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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4mj9 | ||||||||||||||||||
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タイトル | lambda-[Ru(TAP)2(dppz-10-Me)]2+ bound to a synthetic DNA oligomer | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / methyl-substituted / Intercalation / Ruthenium / asymmetric substitution | 機能・相同性 | Chem-2J0 / : / DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 0.97 Å | データ登録者 | Hall, J.P. / Cardin, C.J. | 引用 | ジャーナル: Organometallics / 年: 2015 | タイトル: The Structural Effect of Methyl Substitution on the Binding of Polypyridyl Ru dppz Complexes to DNA 著者: Hall, J.P. / Beer, H. / Buchner, K. / Cardin, D.J. / Cardin, C.J. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4mj9.cif.gz | 36.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4mj9.ent.gz | 26.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4mj9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/4mj9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/4mj9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3045.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA synthesised by ATDBio |
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#2: 化合物 | ChemComp-2J0 / ( |
#3: 化合物 | ChemComp-BA / |
#4: 化合物 | ChemComp-CL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.71 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 1ul 1mM d(TCGGCGCCGA)2, 1ul 4mM rac-Ru(TAP)2(dppz-10-Me)]2+, 6ul 40mM Na cacodylate pH 6.3, 12mM spermine-tetra HCl, 20mM BaCl2, 80mM KCl, 10% 2-methyl-2,4-pentanediol equilibriated against ...詳細: 1ul 1mM d(TCGGCGCCGA)2, 1ul 4mM rac-Ru(TAP)2(dppz-10-Me)]2+, 6ul 40mM Na cacodylate pH 6.3, 12mM spermine-tetra HCl, 20mM BaCl2, 80mM KCl, 10% 2-methyl-2,4-pentanediol equilibriated against 1ml 35% 2-methyl-2,4-pentanediol , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.8856 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月12日 |
放射 | モノクロメーター: dual Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.97→21.14 Å / Num. all: 20804 / Num. obs: 20804 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): 2.6 |
反射 シェル | 解像度: 0.97→1 Å / % possible all: 98.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 0.97→21.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.991 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.989 / SU B: 0.328 / SU ML: 0.008 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.013 / ESU R Free: 0.013 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.357 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.97→21.14 Å
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拘束条件 |
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