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万見
- PDB-4mki: Cobalt transporter ATP-binding subunit -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mki
タイトルCobalt transporter ATP-binding subunit
要素Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2
キーワードHYDROLASE / nucleotide-binding domain / ECF type cobalt transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2 / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1 / Cobalt import ATP-binding protein cbiO. / : / ABC transporter, CbiO/EcfA subunit / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. ...Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2 / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1 / Cobalt import ATP-binding protein cbiO. / : / ABC transporter, CbiO/EcfA subunit / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Yu, Y. / Zhang, L. / Chai, C.L. / Heymann, D.
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2013
タイトル: Structural basis for a homodimeric ATPase subunit of an ECF transporter
著者: Chai, C.L. / Yu, Y. / Zhuo, W. / Zhao, H. / Li, X. / Wang, N. / Chai, J. / Yang, M.
履歴
登録2013年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月11日Group: Structure summary
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2
A: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7047
ポリマ－67,3942
非ポリマー1,3095
水3,513195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5690 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area25220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.229, 115.163, 54.416
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-477-

HOH

21A-484-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 282 / Label seq-ID: 5 - 286

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1BA
2AB

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要素

#1: タンパク質 Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2 / ECF transporter A component EcfA2


分子量: 33697.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)
株: MB4 / 遺伝子: ecfA2, cbiO2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8R7Y5, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 30% Pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH), 0.1M sodium cacodylate tritydrate, 0.05M ammonium sulfate, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月15日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. all: 31402 / Num. obs: 30742 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル最高解像度: 2.3 Å / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→39.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 6.421 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.32 / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25062 1550 5 %RANDOM
Rwork0.19979 ---
all0.20231 31402 --
obs0.20231 29168 97.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 104.77 Å2 / Biso mean: 36.673 Å2 / Biso min: 10.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å2-0 Å20 Å2
2---1.07 Å2-0 Å2
3---0.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4448 0 85 195 4728
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0194600
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.024673
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.832.0166198
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.228310818
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4565566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.30524.599187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.92715879
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4871530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2728
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214967
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02907
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 16964 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.16 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1B
2A
LS精密化 シェル解像度: 2.304→2.364 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 117 -
Rwork0.24 2119 -
all-2236 -
obs--97.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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