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Yorodumi- PDB-4min: Crystal Structure of myo-inositol dehydrogenase from Lactobacillu... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4min | ||||||
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Title | Crystal Structure of myo-inositol dehydrogenase from Lactobacillus casei with bound cofactor NAD | ||||||
Components | Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / NAD / sugar alcohol dehydrogenases / Rossmann fold / dehydrogenase / NAD binding / myo-inositol binding / dehydrogenate | ||||||
Function / homology | Function and homology information D-chiro-inositol 1-dehydrogenase / inositol 2-dehydrogenase / inositol 2-dehydrogenase (NAD+) activity / inositol catabolic process / nucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Lactobacillus casei (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Bertwistle, D. / Sanders, D.A.R. / Palmer, D.R.J. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal Structure of myo-inositol dehydrogenase from Lactobacillus casei with bound cofactor NAD Authors: Bertwistle, D. / Aamudalapalli, H. / Sanders, D.A.R. / Palmer, D.R.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4min.cif.gz | 297.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4min.ent.gz | 241.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4min.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/4min ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/4min | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 38660.523 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lactobacillus casei (bacteria) / Strain: BL23 / Gene: idh, iolG, iolG1, LCABL_02210 / Plasmid: pQE-80L / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): XL1-Blue References: UniProt: B3W8L3, UniProt: A0A0J9X1Y2*PLUS, inositol 2-dehydrogenase #2: Chemical | ChemComp-NAD / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: microbatch / pH: 6.5 Details: ammonium sulfate, pH 6.5, MICROBATCH, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08B1-1 / Wavelength: 0.97949 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Jun 17, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97949 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.6→83.4 Å / Num. all: 197386 / Num. obs: 197386 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 17.97 Å2 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 20.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6→45.763 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.09 / FOM work R set: 0.865 / SU ML: 0.1 / σ(F): 1.35 / Phase error: 20.72 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 62.31 Å2 / Biso mean: 23.3144 Å2 / Biso min: 8.46 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→45.763 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %
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