[日本語] English
万見
- PDB-4ml0: Crystal structure of E.coli DinJ-YafQ complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ml0
タイトルCrystal structure of E.coli DinJ-YafQ complex
要素
  • Predicted antitoxin of YafQ-DinJ toxin-antitoxin system
  • Predicted toxin of the YafQ-DinJ toxin-antitoxin system
キーワードTOXIN/ANTITOXIN / RHH motif / interferase / TOXIN-ANTITOXIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


single-species biofilm formation / mRNA catabolic process / toxic substance binding / translational termination / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Antitoxin DinJ / RelB antitoxin/Antitoxin DinJ / RelB antitoxin / Toxin-antitoxin system, YafQ-like toxin / Bacterial toxin of type II toxin-antitoxin system, YafQ / RelE-like / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin family / YaeB-like fold / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin domain superfamily / Arc-type ribbon-helix-helix ...Antitoxin DinJ / RelB antitoxin/Antitoxin DinJ / RelB antitoxin / Toxin-antitoxin system, YafQ-like toxin / Bacterial toxin of type II toxin-antitoxin system, YafQ / RelE-like / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin family / YaeB-like fold / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin domain superfamily / Arc-type ribbon-helix-helix / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
mRNA interferase toxin YafQ / Antitoxin DinJ / : / :
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Liang, Y.J. / Gao, Z.Q. / Liu, Q.S. / Dong, Y.H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structural and Functional Characterization of Escherichia coli Toxin-Antitoxin Complex DinJ-YafQ
著者: Liang, Y. / Gao, Z. / Wang, F. / Zhang, Y. / Dong, Y. / Liu, Q.
履歴
登録2013年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月20日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Predicted antitoxin of YafQ-DinJ toxin-antitoxin system
B: Predicted toxin of the YafQ-DinJ toxin-antitoxin system
C: Predicted antitoxin of YafQ-DinJ toxin-antitoxin system
D: Predicted toxin of the YafQ-DinJ toxin-antitoxin system
E: Predicted antitoxin of YafQ-DinJ toxin-antitoxin system
F: Predicted toxin of the YafQ-DinJ toxin-antitoxin system
G: Predicted antitoxin of YafQ-DinJ toxin-antitoxin system
H: Predicted toxin of the YafQ-DinJ toxin-antitoxin system
I: Predicted antitoxin of YafQ-DinJ toxin-antitoxin system
J: Predicted toxin of the YafQ-DinJ toxin-antitoxin system
K: Predicted antitoxin of YafQ-DinJ toxin-antitoxin system
L: Predicted toxin of the YafQ-DinJ toxin-antitoxin system
M: Predicted antitoxin of YafQ-DinJ toxin-antitoxin system
N: Predicted toxin of the YafQ-DinJ toxin-antitoxin system
O: Predicted antitoxin of YafQ-DinJ toxin-antitoxin system
P: Predicted toxin of the YafQ-DinJ toxin-antitoxin system
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,23458
ポリマ－166,19916
非ポリマー4,03542
水22,0321223
1
A: Predicted antitoxin of YafQ-DinJ toxin-antitoxin system
B: Predicted toxin of the YafQ-DinJ toxin-antitoxin system
C: Predicted antitoxin of YafQ-DinJ toxin-antitoxin system
D: Predicted toxin of the YafQ-DinJ toxin-antitoxin system
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,51014
ポリマ－41,5504
非ポリマー96110
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13210 Å2
ΔGint-231 kcal/mol
Surface area16900 Å2
手法PISA
2
E: Predicted antitoxin of YafQ-DinJ toxin-antitoxin system
F: Predicted toxin of the YafQ-DinJ toxin-antitoxin system
G: Predicted antitoxin of YafQ-DinJ toxin-antitoxin system
H: Predicted toxin of the YafQ-DinJ toxin-antitoxin system
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,51014
ポリマ－41,5504
非ポリマー96110
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12940 Å2
ΔGint-204 kcal/mol
Surface area17080 Å2
手法PISA
3
I: Predicted antitoxin of YafQ-DinJ toxin-antitoxin system
J: Predicted toxin of the YafQ-DinJ toxin-antitoxin system
K: Predicted antitoxin of YafQ-DinJ toxin-antitoxin system
L: Predicted toxin of the YafQ-DinJ toxin-antitoxin system
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,60615
ポリマ－41,5504
非ポリマー1,05711
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13000 Å2
ΔGint-208 kcal/mol
Surface area17010 Å2
手法PISA
4
M: Predicted antitoxin of YafQ-DinJ toxin-antitoxin system
N: Predicted toxin of the YafQ-DinJ toxin-antitoxin system
O: Predicted antitoxin of YafQ-DinJ toxin-antitoxin system
P: Predicted toxin of the YafQ-DinJ toxin-antitoxin system
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,60615
ポリマ－41,5504
非ポリマー1,05711
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13820 Å2
ΔGint-253 kcal/mol
Surface area17020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)175.901, 120.250, 120.201
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 130.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Predicted antitoxin of YafQ-DinJ toxin-antitoxin system


分子量: 9649.993 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: B / REL606 / 遺伝子: dinJ, ECB_00221 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C6UAV3, UniProt: A0A140ND86*PLUS
#2: タンパク質
Predicted toxin of the YafQ-DinJ toxin-antitoxin system


分子量: 11124.896 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: B / REL606 / 遺伝子: yafQ, ECB_00220 / プラスミド: pCDFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C6UAV2, UniProt: A0A140NAP5*PLUS
#3: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2M (NH4)2SO4, 2.5% 2-Propanol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月3日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 111791 / Num. obs: 110921 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 20.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 33
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.458 / Mean I/σ(I) obs: 9.32 / Num. unique all: 5575 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→43.713 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2151 5539 5 %random
Rwork0.1748 ---
all0.1768 110921 --
obs0.1748 110779 99.89 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.501 Å2 / ksol: 0.359 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.2773 Å2-0 Å2-1.4656 Å2
2---1.2153 Å2-0 Å2
3----2.062 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→43.713 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11132 0 210 1223 12565
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00811510
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06315543
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.774319
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0721733
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041950
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1-2.12390.24432070.1923485100
2.1239-2.14890.25191660.17753524100
2.1489-2.17510.23531850.17733475100
2.1751-2.20260.22951800.17493510100
2.2026-2.23160.23711810.17633511100
2.2316-2.26210.25251780.1773482100
2.2621-2.29450.26052000.17833499100
2.2945-2.32870.23681900.18483489100
2.3287-2.36510.25111990.17313496100
2.3651-2.40390.22961950.18493493100
2.4039-2.44530.25272020.18783473100
2.4453-2.48980.25181840.18093497100
2.4898-2.53760.21731900.18033516100
2.5376-2.58940.24031770.18183466100
2.5894-2.64570.25321840.18713496100
2.6457-2.70730.22651930.19273498100
2.7073-2.7750.24261710.18823536100
2.775-2.850.20621830.18243512100
2.85-2.93380.24251820.18553511100
2.9338-3.02850.22941850.18783501100
3.0285-3.13670.23821690.18653552100
3.1367-3.26230.22231850.18013508100
3.2623-3.41070.19081750.17413516100
3.4107-3.59040.21151790.16613510100
3.5904-3.81530.2021760.15953542100
3.8153-4.10960.17911950.15713496100
4.1096-4.52280.16861680.14583542100
4.5228-5.17640.17821630.14893570100
5.1764-6.51820.2042000.19383538100
6.5182-43.72230.18231970.1851349697

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る