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- PDB-4miy: Crystal Structure of myo-inositol dehydrogenase from Lactobacillu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4miy
タイトルCrystal Structure of myo-inositol dehydrogenase from Lactobacillus casei in complex with NAD and myo-inositol
要素Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / NAD / sugar alcohol dehydrogenases / Rossmann fold (ロスマンフォールド) / dehydrogenase (脱水素酵素) / NAD binding / myo-inositol binding (イノシトール) / dehydrogenate (脱水素化)
機能・相同性
機能・相同性情報


D-chiro-inositol 1-dehydrogenase / イノシトール-2-デヒドロゲナーゼ / inositol 2-dehydrogenase (NAD+) activity / inositol catabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, C-terminal / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド ...Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, C-terminal / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2,3,4,5,6-HEXAHYDROXY-CYCLOHEXANE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase / :
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus casei (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Bertwistle, D. / Sanders, D.A.R. / Palmer, D.R.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of myo-inositol dehydrogenase from Lactobacillus casei in complex with NAD and myo-inositol
著者: Bertwistle, D. / Aamudalapalli, H. / Sanders, D.A.R. / Palmer, D.R.J.
履歴
登録2013年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase
B: Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase
C: Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase
D: Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,63128
ポリマ－149,0204
非ポリマー4,61124
水21,4561191
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21920 Å2
ΔGint-180 kcal/mol
Surface area48960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.711, 110.624, 127.015
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase / Myo-inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase


分子量: 37255.008 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus casei (バクテリア)
株: BL23 / 遺伝子: idh, iolG, iolG1, LCABL_02210 / プラスミド: pQE-80L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-Blue
参照: UniProt: B3W8L3, UniProt: A0A0J9X1Y2*PLUS, イノシトール-2-デヒドロゲナーゼ

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非ポリマー , 5種, 1215分子

#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-INS / 1,2,3,4,5,6-HEXAHYDROXY-CYCLOHEXANE / MYO-INOSITOL / イノシト-ル / イノシトール


分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / コメント: 神経伝達物質, ホルモン*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5
詳細: ammonium sulfate, pH 6.5, MICROBATCH, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月6日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.42→83.42 Å / Num. all: 279567 / Num. obs: 279567 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 17.57 Å2 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.42-1.55.50.8020.9219371397200.80297.5
1.5-1.596.10.4751.6234569382050.47598.9
1.59-1.76.50.2912.5232797360780.29199.2
1.7-1.836.80.1744.3229176337450.17499.6
1.83-2.017.10.0997.4220386311430.09999.8
2.01-2.257.30.06410.9205952282980.06499.9
2.25-2.597.40.04813.9184305250650.04899.9
2.59-3.187.30.03816.7155044212540.03899.9
3.18-4.497.10.03714.3118402166180.037100
4.49-48.0586.80.043126416594410.04399.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.94 Å48.06 Å
Translation1.94 Å48.06 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREKデータスケーリング
SCALA3.3.16データスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MxDCデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.42→48.058 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8554 / SU ML: 0.11 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2072 14113 5.05 %RANDOM
Rwork0.1858 ---
obs0.1871 279440 99.17 %-
all-279567 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 79.72 Å2 / Biso mean: 20.9064 Å2 / Biso min: 8.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.42→48.058 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10488 0 295 1191 11974
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02811068
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.48615103
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1281776
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061926
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9184065
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.42-1.43610.33594400.29518297873794
1.4361-1.4530.29214660.29098633909998
1.453-1.47080.2994690.27178669913898
1.4708-1.48940.28114560.26198735919199
1.4894-1.5090.26824770.25488704918199
1.509-1.52960.26034920.24958689918199
1.5296-1.55150.27314680.24328751921999
1.5515-1.57470.25964740.23398769924399
1.5747-1.59930.24344730.22478747922099
1.5993-1.62550.24544620.22648781924399
1.6255-1.65350.24964420.2228783922599
1.6535-1.68360.23554560.21358836929299
1.6836-1.7160.24395080.20828795930399
1.716-1.7510.23334590.21078830928999
1.751-1.78910.24694400.20748832927299
1.7891-1.83070.23344590.201288729331100
1.8307-1.87650.22844700.201188629332100
1.8765-1.92720.22034390.198788879326100
1.9272-1.98390.22954720.196788799351100
1.9839-2.0480.23854550.196889379392100
2.048-2.12120.21294750.189288789353100
2.1212-2.20610.21324680.188488869354100
2.2061-2.30650.21444610.187589499410100
2.3065-2.42810.21444730.188489249397100
2.4281-2.58020.2034620.186189689430100
2.5802-2.77940.2284640.183989799443100
2.7794-3.05910.21434960.180689669462100
3.0591-3.50160.18315390.163490009539100
3.5016-4.41120.15984880.147491059593100
4.4112-48.08530.16745100.163893849894100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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