 4jhwS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Fusion glycoprotein ... , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 9215.410 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: P102A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 45609.148 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: S155C, S190F, V207L, S290C, I379V, M447V Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: F / Plasmid: p(alpha)H / Cell line (production host): FreeStyle(tm) 293-F / Production host: ![]() |
-Sugars , 1 types, 1 molecules ![](data/chem/img/NAG.gif)
#4: Sugar | ChemComp-NAG / |
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-Non-polymers , 3 types, 86 molecules ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Chemical | ChemComp-PO4 / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.64 Å3/Da / Density % sol: 66.22 % |
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Crystal grow | pH: 5.5 Details: 1.8 M Ammonium sulphate 0.1 M citrate pH5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MAR scanner 300 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jun 2, 2013 / Details: SI 111 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3→50 Å / Num. obs: 16922 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 16.3 % / Biso Wilson estimate: 74.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.22 / Rsym value: 0.22 / Net I/σ(I): 22.4 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 4JHW Resolution: 3→28.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU R Cruickshank DPI: 0.737 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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Displacement parameters | Biso mean: 78.06 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.41 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3→28.5 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3→3.18 Å / Total num. of bins used: 9
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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