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- PDB-4mlj: dihydrodipicolinate synthase from C. jejuni, Y110F mutation with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mlj
タイトルdihydrodipicolinate synthase from C. jejuni, Y110F mutation with pyruvate bound to the active site
要素dihydrodipicolinate synthase
キーワードLYASE / schiff-base / aldolase / TIM barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / diaminopimelate biosynthetic process / L-lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytosol
類似検索 - 分子機能
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Conly, C.J.T.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Tyrosine 110 Plays a Critical Role in Regulating the Allosteric Inhibition of Campylobacter jejuni Dihydrodipicolinate Synthase by Lysine.
著者: Conly, C.J. / Skovpen, Y.V. / Li, S. / Palmer, D.R. / Sanders, D.A.
履歴
登録2013年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月21日Group: Data collection
改定 1.22015年4月1日Group: Structure summary
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dihydrodipicolinate synthase
B: dihydrodipicolinate synthase
C: dihydrodipicolinate synthase
D: dihydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,5048
ポリマ－134,9474
非ポリマー5574
水8,701483
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10670 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area40290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.610, 97.240, 148.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
dihydrodipicolinate synthase / HTPA synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase


分子量: 33736.746 Da / 分子数: 4 / 変異: Y110F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
遺伝子: dapA / プラスミド: pQE-80L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-blue
参照: UniProt: Q9PPB4, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 483 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.94 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 18% PEG4000, 0.2 M sodium acetate, 0.1 mM TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月12日
放射モノクロメーター: KOHZU double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.41→50 Å / Num. obs: 52574 / % possible obs: 79.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 18.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.43 / Net I/σ(I): 4.21
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 0.09 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Mean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.41-1.50.0914267717520
1.5-1.60.2545721961858
1.6-1.730.341061562827689.7
1.73-1.890.8519147129020100
1.89-2.112.0721854626368100
2.11-2.444.2319324323314100
2.44-2.997.1216498719796100
2.99-4.2214.5212690715496100
4.2221.769156884999.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIXdev_1356精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MxDCデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LY8

4ly8


解像度: 2.3→48.62 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.39 / FOM work R set: 0.8924 / SU ML: 0.23 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 17.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1999 2629 5 %random
Rwork0.1408 ---
all0.1438 52571 --
obs0.1438 52571 99.99 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 105.89 Å2 / Biso mean: 20.1662 Å2 / Biso min: 7.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9135 0 37 483 9655
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0079342
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07912616
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0721457
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051614
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6743524
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.3-2.34170.25751350.165425672702
2.3417-2.38680.2391370.15126052742
2.3868-2.43550.24061370.152626042741
2.4355-2.48840.23561350.1425532688
2.4884-2.54630.18861370.137826122749
2.5463-2.610.21171380.131626152753
2.61-2.68060.22251360.132925962732
2.6806-2.75940.21591370.139925892726
2.7594-2.84850.22761370.144926152752
2.8485-2.95030.23511380.148226162754
2.9503-3.06840.23131370.148425972734
3.0684-3.2080.20591380.149326232761
3.208-3.37710.2021390.147326442783
3.3771-3.58860.21281380.141926192757
3.5886-3.86560.17021380.135126352773
3.8656-4.25440.17251400.119626552795
4.2544-4.86950.15481410.125326762817
4.8695-6.13320.1871420.14726982840
6.1332-48.63080.17021490.149728232972
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 46.2365 Å / Origin y: 3.3323 Å / Origin z: 18.532 Å
111213212223313233
T0.0979 Å2-0.0074 Å2-0.0027 Å2-0.0805 Å20.0037 Å2--0.0925 Å2
L0.192 °2-0.0404 °2-0 °2-0.109 °20.0301 °2--0.1555 °2
S-0.007 Å °-0.0024 Å °0.0113 Å °-0.0082 Å °-0.0011 Å °-0.0016 Å °-0.0128 Å °0.0122 Å °0.0052 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA4 - 298
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 298
3X-RAY DIFFRACTION1allC2 - 298
4X-RAY DIFFRACTION1allD2 - 298
5X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 301
6X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 301
7X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 301
8X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 302
9X-RAY DIFFRACTION1allC - A1 - 571

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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