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- PDB-4mhl: The crystal structure of human interleukin-11 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mhl
タイトルThe crystal structure of human interleukin-11
要素Interleukin-11
キーワードPROTEIN BINDING / Four-helix bundle / Long-chain helical cytokine / Cytokine / Growth factor / Interleukin-11 receptor subunit alpha / Membrane glycoprotein 130 / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-11 receptor binding / megakaryocyte differentiation / negative regulation of hormone secretion / interleukin-11-mediated signaling pathway / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / fat cell differentiation / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / B cell differentiation / cytokine activity ...interleukin-11 receptor binding / megakaryocyte differentiation / negative regulation of hormone secretion / interleukin-11-mediated signaling pathway / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / fat cell differentiation / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / B cell differentiation / cytokine activity / growth factor activity / cell population proliferation / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Interleukin-11, mammalian / Interleukin-11 / Interleukin 11 / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMAMIDE / Interleukin-11
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Griffin, M.D.W.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: The structure of human interleukin-11 reveals receptor-binding site features and structural differences from interleukin-6.
著者: Putoczki, T.L. / Dobson, R.C. / Griffin, M.D.
履歴
登録2013年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月22日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3947
ポリマ－19,0721
非ポリマー3216
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.862, 28.169, 41.806
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-11 / IL-11 / Adipogenesis inhibitory factor / AGIF


分子量: 19072.248 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 23-199 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20809
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-ARF / FORMAMIDE


タイプ: L-peptide NH3 amino terminus / 分子量: 45.041 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH3NO
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 1.25 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M bis-tris propane, 10% formamide, 0.02% sodium azide, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→41.81 Å / Num. obs: 8862 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 29.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.09→2.15 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.459 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 648 / Rsym value: 0.611 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1ALU

1alu


解像度: 2.09→41.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 10.593 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.263 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24155 624 7.1 %RANDOM
Rwork0.18435 ---
obs0.18855 8203 99.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.419 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.53 Å20 Å20 Å2
2---1.01 Å20 Å2
3----1.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→41.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1214 0 20 75 1309
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0191249
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021270
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3892.0251692
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79732887
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1435158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.20220.68244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.64515205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9351516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2204
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211386
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02297
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6782.503651
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6782.503651
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9433.698801
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9423.7802
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5382.559598
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.5372.561599
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.6453.855892
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.10319.2711465
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other619.1591450
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.09→2.144 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 45 -
Rwork0.199 584 -
obs-629 98.13 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.5909 Å / Origin y: 5.3165 Å / Origin z: 46.4114 Å
111213212223313233
T0.0485 Å2-0.0042 Å20.0098 Å2-0.0284 Å2-0.0115 Å2--0.0167 Å2
L0.6198 °2-0.2335 °20.3045 °2-0.7973 °2-0.2173 °2--0.589 °2
S-0.0149 Å °0.0137 Å °0.0321 Å °0.0397 Å °-0.0351 Å °0.0616 Å °0.0236 Å °-0.0344 Å °0.0499 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A34 - 199
2X-RAY DIFFRACTION1A201 - 206
3X-RAY DIFFRACTION1A301 - 375

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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