PDB-1ho0: NEW B-CHAIN MUTANT OF BOVINE INSULIN

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ho0

タイトル

NEW B-CHAIN MUTANT OF BOVINE INSULIN

要素

INSULIN

キーワード

HORMONE/GROWTH FACTOR / BETA_TURN (20-23) / ALPHA_HELIX (9-19) / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

estradiol secretion / positive regulation of blood circulation / negative regulation of lactation / glucose import in response to insulin stimulus / positive regulation of cell maturation / positive regulation of lactation / response to L-arginine / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / response to butyrate / negative regulation of appetite ...
類似検索 - 分子機能

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Dupradeau, F.Y. / Richard, T. / Le Flem, G. / Oulyadi, H. / Prigent, Y. / Monti, J.P.

引用

ジャーナル: J.Pept.Res. / 年: 2002
タイトル: A new B-chain mutant of insulin: comparison with the insulin crystal structure and role of sulfonate groups in the B-chain structure
著者: Dupradeau, F.Y. / Richard, T. / Le Flem, G. / Oulyadi, H. / Prigent, Y. / Monti, J.P.

履歴

登録	2000年12月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年10月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ho0.cif.gz	201 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ho0.ent.gz	169.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ho0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/1ho0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/1ho0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1ess-d 1hz5-2 3h36-d 6luo-1 2z1c-2 2e5t-d 4mj9-1 1fd3-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (9) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (8) #14 - 2001年2月インスリン (Insulin) 類似性 (8) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (8) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (7)

登録構造単位

A: INSULIN

3.37 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	21 / 100	structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #21	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	INSULIN 分子量: 3371.797 Da / 分子数: 1 / 断片: B-CHAIN / 変異: C7S, C19S / 由来タイプ: 合成詳細: THIS PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. IT WAS Obtained by solid phase synthesis using a peptide synthesizer. 参照: UniProt: P01317

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	DQF-COSY
1	2	1	TOCSY
1	3	1	NOESY

NMR実験の詳細

Text: This family of structures was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細	内容: 0.5 mM peptide concentration / 溶媒系: 70 % H2O / 30 % deuterated TFE
試料状態	イオン強度: 0 / pH: 3.6 / 圧: ambient / 温度: 293 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2.1	Bruker SA	解析
Gifa	4.2	Delsuc et al. (Universite de Montpellier, France)	解析
Insight II	98	Molecular Simulation Inc.	データ解析
NMR-Refine	98	Molecular Simulation Inc.	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: These structures are based on a total of 286 restraints: 243 are NOE-derived distance constraints, 39 dihedral angle restraints and 4 distance restraints from hydrogen bonds.

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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