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万見
- PDB-4mk3: Crystal structure of a glutathione transferase family member from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mk3
タイトルCrystal structure of a glutathione transferase family member from Cupriavidus metallidurans CH34, target EFI-507362, with bound glutathione sulfinic acid (gso2h)
要素Glutathione S-transferase
キーワードTRANSFERASE / GST / glutathione S-transferase fold / Enzyme Function Initiative / EFI / structural genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione transferase / glutathione transferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. ...: / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L-GAMMA-GLUTAMYL-3-SULFINO-L-ALANYLGLYCINE / Glutathione S-transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Cupriavidus metallidurans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.501 Å
データ登録者Toro, R. / Bhosle, R. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Washington, E. / Scott Glenn, A. ...Toro, R. / Bhosle, R. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Armstrong, R.N. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a glutathione transferase family member from Cupriavidus metallidurans CH34, target EFI-507362, with bound glutathione sulfinic acid (gso2h)
著者: Toro, R. / Bhosle, R. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hillerich, ...著者: Toro, R. / Bhosle, R. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Armstrong, R.N. / Almo, S.C.
履歴
登録2013年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione S-transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4085
ポリマ－25,6561
非ポリマー7524
水3,747208
1
A: Glutathione S-transferase
ヘテロ分子

A: Glutathione S-transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,81610
ポリマ－51,3122
非ポリマー1,5048
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area6640 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area17450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.611, 70.611, 89.553
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Glutathione S-transferase / GST


分子量: 25656.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cupriavidus metallidurans (バクテリア)
株: CH34 / ATCC 43123 / DSM 2839 / 遺伝子: gst-1, Rmet_2957 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q1LJ46, glutathione transferase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GSF / L-GAMMA-GLUTAMYL-3-SULFINO-L-ALANYLGLYCINE / GLUTATHIONE SULFINATE


分子量: 339.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O8S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: protein (21.88 mg/mL in 10 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM sodium chloride, 5% glycerol, 5 mM GSH), reservoir (0.1 M MES, pH 6.5, 0.1 M magnesium chloride, 30% PEG400), cryoprotection (reservoir + ...詳細: protein (21.88 mg/mL in 10 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM sodium chloride, 5% glycerol, 5 mM GSH), reservoir (0.1 M MES, pH 6.5, 0.1 M magnesium chloride, 30% PEG400), cryoprotection (reservoir + 20% diethylene glycol), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→100 Å / Num. all: 36929 / Num. obs: 36929 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.1 % / Biso Wilson estimate: 17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rsym value: 0.079 / Χ2: 2.179 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.5-1.5314.20.63317911.2011100
1.53-1.5514.30.60318051.1811100
1.55-1.5814.30.49818231.2311100
1.58-1.6214.30.40518111.2661100
1.62-1.6514.40.37118151.2891100
1.65-1.6914.40.33518261.3181100
1.69-1.7314.40.28518171.3691100
1.73-1.7814.50.24918211.3691100
1.78-1.8314.50.22218111.4591100
1.83-1.8914.50.17918301.531100
1.89-1.9614.50.14918361.621100
1.96-2.0414.40.12918391.9931100
2.04-2.1314.30.1218362.6151100
2.13-2.2413.90.11418393.1311100
2.24-2.3813.40.10318483.4921100
2.38-2.5613.10.09418623.9031100
2.56-2.8213.60.08518734.0251100
2.82-3.2313.90.0618853.2241100
3.23-4.0713.70.0519163.2941100
4.07-10012.70.05120453.336199.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MAR345データ収集
HKL-3000データ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3TOT

3tot


解像度: 1.501→27.724 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.32 / FOM work R set: 0.8804 / SU ML: 0.1 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 17.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1844 1841 5 %RANDOM
Rwork0.1556 ---
all0.1571 36830 --
obs0.1571 36830 99.89 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 83.04 Å2 / Biso mean: 27.13 Å2 / Biso min: 11.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.501→27.724 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1617 0 49 208 1874
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091757
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2952379
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064257
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006310
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.005678
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.501-1.54120.21861230.183726702793
1.5412-1.58650.2181250.174726242749
1.5865-1.63770.19071460.154426562802
1.6377-1.69630.20871250.15726612786
1.6963-1.76420.19061480.155426512799
1.7642-1.84440.181550.157626312786
1.8444-1.94170.17011570.150326672824
1.9417-2.06330.15751250.145826842809
2.0633-2.22250.1511500.140326832833
2.2225-2.44610.16591410.144127012842
2.4461-2.79970.15941550.148527002855
2.7997-3.52620.2161530.161327412894
3.5262-27.72880.19451380.162129203058
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.17720.1819-0.25861.8935-1.41522.32090.0379-0.2050.0320.2846-0.0823-0.1539-0.23780.25260.04790.1899-0.0182-0.03620.214-0.02890.15242.266915.209832.5217
23.246-0.74760.38472.7125-1.84611.42690.1221-0.33050.16490.3734-0.04270.1649-0.53-0.2075-0.06950.23650.00060.03270.1896-0.04710.1611-8.111916.468332.1447
30.02440.2281-0.0853.38451.81055.58-0.2214-0.17890.8260.1428-0.22220.5853-0.7867-1.09130.40950.260.0998-0.02130.3034-0.06070.3119-12.012626.38322.0733
44.2798-2.07940.6354.5153-1.28573.2608-0.1429-0.19960.0346-0.00150.17710.0275-0.0057-0.0191-0.03630.1003-0.0078-0.00790.1008-0.02740.0875-3.612710.516316.3182
51.2711-0.25710.15832.6835-0.63321.109-0.0321-0.0808-0.296-0.1554-0.032-0.36790.46330.4660.06230.24810.1360.03560.283-0.01360.24156.96510.257113.7257
61.86550.00410.4111.7743-0.16032.28060.03990.1672-0.0446-0.1459-0.0424-0.13620.010.2686-0.00150.12070.01590.00430.159-0.00790.13433.731917.342811.1575
71.62651.22741.18451.66561.28435.3911-0.0360.11760.037-0.07610.0325-0.245-0.04930.63130.06520.14950.01050.0040.19830.00350.16957.722923.510415.3847
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 50 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 51 through 72 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 73 through 83 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 84 through 112 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 113 through 142 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 143 through 180 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 181 through 203 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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