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万見
- PDB-4mh8: The crystal structure of the monomeric reverse transcriptase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mh8
タイトルThe crystal structure of the monomeric reverse transcriptase from moloney murine leukemia virus
要素Reverse transcriptase/ribonuclease H p80
キーワードTRANSFERASE / HYDROLASE / REPLICATION / RNA AND DNA DEPENDENT DNA POLYMERASE / REVERSE TRANSCRIPTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-like (UB roll) - #370 / RNase H-like domain found in reverse transcriptase / Antitermination protein Q / Antitermination protein Q superfamily / Antitermination protein / Heat shock protein DnaJ, cysteine-rich domain superfamily / HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNase H ...Ubiquitin-like (UB roll) - #370 / RNase H-like domain found in reverse transcriptase / Antitermination protein Q / Antitermination protein Q superfamily / Antitermination protein / Heat shock protein DnaJ, cysteine-rich domain superfamily / HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNase H / Ubiquitin-like (UB roll) / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Alpha-Beta Plaits / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Antitermination protein
類似検索 - 構成要素
生物種Moloney murine leukemia virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散, 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Das, D. / Georgiadis, M.M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: The crystal structure of the monomeric reverse transcriptase from Moloney murine leukemia virus.
著者: Das, D. / Georgiadis, M.M.
履歴
登録2013年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2013年10月16日ID: 1RW3
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Reverse transcriptase/ribonuclease H p80


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,5741
ポリマ－72,5741
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)242.332, 94.621, 52.408
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Reverse transcriptase/ribonuclease H p80 / RT


分子量: 72573.547 Da / 分子数: 1 / 変異: L435K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moloney murine leukemia virus (ウイルス)
株: isolate Shinnick / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P03355, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, ribonuclease H
配列の詳細THIS CONSTRUCT (RESIDUES 24-671) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG. THE TAG WAS REMOVED LEAVING ...THIS CONSTRUCT (RESIDUES 24-671) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG. THE TAG WAS REMOVED LEAVING RESIDUES GSHM FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: POTASSIUM CHLORIDE, MAGNESIUM ACETATE, SODIUM CACODYLATE, PEG 8000, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K REMARK 300

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11081
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンNSLS X2510.9196
シンクロトロンAPS 19-ID20.9794
検出器
タイプID検出器日付
CUSTOM-MADE1CCD2001年6月28日
CUSTOM-MADE2CCD2002年10月18日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Mx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91961
20.97941
反射解像度: 3→40 Å / Num. obs: 22526 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 %
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / % possible all: 89.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
CNS精密化
MLPHARE位相決定
PHASER位相決定
PHENIXモデル構築
AMoRE位相決定
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散, 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QAJ, 4HKQ

1qaj

4hkq


解像度: 3→39.636 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1 / 位相誤差: 30.2 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: 1.ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 2.THE STRUCTURE WAS ORIGINALLY SOLVED IN 2004 USING A COMBINATION OF MIRAS ...詳細: 1.ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 2.THE STRUCTURE WAS ORIGINALLY SOLVED IN 2004 USING A COMBINATION OF MIRAS AND MOLECULAR REPLACEMENT USING 1QAJ.PDB AND DEPOSITED IN THE PDB AS 1RW3.PDB. THE STRUCTURE WAS RE-REFINED IN 2013 USING THE SAME X-RAY DATA AND 4HKQ.PDB AS MODEL FOR MOLECULAR REPLACEMENT. SEE REMARK 200 FOR ADDITIONAL DETAILS. 3. RESIDUES 488-671 (UNIPROT ACCESSION P03355, RESIDUES 1147-1330) ARE PRESENT IN THE CRYSTALLIZED PROTEIN. HOWEVER, THEY ARE DISORDERED IN THE STRUCTURE AND MISSING FROM THE MODEL.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2769 1022 4.81 %
Rwork0.2352 --
obs0.2372 21254 84.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→39.636 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3580 0 0 0 3580
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043679
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7835019
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0891384
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03562
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004644
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0002-3.15830.3216920.27621815X-RAY DIFFRACTION54
3.1583-3.35610.32721100.23532294X-RAY DIFFRACTION69
3.3561-3.6150.27091300.23332782X-RAY DIFFRACTION82
3.615-3.97850.25671730.21213149X-RAY DIFFRACTION94
3.9785-4.55350.23211580.19373269X-RAY DIFFRACTION96
4.5535-5.73420.24951880.21413347X-RAY DIFFRACTION98
5.7342-39.63910.32071710.27933576X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.184-0.0523-0.090.20820.02940.0507-0.05620.00840.00660.0465-0.0310.0221-0.12670.0406-0.00020.2519-0.0398-0.03230.13230.01520.1772-57.8180.8181-2.1166
20.018-0.00720.01080.03010.00980.0153-0.08870.2156-0.0323-0.0668-0.14930.16820.0125-0.0502-0.00360.464-0.1389-0.00360.4651-0.01590.2232-76.260624.5272-9.4712
30.0562-0.01440.0310.0427-0.00460.043-0.1064-0.0340.00440.05390.05360.08410.095-0.2006-0.06420.1725-0.21510.14480.4684-0.04220.3255-91.614122.18819.2714
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 24 through 280)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 281 through 360)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 361 through 487)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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