[日本語] English
万見
- PDB-4mgt: ALKBH2 R110A cross-linked to undamaged dsDNA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mgt
タイトルALKBH2 R110A cross-linked to undamaged dsDNA
要素
  • Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 2
  • DNA1
  • DNA2
キーワードOXIDOREDUCTASE/DNA / protein-DNA complex / OXIDOREDUCTASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cytosine C-5 DNA demethylase activity / ALKBH2 mediated reversal of alkylation damage / DNA oxidative demethylase / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / rDNA binding / DNA alkylation repair / ferrous iron binding / nucleolus / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA oxidative demethylase ALKBH2 / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA oxidative demethylase ALKBH2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Chen, B. / Gan, J. / Yang, C.G.
引用ジャーナル: Sci China Chem / 年: 2014
タイトル: The complex structures of ALKBH2 mutants cross-linked to dsDNA reveal the conformational swing of β-hairpin
著者: Chen, B. / Gan, J. / Yang, C.G.
履歴
登録2013年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月28日Group: Non-polymer description
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 2
B: DNA1
C: DNA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5704
ポリマ－31,5463
非ポリマー241
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3030 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area14140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.099, 129.099, 84.466
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

-
要素

#1: タンパク質 Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 2 / Alkylated DNA repair protein alkB homolog 2 / DNA oxidative demethylase ALKBH2 / Oxy DC1


分子量: 23238.545 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 56-258 / 変異: R110A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALKBH2, ABH2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6NS38, DNA oxidative demethylase
#2: DNA鎖 DNA1


分子量: 4313.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesis
#3: DNA鎖 DNA2


分子量: 3993.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesis
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.88 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 12% PEG 5000, 100mM sodium chloride, 50mM Magnesium chloride, 100mM cacodylate, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月10日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 27.6 % / 数: 369194 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Χ2: 1.06 / D res high: 2.6 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 13363 / % possible obs: 99.4
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.65099.710.0471.09129.7
4.455.610010.071.00132
3.884.4599.910.0831.09133
3.533.8810010.1241.04633.3
3.283.5399.910.1951.13133.4
3.083.2899.810.2961.132.4
2.933.0899.910.431.00629.5
2.82.9399.710.6041.00524.4
2.692.899.310.830.99417
2.62.6995.110.8941.0469.7
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 13880 / Num. obs: 13760 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 1.8
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.6-2.69195.1
2.69-2.8199.3
2.8-2.93199.7
2.93-3.08199.9
3.08-3.28199.8
3.28-3.53199.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3S5A

3s5a


解像度: 2.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 21.869 / SU ML: 0.217 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.448 / ESU R Free: 0.306 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2759 649 4.9 %RANDOM
Rwork0.2306 ---
obs0.233 13200 99.38 %-
all-13849 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 118.4 Å2 / Biso mean: 70.637 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.41 Å20.41 Å2-0 Å2
2--0.41 Å2-0 Å2
3----1.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1600 550 1 0 2151
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0172271
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021886
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3981.713180
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95434345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.595200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.56621.92378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.16915274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5351516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2324
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022167
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02550
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.487 44 -
Rwork0.398 858 -
all-902 -
obs--95.05 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.29610.3991-0.44122.02760.06110.82630.0754-0.05270.19470.0060.1311-0.0687-0.08540.0888-0.20650.0893-0.04610.09240.1134-0.01570.143638.5321-35.7958-3.9841
24.0321-2.07942.96214.0644-3.635310.5692-0.051-0.23120.20870.27720.2095-0.2432-0.4956-0.1955-0.15850.1365-0.10770.08640.149-0.11560.115548.5332-18.5386.019
35.2287-0.53770.80774.0922-2.4966.31680.04610.0436-0.07450.22010.09130.04-0.90460.3679-0.13740.3126-0.19640.10690.2411-0.19340.185350.5074-18.05126.0938
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A55 - 259
2X-RAY DIFFRACTION2B10 - 23
3X-RAY DIFFRACTION3C28 - 40

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る