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万見
- PDB-4mjj: Crystal structure of the C2A domain of DOC2A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mjj
タイトルCrystal structure of the C2A domain of DOC2A
要素Double C2-like domain-containing protein alpha
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / C2 domain / DOC2A / calcium binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / spontaneous neurotransmitter secretion / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / calcium-dependent phospholipid binding / exocytosis / cell junction / nervous system development / chemical synaptic transmission / lysosome ...calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / spontaneous neurotransmitter secretion / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / calcium-dependent phospholipid binding / exocytosis / cell junction / nervous system development / chemical synaptic transmission / lysosome / neuron projection / glutamatergic synapse / synapse / nucleolus / nucleoplasm / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Double C2 protein, alpha/beta/gamma / Rabphilin/DOC2/Noc2 / : / Synaptotagmin / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily ...Double C2 protein, alpha/beta/gamma / Rabphilin/DOC2/Noc2 / : / Synaptotagmin / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Double C2-like domain-containing protein alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Huang, Q.Q.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the C2A domain of DOC2A
著者: Huang, Q.Q.
履歴
登録2013年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Double C2-like domain-containing protein alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6521
ポリマ－15,6521
非ポリマー00
水1,60389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Double C2-like domain-containing protein alpha

A: Double C2-like domain-containing protein alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3042
ポリマ－31,3042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area720 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area12820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.977, 33.064, 63.748
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 124.55, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

HOH

21A-346-

HOH

31A-350-

HOH

41A-388-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Double C2-like domain-containing protein alpha / Doc2 / Doc2-alpha


分子量: 15651.939 Da / 分子数: 1 / 断片: C2A, unp residues 81-217 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DOC2A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14183
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 14% PEG400, 100mM Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月25日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→35 Å / Num. all: 15800 / Num. obs: 15658 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.136
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.275 / Num. unique all: 760 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→21.215 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 位相誤差: 30.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 960 9.95 %random
Rwork0.2184 ---
obs0.2233 9644 96.65 %-
all-9978 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→21.215 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数932 0 0 89 1021
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008948
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1721276
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.718365
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083148
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004161
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0002-2.10560.28661320.23621164X-RAY DIFFRACTION92
2.1056-2.23740.33061380.23431220X-RAY DIFFRACTION96
2.2374-2.40990.27611310.23411232X-RAY DIFFRACTION96
2.4099-2.6520.26271370.21721244X-RAY DIFFRACTION97
2.652-3.03480.27291360.23191245X-RAY DIFFRACTION98
3.0348-3.81990.24551430.20911292X-RAY DIFFRACTION100
3.8199-21.21650.26221430.21021287X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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