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- PDB-4mlm: Crystal Structure of PhnZ from uncultured bacterium HF130_AEPn_1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mlm
タイトルCrystal Structure of PhnZ from uncultured bacterium HF130_AEPn_1
要素Predicted HD phosphohydrolase PhnZ
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI / all alpha / carbon-phosphorus bond cleavage
機能・相同性
機能・相同性情報


2-amino-1-hydroxyethylphosphonate dioxygenase (glycine-forming) / oxidoreductase activity / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / HDIG domain / Hypothetical protein af1432 / Hypothetical protein af1432 / HD domain / HD domain / HD/PDEase domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / L(+)-TARTARIC ACID / 2-amino-1-hydroxyethylphosphonate dioxygenase (glycine-forming)
類似検索 - 構成要素
生物種uncultured bacterium HF130_AEPn_1 (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者van Staalduinen, L.M. / McSorley, F.R. / Zechel, D.L. / Jia, Z. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of PhnZ in complex with substrate reveals a di-iron oxygenase mechanism for catabolism of organophosphonates.
著者: van Staalduinen, L.M. / McSorley, F.R. / Schiessl, K. / Seguin, J. / Wyatt, P.B. / Hammerschmidt, F. / Zechel, D.L. / Jia, Z.
履歴
登録2013年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年11月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Predicted HD phosphohydrolase PhnZ
B: Predicted HD phosphohydrolase PhnZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,57813
ポリマ－45,4552
非ポリマー1,12311
水6,774376
1
A: Predicted HD phosphohydrolase PhnZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2747
ポリマ－22,7281
非ポリマー5466
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Predicted HD phosphohydrolase PhnZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3056
ポリマ－22,7281
非ポリマー5775
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4090 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area17390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.670, 76.040, 60.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-356-

HOH

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB

#1: タンパク質 Predicted HD phosphohydrolase PhnZ


分子量: 22727.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) uncultured bacterium HF130_AEPn_1 (環境試料)
遺伝子: ALOHA_HF130_AEPn_1_06c / プラスミド: pJExpress / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0E8I5
#6: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 6種, 386分子

#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.71 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.4 M ammonium sulfate, 0.15 M potassium sodium L-tartrate, 0.5 % n-octyl-beta,D-glucoside, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9794, 0.9796, 0.9778
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月22日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
20.97961
30.97781
反射解像度: 1.7→19.8 Å / Num. all: 102392 / Num. obs: 103003 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rsym value: 0.057
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Mean I/σ(I) obs: 14.4 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
autoSHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→19.8 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.47 / 位相誤差: 16.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1977 2744 5.08 %RANDOM
Rwork0.1717 ---
obs0.173 53980 99.97 %-
all-53980 --
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.453 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1688 Å20 Å2-0 Å2
2--0.3704 Å20 Å2
3----0.2017 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2989 0 61 376 3426
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093157
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9414254
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0011190
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068439
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003551
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.72930.27361410.24682527X-RAY DIFFRACTION100
1.7293-1.76070.27411560.21562483X-RAY DIFFRACTION100
1.7607-1.79460.21421130.21652560X-RAY DIFFRACTION100
1.7946-1.83120.23081230.20662553X-RAY DIFFRACTION100
1.8312-1.8710.23691480.2022515X-RAY DIFFRACTION100
1.871-1.91450.25331280.19282525X-RAY DIFFRACTION100
1.9145-1.96230.1981190.17992572X-RAY DIFFRACTION100
1.9623-2.01530.25271360.1722530X-RAY DIFFRACTION100
2.0153-2.07460.21031590.17112503X-RAY DIFFRACTION100
2.0746-2.14140.19881380.1632522X-RAY DIFFRACTION100
2.1414-2.21790.18831370.16112558X-RAY DIFFRACTION100
2.2179-2.30660.19021130.16262591X-RAY DIFFRACTION100
2.3066-2.41140.21421500.15562511X-RAY DIFFRACTION100
2.4114-2.53830.20451490.16532585X-RAY DIFFRACTION100
2.5383-2.69690.18441280.17032573X-RAY DIFFRACTION100
2.6969-2.90460.19671400.16642561X-RAY DIFFRACTION100
2.9046-3.19580.18611570.16892572X-RAY DIFFRACTION100
3.1958-3.65570.16091190.15792612X-RAY DIFFRACTION100
3.6557-4.59630.15151430.14382629X-RAY DIFFRACTION100
4.5963-19.81970.2231470.19762754X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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