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- PDB-4mm0: Crystal Structure Analysis of the Putative Thioether Synthase Sgv... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mm0
タイトルCrystal Structure Analysis of the Putative Thioether Synthase SgvP Involved in the Tailoring Step of Griseoviridin
要素P450-like monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 / monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / p450-like monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces griseoviridis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Zhang, H. / Huang, L. / Yi, M. / Cai, T. / Zhang, H.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Analysis of SgvP: a Putative Thioether Synthase Involved in the Tailoring Step of Griseoviridin
著者: Zhang, H. / Huang, L. / Yi, M. / Cai, T. / Zhang, H.
履歴
登録2013年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P450-like monooxygenase
B: P450-like monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,0414
ポリマ－87,8082
非ポリマー1,2332
水6,900383
1
A: P450-like monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5202
ポリマ－43,9041
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: P450-like monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5202
ポリマ－43,9041
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)184.050, 184.050, 80.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 P450-like monooxygenase


分子量: 43903.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces griseoviridis (バクテリア)
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: R9USI6*PLUS, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: R9USI6*PLUS, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST IN UNIPROT. THE SEQUENCE ...A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST IN UNIPROT. THE SEQUENCE HAS BEEN DEPOSITED TO DDBJ WITH ACCESSION NUMBER AGN74891.1. N-TERMINAL RESIDUES MET-ALA-SER ARE FROM EXPRESSION TAGS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.24 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 20%(w/v) Polyethylene glycol 3350, 0.2M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 3.0%(v/v) Dimethyl sulfoxide, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 77.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979228 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979228 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→29.856 Å / Num. all: 43006 / Num. obs: 42958 / % possible obs: 99.89 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 3.11
反射 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Y46

2y46


解像度: 2.6→29.856 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.25 / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 19.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2138 2166 5.05 %RANDOM
Rwork0.1706 ---
all0.1774 42905 --
obs0.1727 42905 100 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 143.81 Å2 / Biso mean: 30.0195 Å2 / Biso min: 4.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.856 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6091 0 86 383 6560
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086323
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1278647
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6992339
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066974
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051132
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.6002-2.66060.31851560.222226672823
2.6606-2.72710.2791430.209726392782
2.7271-2.80080.24181220.196927032825
2.8008-2.88320.26171470.193126762823
2.8832-2.97610.2481690.190626642833
2.9761-3.08240.27161440.191326812825
3.0824-3.20570.23771280.184327002828
3.2057-3.35140.23591280.181427132841
3.3514-3.52780.24761740.173826662840
3.5278-3.74850.22451330.175226922825
3.7485-4.03720.20661380.161327362874
4.0372-4.44230.18191490.145327312880
4.4423-5.08240.17441420.1427512893
5.0824-6.3930.19851280.178828062934
6.393-29.85760.1611650.156529143079

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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