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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4mfe | ||||||
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タイトル | Structure of the carboxyl transferase domain from Rhizobium etli pyruvate carboxylase with 3-hydroxypyruvate | ||||||
![]() | PYRUVATE CARBOXYLASE | ||||||
![]() | LIGASE / TIM Barrel | ||||||
機能・相同性 | ![]() pyruvate carboxylase / pyruvate carboxylase activity / pyruvate metabolic process / gluconeogenesis / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lietzan, A.D. / St.Maurice, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Insights into the carboxyltransferase reaction of pyruvate carboxylase from the structures of bound product and intermediate analogs. 著者: Lietzan, A.D. / St.Maurice, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 900.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 746.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 69963.375 Da / 分子数: 4 / 断片: CARBOXYL TRANSFERASE DOMAIN, UNP residues 465-1067 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 7種, 190分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/3PY.gif)
![](data/chem/img/BTN.gif)
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![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-3PY / #4: 化合物 | ChemComp-BTN / #5: 化合物 | ChemComp-MG / #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.45 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: batch crystallization under oil / pH: 6 詳細: 11.3% (w/v) PEG 8000, 99 mM BisTris, 346 mM tetramethylammonium chloride, pH 6.0, BATCH CRYSTALLIZATION UNDER OIL, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月22日 |
放射 | モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 95807 / Num. obs: 91812 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 59.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 22.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.434 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 93.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4JX4 解像度: 2.61→49.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 17.624 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.45 / ESU R Free: 0.267 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 74.213 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.61→49.37 Å
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拘束条件 |
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