PDB-4i6w: 3-hydroxy-3-methylglutaryl (HMG) Coenzyme-A reductase complexed w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4i6w

タイトル

3-hydroxy-3-methylglutaryl (HMG) Coenzyme-A reductase complexed with thiomevalonate

要素

3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

hydroxymethylglutaryl-CoA reductase / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADH) activity / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) activity / coenzyme A metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas mevalonii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.66 Å

データ登録者

Steussy, C.N. / Stauffacher, C.V. / Schmidt, T. / Burgner II, J.W. / Rodwell, V.W. / Wrensford, L.V. / Critchelow, C.J. / Min, J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: A Novel Role for Coenzyme A during Hydride Transfer in 3-Hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A Reductase.
著者: Steussy, C.N. / Critchelow, C.J. / Schmidt, T. / Min, J.K. / Wrensford, L.V. / Burgner, J.W. / Rodwell, V.W. / Stauffacher, C.V.

履歴

登録	2012年11月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月7日	Group: Database references
改定 1.2	2013年12月25日	Group: Database references
改定 1.3	2019年7月17日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4i6w.cif.gz	299.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4i6w.ent.gz	244.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4i6w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/4i6w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/4i6w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4i4bC 4i56C 4i64C 4i6aC 4i6yC 1qax C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4i64-d 1qay-d 4i56-d 6eeu-1 6eev-1 1r7i-d 4i6y-d 1r31-d 1t02-d 4i6a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (10)

登録構造単位

A: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase

B: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase

ヘテロ分子

92.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	226.100, 226.100, 226.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	214
Space group name H-M	I4₁32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-780- HOH
2	1	A-845- HOH
3	1	A-929- HOH

#1: タンパク質	3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase / HMG-CoA reductase 分子量: 45641.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas mevalonii (バクテリア) 遺伝子: mvaA / プラスミド: PKK-177-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P13702, hydroxymethylglutaryl-CoA reductase
#2: 化合物	ChemComp-1CO / (3S)-3-hydroxy-3-methyl-5-sulfanylpentanoic acid 分子量: 164.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₃S
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 701 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.37 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.2M ammonium sulfate, 75mM sodium citrate, 100 mM sodium ADA, microseeding, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月28日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.66→38.78 Å / Num. all: 111464 / Num. obs: 110807 / % possible obs: 99.41 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 1.66→1.71 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
CNS		精密化
ADSC	Quantum	データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.66→38.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 3.416 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21816	2505	2.2 %	RANDOM
R_work	0.19334	-	-	-
obs	0.19388	110807	99.39 %	-
all	-	111464	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.357 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.66→38.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5561	0	52	701	6314

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.019	5716
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.095	1.978	7779
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.189	5	753
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.115	24.017	234
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.626	15	923
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.327	15	45
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	926
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	4295
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.806	1.5	3726
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.781	2	5948
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.754	3	1986
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.447	4.5	1823
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.66→1.706 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.27	166	-
R_work	0.276	8092	-
obs	-	-	99.39 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.258	-0.4597	1.3528	0.6139	-1.6285	4.3288	0.3474	0.0562	-0.3875	-0.2627	-0.0483	0.1154	0.68	0.1145	-0.2991	0.27	0.0646	-0.0762	0.3006	-0.0566	0.222	61.2855	123.1277	116.3788
2	4.1636	0.9151	-2.2088	0.8124	-1.0846	1.7603	-0.1592	0.3721	-0.1936	0.1727	0.094	0.01	-0.1123	-0.2181	0.0652	0.1824	0.0054	0.0627	0.2397	-0.0824	0.1735	59.7627	127.7682	127.5694
3	0.4207	0.0082	-0.1473	0.249	0.1243	0.1399	0.0108	-0.0183	-0.0138	-0.0213	-0.032	0.0178	-0.0139	-0.0794	0.0212	0.1828	0.0487	0.0211	0.2236	-0.0026	0.1947	78.2588	125.5164	124.5721
4	2.1427	-0.5367	-0.4206	0.382	0.0361	0.1027	-0.1136	-0.0863	0.0014	0.1169	0.0916	-0.0354	0.0003	-0.0044	0.022	0.2133	0.0834	0.0334	0.2314	0.0187	0.1819	102.6579	114.8342	144.063
5	0.6584	-0.6084	-0.0759	0.6041	-0.0074	0.1716	-0.0784	-0.0251	0.1196	0.059	0.0677	-0.1036	0.0143	-0.0524	0.0106	0.2046	0.0618	0.0218	0.2166	0.013	0.2284	102.1654	122.0429	137.9604
6	0.4568	0.2138	-0.1844	0.1174	-0.0809	0.179	-0.0579	0.0595	-0.0377	-0.0408	0.0054	-0.0581	0.0334	-0.0585	0.0525	0.2076	0.0508	0.0509	0.2227	-0.0028	0.2115	85.593	115.424	113.127
7	0.1298	-0.3212	-0.2216	0.9605	0.1523	1.4864	0.0052	0.0122	-0.0136	0.0242	-0.0768	0.0025	-0.1082	-0.0968	0.0716	0.1648	0.0442	0.0403	0.2707	-0.0131	0.2076	73.725	127.5856	133.4056
8	1.2706	-0.2587	0.3898	0.0614	0.0271	2.1941	0.0494	0.1901	-0.1588	0.0148	-0.0376	0.0419	-0.0123	0.005	-0.0118	0.2107	0.0534	0.0428	0.2343	-0.0075	0.2056	79.4417	116.9996	116.2368
9	0.207	-0.5646	-0.6076	1.5716	1.6903	1.8267	0.1876	0.0059	0.0043	-0.5973	-0.12	-0.0118	-0.6308	-0.0832	-0.0676	0.3348	0.1212	0.0159	0.2641	-0.0643	0.1617	87.6483	155.6186	131.679
10	2.0251	3.4743	-0.2375	6.5912	-1.4459	2.0573	0.1021	-0.1437	0.0641	0.4201	-0.0707	0.1664	-0.6732	-0.5443	-0.0315	0.3438	0.2904	-0.0158	0.2745	-0.0302	0.1597	76.4732	154.4138	122.0613
11	0.5873	0.2427	-0.0142	0.2326	0.1481	0.1803	0.0675	0.0002	0.0903	-0.0448	-0.0411	0.0198	-0.0958	-0.0453	-0.0263	0.2109	0.0666	0.0341	0.1949	0.0254	0.2039	89.4564	141.3803	119.2228
12	1.7645	-1.8208	-2.4486	1.8937	2.5185	3.4968	0.4188	0.3606	0.0732	-0.4022	-0.3367	-0.1203	-0.6518	-0.6747	-0.0821	0.321	0.1974	0.0313	0.4265	0.045	0.1492	95.5724	129.2497	89.1397
13	2.1409	-0.7425	-2.1042	0.2764	0.7255	2.0761	-0.1589	0.6906	-0.4265	0.1057	-0.2668	0.15	0.1092	-0.6959	0.4257	0.2978	0.0714	0.0333	0.4278	-0.1144	0.2102	91.7201	125.0323	95.7438
14	0.4316	-0.0957	-0.035	0.3494	0.549	0.9151	0.0848	-0.0239	-0.0256	-0.0257	-0.0059	-0.0782	0.0027	-0.0041	-0.0789	0.2098	0.029	0.0296	0.1962	0.0305	0.1905	104.0364	135.8282	120.9183
15	0.2156	0.0383	-0.1605	0.0313	0.0372	0.3125	0.029	-0.0038	0.0002	-0.0236	-0.0041	-0.0047	-0.0517	0.0282	-0.0249	0.2107	0.0653	0.0443	0.2008	0.0251	0.217	96.533	137.0209	118.9533
16	6.3584	4.2863	-3.553	4.7955	-9.0272	25.0625	1.5346	1.1454	-0.861	0.8729	0.4724	0.1439	-0.3528	0.5152	-2.007	0.3652	0.295	-0.2566	0.2642	-0.2813	0.3918	104.2091	134.7202	140.3725

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	18 - 34
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	35 - 121
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	122 - 164
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	165 - 222
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	223 - 328
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	329 - 347
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	348 - 375
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	503 - 521
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	522 - 543
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	544 - 620
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	621 - 663
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	664 - 706
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	707 - 752
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	753 - 868
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	869 - 878

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)