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万見
- PDB-4mlc: ABC Transporter Substrate-Binding Protein fromDesulfitobacterium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mlc
タイトルABC Transporter Substrate-Binding Protein fromDesulfitobacterium hafniense
要素Extracellular ligand-binding receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / SBP (substrate-binding protein) / alpha-beta-alpha sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid transport / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Leu/Ile/Val-binding protein / : / Leucine-binding protein domain / Periplasmic binding protein / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Extracellular ligand-binding receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfitobacterium hafniense (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.705 Å
データ登録者Kim, Y. / Chhor, G. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: ABC Transporter Substrate-Binding Protein fromDesulfitobacterium hafniense
著者: Kim, Y. / Chhor, G. / Endres, M. / Joachimiak, A.
履歴
登録2013年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Extracellular ligand-binding receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4924
ポリマ－39,2601
非ポリマー2323
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Extracellular ligand-binding receptor
ヘテロ分子

A: Extracellular ligand-binding receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,9838
ポリマ－78,5192
非ポリマー4646
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
Buried area3240 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area27290 Å2
手法PISA
3
A: Extracellular ligand-binding receptor
ヘテロ分子

A: Extracellular ligand-binding receptor
ヘテロ分子

A: Extracellular ligand-binding receptor
ヘテロ分子

A: Extracellular ligand-binding receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,96716
ポリマ－157,0384
非ポリマー92912
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
crystal symmetry operation3_756-x+2,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area9210 Å2
ΔGint-161 kcal/mol
Surface area51840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.195, 81.796, 128.739
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Extracellular ligand-binding receptor


分子量: 39259.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfitobacterium hafniense (バクテリア)
株: DCB-2 / 遺伝子: Dhaf_0110 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: B8FZ96
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.68 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Calciam Acetate, 0.1 M sodium Caccodylate pH 6.5, 40 % (v/v) PEG300, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月27日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 11736 / Num. obs: 11736 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 30.58 Å2 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.35 / Num. unique all: 583 / Rsym value: 0.698 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1161)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.705→34.972 Å / SU ML: 0.3 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.39 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 1130 9.98 %random
Rwork0.166 ---
all0.171 11328 --
obs0.171 11328 96.31 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.705→34.972 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2597 0 11 38 2646
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012681
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.243635
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.77964
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088386
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005485
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.7054-2.82850.29421240.19521041116581
2.8285-2.97750.25981250.19021227135294
2.9775-3.1640.24521380.1831274141297
3.164-3.40810.21411490.16821291144099
3.4081-3.75070.21811470.153313061453100
3.7507-4.29260.21511450.144113301475100
4.2926-5.4050.19811440.144713381482100
5.405-34.97490.19231580.18551391154999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4508-0.4124-0.11442.81330.21182.5404-0.02470.17660.3209-0.0680.06670.3751-0.3213-0.18-0.0250.20350.0529-0.01320.22660.15410.277762.216323.265241.0293
20.44110.5742-0.16481.7849-0.00710.0776-0.0592-0.00750.0199-0.13770.0499-0.02120.05130.0156-0.03030.2025-0.01580.00810.19320.05310.138269.37999.885751.3269
32.33410.05320.07421.87450.6593.98270.12160.1535-0.1418-0.08660.03120.02640.13110.0302-0.14410.1683-0.071-0.04690.19140.00010.197367.212-13.591745.4107
42.2286-2.935-0.29136.1764-0.55051.3085-0.08890.1886-0.2532-0.0381-0.0360.8161-0.0383-0.20420.14240.1675-0.0554-0.06560.3330.0990.365747.97236.537945.3097
52.1640.68950.89735.06880.42362.27870.0212-0.26130.20220.551-0.0880.3705-0.1794-0.30650.07550.23460.0950.07180.30890.05860.170358.131914.178453.944
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 80 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 81 through 136 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 137 through 230 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 231 through 280 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 281 through 351 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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