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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mgn
タイトルCo-crystal structure of the G. kaustophilus glyQS T box riboswitch Stem I in complex with tRNA
要素
  • glyQS T box riboswitch
  • tRNA-glycine
キーワードRNA / RNA-RNA complex / base stacking / T-loop / RNA binding
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Grigg, J.C. / Ke, A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structural Determinants for Geometry and Information Decoding of tRNA by T Box Leader RNA.
著者: Grigg, J.C. / Ke, A.
履歴
登録2013年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月27日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: glyQS T box riboswitch
B: tRNA-glycine
C: glyQS T box riboswitch
D: tRNA-glycine
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,18522
ポリマ－104,7484
非ポリマー43718
水00
1
A: glyQS T box riboswitch
B: tRNA-glycine
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,59311
ポリマ－52,3742
非ポリマー2199
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area25370 Å2
手法PISA
2
C: glyQS T box riboswitch
D: tRNA-glycine
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,59311
ポリマ－52,3742
非ポリマー2199
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3330 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area25880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.838, 205.182, 161.421
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain C
12chain D

NCSドメイン領域:

Dom-ID: 1 / Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GTP / Beg label comp-ID: GTP / End auth comp-ID: C / End label comp-ID: C

Ens-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1chain 'C'CC10 - 951 - 86
2chain 'D'DD1 - 731 - 73

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: RNA鎖 glyQS T box riboswitch


分子量: 28041.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: in vitro transcribed. Occurs naturally in Geobacillus kaustophilus
#2: RNA鎖 tRNA-glycine


分子量: 24332.295 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: in vitro transcribed. Occurs naturally in Geobacillus kaustophilus
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.48 %
結晶化温度: 291 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 80mM NaCl, 20mM MgCl2, 40mM sodium cacodylate, 12mM spermine, 10% 2-methyl-1,3 propanediol, pH 7.0, hanging drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月7日
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce monochromator.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 26207 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 74.54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Χ2: 2.093 / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible allRmerge(I) obs
3.2-3.266.12.2912891.80496.9
3.26-3.316.63.112511.77698.4
3.31-3.386.63.4212921.86997.7
3.38-3.456.72.8212981.83998.6
3.45-3.526.83.1812611.82997.4
3.52-3.66.82.612831.81498
3.6-3.696.83.2312761.93898.4
3.69-3.796.83.6313162.12698.4
3.79-3.916.83.7812771.95498.40.978
3.91-4.036.93.7112972.0799.1
4.03-4.186.84.3513112.004990.875
4.18-4.346.94.5913022.06399.40.752
4.34-4.546.95.7913172.06699.40.6
4.54-4.7876.3413262.02999.50.546
4.78-5.087.28.7713162.09799.80.39
5.08-5.477.312.8113392.22599.90.261
5.47-6.027.415.7113412.3671000.215
6.02-6.897.318.5913352.4361000.181
6.89-8.677.129.5913702.4561000.104
8.67-50756.7814102.897.70.05

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 4JRC and 4MGM

4jrc

4mgm


解像度: 3.2→43.292 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.711 / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2783 2512 9.94 %
Rwork0.2364 --
obs0.2406 25268 97.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 294.72 Å2 / Biso mean: 141.6037 Å2 / Biso min: 38.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→43.292 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 6832 18 0 6850
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0017636
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.45811904
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0191581
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002317
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9513800
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11C2026X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL10.386
21D1658X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL10.386
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2001-3.26160.36081340.3421176131094
3.2616-3.32810.37191360.34021213134994
3.3281-3.40050.34371350.34131205134096
3.4005-3.47960.34431320.33471195132795
3.4796-3.56650.36211380.33131243138197
3.5665-3.66290.36021350.3211244137997
3.6629-3.77060.35811410.30571250139198
3.7706-3.89230.3251380.26591264140298
3.8923-4.03130.30281340.26641268140299
4.0313-4.19260.33821340.2751258139299
4.1926-4.38320.35191390.26871283142299
4.3832-4.6140.30991370.25731276141399
4.614-4.90280.28221480.24812891437100
4.9028-5.28070.23211430.214412811424100
5.2807-5.8110.27441420.202513131455100
5.811-6.64920.24941460.222913171463100
6.6492-8.36740.22911470.208513211468100
8.3674-43.29590.21781530.17061360151398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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