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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4mim | ||||||
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タイトル | Structure of the carboxyl transferase domain from Rhizobium etli pyruvate carboxylase with 3-bromopyruvate | ||||||
要素 | PYRUVATE CARBOXYLASE | ||||||
キーワード | LIGASE / TIM Barrel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pyruvate carboxylase / pyruvate carboxylase activity / pyruvate metabolic process / gluconeogenesis / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhizobium etli (根粒菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å | ||||||
データ登録者 | Lietzan, A.D. / St.Maurice, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2013 タイトル: Insights into the carboxyltransferase reaction of pyruvate carboxylase from the structures of bound product and intermediate analogs. 著者: Lietzan, A.D. / St.Maurice, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4mim.cif.gz | 892.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4mim.ent.gz | 742.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4mim.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4mim_validation.pdf.gz | 508.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4mim_full_validation.pdf.gz | 533.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4mim_validation.xml.gz | 80.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4mim_validation.cif.gz | 110.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/4mim ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/4mim | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 69963.375 Da / 分子数: 4 / 断片: CARBOXYL TRANSFERASE DOMAIN, UNP residues 465-1067 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizobium etli (根粒菌) / 株: CFN 42 / 遺伝子: pyc, RHE_CH04002 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2K340, pyruvate carboxylase |
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-非ポリマー , 6種, 154分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-BPV / #4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 化合物 | ChemComp-MG / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.87 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: batch crystallization under oil / pH: 6 詳細: 11.3% (w/v) PEG 8000, 99 mM BisTris, 346 mM tetramethylammonium chloride, pH 6.0, BATCH CRYSTALLIZATION UNDER OIL, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月1日 / 詳細: C(111) |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→50 Å / Num. all: 95175 / Num. obs: 95052 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 53.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 24.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.443 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4JX4 解像度: 2.65→48.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 20.72 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.484 / ESU R Free: 0.282 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 72.823 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→48.13 Å
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拘束条件 |
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