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- PDB-4mlv: Crystal Structure of Bacillus megaterium porphobilinogen deaminase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mlv
タイトルCrystal Structure of Bacillus megaterium porphobilinogen deaminase
要素Porphobilinogen deaminase
キーワードTRANSFERASE / Tetrapyrrole biosynthesis / porphobilinogen deaminase / dipyrromethane cofactor / three-domain fold / domains 1 and 2 resemble the fold of type II periplasmic binding proteins / pyrrole polymerisation
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxymethylbilane synthase / hydroxymethylbilane synthase activity / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain / Porphobilinogen deaminase / Porphobilinogen deaminase, N-terminal / Porphobilinogen deaminase, C-terminal / Porphobilinogen deaminase, dipyrromethane cofactor binding site / Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain superfamily / Porphobilinogen deaminase, dipyromethane cofactor binding domain / Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain / Porphobilinogen deaminase cofactor-binding site. / Double Stranded RNA Binding Domain ...Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain / Porphobilinogen deaminase / Porphobilinogen deaminase, N-terminal / Porphobilinogen deaminase, C-terminal / Porphobilinogen deaminase, dipyrromethane cofactor binding site / Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain superfamily / Porphobilinogen deaminase, dipyromethane cofactor binding domain / Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain / Porphobilinogen deaminase cofactor-binding site. / Double Stranded RNA Binding Domain / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-29P / ACETIC ACID / Chem-DPM / Porphobilinogen deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.455 Å
データ登録者Azim, N. / Deery, E. / Warren, M.J. / Erskine, P. / Cooper, J.B. / Coker, A. / Wood, S.P. / Akhtar, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structural evidence for the partially oxidized dipyrromethene and dipyrromethanone forms of the cofactor of porphobilinogen deaminase: structures of the Bacillus megaterium enzyme at near-atomic resolution.
著者: Azim, N. / Deery, E. / Warren, M.J. / Wolfenden, B.A. / Erskine, P. / Cooper, J.B. / Coker, A. / Wood, S.P. / Akhtar, M.
履歴
登録2013年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Porphobilinogen deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4304
ポリマ－34,5131
非ポリマー9173
水5,855325
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.320, 65.780, 97.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Porphobilinogen deaminase / PBG / Hydroxymethylbilane synthase / Pre-uroporphyrinogen synthase


分子量: 34512.770 Da / 分子数: 1 / 断片: porphobilinogen deaminase / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア)
遺伝子: hemC / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 / 参照: UniProt: Q8GCA8, hydroxymethylbilane synthase
#2: 化合物 ChemComp-DPM / 3-[5-{[3-(2-carboxyethyl)-4-(carboxymethyl)-5-methyl-1H-pyrrol-2-yl]methyl}-4-(carboxymethyl)-1H-pyrrol-3-yl]propanoic acid / DIPYRROMETHANE COFACTOR


分子量: 420.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N2O8
#3: 化合物 ChemComp-29P / 3-[(5S)-5-{[3-(2-carboxyethyl)-4-(carboxymethyl)-5-methyl-1H-pyrrol-2-yl]methyl}-4-(carboxymethyl)-2-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-3-yl]propanoic acid / Dipyrromethanone


分子量: 436.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N2O9
#4: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M sodium cacodylate, 0.2M magnesium acetate, 25-30% PEG 8K, pH 6.5 - 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
PH範囲: 6.5 - 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月2日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.455→48.6 Å / Num. all: 60772 / Num. obs: 60772 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 1.455→1.53 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.559 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PDA

1pda


解像度: 1.455→46.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 2.028 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18559 3073 5.1 %RANDOM
Rwork0.14112 ---
obs0.14331 57626 99.98 %-
all-60772 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.972 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å20 Å2
2---0.01 Å2-0 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.455→46.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2253 0 65 325 2643
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0192366
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.022331
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4382.0133180
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.2083.0065403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3695288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.12724.608102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.85415460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.9851519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1580.2352
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0212613
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02469
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7961.951159
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7341.9431157
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3252.9191444
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3312.9261445
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.6852.5221207
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.6892.5241205
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.5893.5791736
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.9817.5972810
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.80816.8822690
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.15434697
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free25.6195114
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.81654879
LS精密化 シェル解像度: 1.455→1.493 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 249 -
Rwork0.237 4176 -
obs--99.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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