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- PDB-4mks: Crystal structure of enolase from Lactobacillus gasseri -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mks
タイトルCrystal structure of enolase from Lactobacillus gasseri
要素Enolase 2
キーワードLYASE / enolase
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / glycolytic process / magnesium ion binding / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like C-terminal domain ...Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Lactobacillus gasseri (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.079 Å
データ登録者Raghunathan, K. / Harris, P.T. / Spurbeck, R.R. / Arvidson, C.G. / Arvidson, D.N.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of an efficacious gonococcal adherence inhibitor: An enolase from Lactobacillus gasseri.
著者: Raghunathan, K. / Harris, P.T. / Spurbeck, R.R. / Arvidson, C.G. / Arvidson, D.N.
履歴
登録2013年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月18日Group: Database references
改定 1.22014年7月2日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enolase 2
B: Enolase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,0875
ポリマ－96,0032
非ポリマー843
水10,251569
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area26690 Å2
手法PISA
2
A: Enolase 2
B: Enolase 2
ヘテロ分子

A: Enolase 2
B: Enolase 2
ヘテロ分子

A: Enolase 2
B: Enolase 2
ヘテロ分子

A: Enolase 2
B: Enolase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)384,34820
ポリマ－384,0128
非ポリマー33612
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_455-y-1,x,z1
crystal symmetry operation4_545y,-x-1,z1
Buried area23150 Å2
ΔGint-187 kcal/mol
Surface area97250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.240, 145.240, 99.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Enolase 2 / 2-phospho-D-glycerate hydro-lyase 2 / 2-phosphoglycerate dehydratase 2


分子量: 48001.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactobacillus gasseri (乳酸菌) / 株: DSM 20243 / 遺伝子: eno2, LGAS_1305 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q042F4, phosphopyruvate hydratase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 569 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.15 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.079→54.45 Å / Num. obs: 62294

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
ARP/wARPモデル構築
PHENIXAutobuildモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIXAutobuild位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SWISSMODEL generated using 1w6t template

1w6t


解像度: 2.079→54.45 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 22.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2338 3155 5.06 %RANDOM
Rwork0.1891 ---
obs0.1914 62294 99.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.079→54.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6042 0 3 569 6614
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036132
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7638305
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5492233
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052952
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021097
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.079-2.11010.29231410.25462529X-RAY DIFFRACTION100
2.1101-2.1430.26881500.23482510X-RAY DIFFRACTION100
2.143-2.17820.27231330.21752588X-RAY DIFFRACTION100
2.1782-2.21570.261520.20752535X-RAY DIFFRACTION100
2.2157-2.2560.2311340.20242570X-RAY DIFFRACTION100
2.256-2.29940.26391430.20522543X-RAY DIFFRACTION100
2.2994-2.34640.26951360.20022576X-RAY DIFFRACTION100
2.3464-2.39740.24241320.19972563X-RAY DIFFRACTION100
2.3974-2.45310.26741500.20122552X-RAY DIFFRACTION100
2.4531-2.51450.24791340.19732568X-RAY DIFFRACTION100
2.5145-2.58250.2721300.19082593X-RAY DIFFRACTION100
2.5825-2.65850.26161200.19352571X-RAY DIFFRACTION100
2.6585-2.74430.22481320.19712577X-RAY DIFFRACTION100
2.7443-2.84230.24451130.18742604X-RAY DIFFRACTION100
2.8423-2.95610.23491500.19562535X-RAY DIFFRACTION100
2.9561-3.09070.2581340.19792607X-RAY DIFFRACTION100
3.0907-3.25360.23991380.19542557X-RAY DIFFRACTION100
3.2536-3.45740.25551400.18552583X-RAY DIFFRACTION100
3.4574-3.72430.24751270.17182567X-RAY DIFFRACTION100
3.7243-4.0990.19171500.16172597X-RAY DIFFRACTION100
4.099-4.69180.19111530.15412545X-RAY DIFFRACTION100
4.6918-5.91010.19721350.17732608X-RAY DIFFRACTION100
5.9101-54.450.23681280.21272661X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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