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Yorodumi- PDB-4q2u: Crystal structure of the E. coli DinJ-YafQ toxin-antitoxin complex -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4q2u | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of the E. coli DinJ-YafQ toxin-antitoxin complex | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | TOXIN/TOXIN REPRESSOR / Bacterial Toxin-Antitoxin complex / Translation control / RHH motif / Ribonuclease / DNA binding / Ribosome binding / TOXIN-TOXIN REPRESSOR complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationnegative regulation of DNA-templated transcription initiation / toxin-antitoxin complex / single-species biofilm formation / regulation of growth / mRNA catabolic process / toxic substance binding / translational termination / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA endonuclease activity / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism ...negative regulation of DNA-templated transcription initiation / toxin-antitoxin complex / single-species biofilm formation / regulation of growth / mRNA catabolic process / toxic substance binding / translational termination / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA endonuclease activity / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / ribosome binding / Hydrolases; Acting on ester bonds / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / DNA binding / RNA binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Maehigashi, T. / Ruangprasert, A. / Dunham, C.M. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2014Title: Mechanisms of Toxin Inhibition and Transcriptional Repression by Escherichia coli DinJ-YafQ. Authors: Ruangprasert, A. / Maehigashi, T. / Miles, S.J. / Giridharan, N. / Liu, J.X. / Dunham, C.M. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4q2u.cif.gz | 596.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4q2u.ent.gz | 499.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4q2u.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4q2u_validation.pdf.gz | 558.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4q2u_full_validation.pdf.gz | 566.3 KB | Display | |
| Data in XML | 4q2u_validation.xml.gz | 74 KB | Display | |
| Data in CIF | 4q2u_validation.cif.gz | 98.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/4q2u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/4q2u | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 9512.576 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 12221.604 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() References: UniProt: Q47149, Hydrolases; Acting on ester bonds #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.81 Å3/Da / Density % sol: 56.21 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 1.9-2.3M Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.0K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.97 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Nov 7, 2011 |
| Radiation | Monochromator: KOHZU DIAMOND MONOCHROMATOR / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.76→50 Å / Num. all: 353442 / Num. obs: 353442 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 1.4 % / Biso Wilson estimate: 20.4 Å2 / Rsym value: 0.092 |
| Reflection shell | Resolution: 1.76→1.82 Å / Rsym value: 0.614 / % possible all: 94.41 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.8→43.906 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.33 / Phase error: 21.62 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 1 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→43.906 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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