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- PDB-4mmp: Structure of Sialic Acid Binding Protein from Pasturella Multocida -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mmp
タイトルStructure of Sialic Acid Binding Protein from Pasturella Multocida
要素Sialic Acid Binding Protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Sugar Transport / TRAP Transporter
機能・相同性Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / N-acetyl-beta-neuraminic acid / :
機能・相同性情報
生物種Pasteurella multocida subsp. gallicida P1059 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Ramaswamy, S. / Thanuja, G.S.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Bacterial periplasmic sialic acid-binding proteins exhibit a conserved binding site.
著者: Gangi Setty, T. / Cho, C. / Govindappa, S. / Apicella, M.A. / Ramaswamy, S.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Characterization of the N-acetyl-5-neuraminic acid-binding site of the extracytoplasmic solute receptor (SiaP) of nontypeable Haemophilus influenzae strain 2019.
著者: Johnston, J.W. / Coussens, N.P. / Allen, S. / Houtman, J.C. / Turner, K.H. / Zaleski, A. / Ramaswamy, S. / Gibson, B.W. / Apicella, M.A.
履歴
登録2013年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sialic Acid Binding Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5162
ポリマ－34,2071
非ポリマー3091
水3,477193
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.643, 77.758, 85.519
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Sialic Acid Binding Protein / Periplasmic Sialic Acid Binding Protein / TRAP-type transport system periplasmic component


分子量: 34206.879 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-327 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pasteurella multocida subsp. gallicida P1059 (バクテリア)
遺伝子: SiaP, P1059_01877 / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: K0Y3H9
#2: 糖 ChemComp-SLB / N-acetyl-beta-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / O-sialic acid / 5-N-ACETYL-BETA-D-NEURAMINIC ACID / BETA-SIALIC ACID / N-アセチル-β-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H19NO9
識別子タイププログラム
DNeup5AcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.65 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Drops were setup with equal volume of protein and 1.6M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 6.5(crystallization buffer) and suspended over 100 l of crystallization buffer, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: Drops were setup with equal volume of protein and 1.6M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 6.5(crystallization buffer) and suspended over 100 l of crystallization buffer, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月21日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→85.519 Å / Num. all: 40313 / Num. obs: 40313 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 21.5 Å2 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.57-1.655.30.4391.73011556480.43997.1
1.65-1.756.60.3252.23614455040.32599.7
1.75-1.886.30.2273.13287551860.22799.6
1.88-2.036.50.1644.23187448770.16499.9
2.03-2.226.20.1275.32768844590.12799.8
2.22-2.486.30.1036.32549940600.10399.8
2.48-2.866.10.0887.22223436300.08899.9
2.86-3.516.20.0778.11908530880.07799.8
3.51-4.965.90.0689.11436524250.06899.6
4.96-85.5195.70.0589.9822314360.05899.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-3000データ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3B50

3b50


解像度: 1.57→57.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 1.477 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1998 2016 5 %RANDOM
Rwork0.1616 ---
all0.1635 40313 --
obs0.1635 40254 99.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 73.49 Å2 / Biso mean: 21.9862 Å2 / Biso min: 10.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20 Å2
2---0.25 Å20 Å2
3---0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→57.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2410 0 21 193 2624
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.022477
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021664
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1311.993353
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.08934108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2035307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.54826.091110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.70215439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.256155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.2380
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0212731
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02459
LS精密化 シェル解像度: 1.57→1.61 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 122 -
Rwork0.266 2521 -
all-2643 -
obs--94.12 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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