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万見
- PDB-4ml3: X-ray structure of ComE D58A REC domain from Streptococcus pneumoniae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ml3
タイトルX-ray structure of ComE D58A REC domain from Streptococcus pneumoniae
要素Response regulator
キーワードUNKNOWN FUNCTION / protein Dimer / REC / response regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / LytTr DNA-binding domain / LytTr DNA-binding domain / LytTR DNA-binding domain / LytTR-type HTH domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily ...: / LytTr DNA-binding domain / LytTr DNA-binding domain / LytTR DNA-binding domain / LytTR-type HTH domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Response regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Boudes, M. / Sanchez, D. / Durand, D. / Graille, M. / van Tilbeurgh, H. / Quevillon-Cheruel, S.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Structural insights into the dimerization of the response regulator ComE from Streptococcus pneumoniae.
著者: Boudes, M. / Sanchez, D. / Graille, M. / van Tilbeurgh, H. / Durand, D. / Quevillon-Cheruel, S.
履歴
登録2013年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月18日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Response regulator
B: Response regulator
C: Response regulator
D: Response regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6784
ポリマ－68,6784
非ポリマー00
水00
1
A: Response regulator
C: Response regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3392
ポリマ－34,3392
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1510 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area12900 Å2
手法PISA
2
B: Response regulator
D: Response regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3392
ポリマ－34,3392
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1620 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area13350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.470, 91.470, 134.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質
Response regulator


分子量: 17169.479 Da / 分子数: 4 / 断片: REC domain (UNP residues 1-137) / 変異: D58A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: ATCC BAA-255 / R6 / 遺伝子: comE, spr2041 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3) / 参照: UniProt: Q8DMW5

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.12 %
結晶化温度: 291.2 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.2M Sodium formate , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.2K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月24日
放射モノクロメーター: channel cut cryogenically cooled monochromator crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→45.7 Å / Num. all: 11136 / Num. obs: 11099 / % possible obs: 99.67 % / Observed criterion σ(F): 3.16 / Observed criterion σ(I): 3.16 / 冗長度: 9.22 % / Biso Wilson estimate: 65.55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Rsym value: 0.144 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 3.15→3.46 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Mean I/σ(I) obs: 15 / Num. unique all: 11099 / Rsym value: 0.144 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
APEXデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4B1N

4b1n
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.15→45.7 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.99 / σ(I): 2 / 位相誤差: 33.2 / 立体化学のターゲット値: LS_WUNIT_K1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.322 553 4.99 %4.99%
Rwork0.272 ---
obs0.2745 11086 99.58 %-
all-11136 --
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 69.909 Å2 / ksol: 0.14 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--24.3346 Å20 Å20 Å2
2---24.3346 Å2-0 Å2
3---48.6691 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→45.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4333 0 0 0 4333
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044409
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8785926
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8021678
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061668
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003741
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.15-3.46380.3731360.38162596X-RAY DIFFRACTION99
3.4638-3.96480.3511380.28842643X-RAY DIFFRACTION100
3.9648-4.99430.27991380.23622618X-RAY DIFFRACTION100
4.9943-45.73980.3241410.25722676X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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