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- PDB-4mfv: Crystal structure of human CTNNBL1(residues 33~563) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mfv
タイトルCrystal structure of human CTNNBL1(residues 33~563)
要素Beta-catenin-like protein 1
キーワードGENE REGULATION / ARM repeats
機能・相同性
機能・相同性情報


somatic diversification of immunoglobulins / Prp19 complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / adaptive immune response / positive regulation of apoptotic process / centrosome / enzyme binding / nucleoplasm ...somatic diversification of immunoglobulins / Prp19 complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / adaptive immune response / positive regulation of apoptotic process / centrosome / enzyme binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta-catenin-like protein 1, N-terminal / Beta-catenin-like protein 1 / Catenin-beta-like, Arm-motif containing nuclear / Eukaryotic domain of unknown function (DUF1716) / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-catenin-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Ahn, J.W. / Kim, S. / Kim, K.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structural insights into the novel ARM-repeat protein CTNNBL1 and its association with the hPrp19-CDC5L complex
著者: Ahn, J.W. / Kim, S. / Kim, E.J. / Kim, Y.J. / Kim, K.J.
履歴
登録2013年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月23日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-catenin-like protein 1
B: Beta-catenin-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,3612
ポリマ－123,3612
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.037, 90.037, 175.746
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Beta-catenin-like protein 1 / Nuclear-associated protein / NAP / Testis development protein NYD-SP19


分子量: 61680.375 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 33-563 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C20orf33, CTNNBL1, PP8304 / プラスミド: pPosKJ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q8WYA6

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.11 % / Mosaicity: 1.039 °
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: PEG8000, CAPs, NaCl, pH 9.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97985 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月25日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97985 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 7.2 % / 数: 233350 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Χ2: 2.83 / D res high: 2.92 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 32475 / % possible obs: 94.1
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
2.923.0277.610.2660.7183.1
3.023.1587.210.2360.7954.1
3.153.2994.810.2010.9915.7
3.293.4696.810.1611.2847.1
3.463.689610.141.4877.4
3.683.9696.310.1132.1418
3.964.3696.510.0883.0958.6
4.364.9997.810.083.8239.1
4.996.2998.910.0824.3698.6
6.295098.910.0525.0828.8
反射解像度: 2.92→46.88 Å / Num. all: 34493 / Num. obs: 32475 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 30.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym value% possible all
2.92-3.023.10.2662.626930.34277.6
3.02-3.154.10.2363.629740.28587.2
3.15-3.295.70.2015.932800.23394.8
3.29-3.467.10.16110.433790.17696.8
3.46-3.687.40.1413.532410.15296
3.68-3.9680.1132233750.1296.3
3.96-4.368.60.08838.832990.09396.5
4.36-4.999.10.0854.734020.08497.8
4.99-6.298.60.0825534000.08598.9
6.29-508.80.05287.734320.05698.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MFU

4mfu


解像度: 2.92→46.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / WRfactor Rfree: 0.2808 / WRfactor Rwork: 0.2201 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7769 / SU B: 21.164 / SU ML: 0.386 / SU Rfree: 0.464 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.468 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3053 1635 5 %RANDOM
Rwork0.2328 ---
obs0.2364 32463 94.12 %-
all-34477 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 178.28 Å2 / Biso mean: 88.826 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.77 Å2-0.77 Å2-0 Å2
2---0.77 Å2-0 Å2
3---2.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.92→46.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7866 0 0 0 7866
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0197970
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027870
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4811.98210716
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.864318130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5965976
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.9825.149404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.768151590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8651558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21220
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.028952
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021734
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.7988.9783910
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.7988.9773909
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.0413.4594884
LS精密化 シェル解像度: 2.92→2.999 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.414 99 -
Rwork0.347 1817 -
all-1916 -
obs--74.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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