PDB-4mf4: Crystal structure of a HpcH/Hpal aldolase/citrate lyase family pr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mf4

タイトル

Crystal structure of a HpcH/Hpal aldolase/citrate lyase family protein from Burkholderia cenocepacia J2315

要素

HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein

キーワード

LYASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / aldolase / citrate lyase

機能・相同性

機能・相同性情報

aldehyde-lyase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia cenocepacia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a HpcH/Hpal aldolase/citrate lyase family protein from Burkholderia cenocepacia J2315
著者: Lukacs, C.M. / Fairman, J.W. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.

履歴

登録	2013年8月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mf4.cif.gz	570.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mf4.ent.gz	470.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mf4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/4mf4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/4mf4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1dxeS 4b5v S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2vwt-1 4b5u-1 4b5v-1 2v5k-1 4b5w-d 1dxf-1 2vws-1 6r62-1 4b5t-1 4b5s-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BuceA.17460.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein

B: HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein

C: HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein

D: HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein

E: HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein

F: HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein

ヘテロ分子

174 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.110, 116.480, 161.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein 分子量: 28979.855 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア) 株: J2315 / LMG 16656 / 遺伝子: BceJ2315_04740, BCAL0476 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4E7W8
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 967 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.7 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: JCSG+a9: 20% PEG3350, 0.2M AmCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. all: 95233 / Num. obs: 95110 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 16.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 21.7
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 6.15 % / R_merge(I) obs: 0.448 / Mean I/σ(I) obs: 4.15 / Num. unique all: 6950 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1DXE

1dxe

解像度: 2→48.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 7.517 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21254	4765	5 %	RANDOM
R_work	0.16457	-	-	-
obs	0.16702	90266	99.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.775 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.09 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.68 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→48.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11468	0	20	967	12455

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	11887
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	11322
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.56	1.959	16233
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.855	3	25856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.585	5	1584
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.23	22.321	504
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.354	15	1762
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.439	15	133
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	1850
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	13905
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2726
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.274	1.782	6288
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.273	1.782	6287
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.986	2.662	7888
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.986	2.662	7889
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.936	2.045	5599
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.935	2.045	5599
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.04	2.973	8346
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.976	15.253	13944
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.976	15.254	13945
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.259	377	-
R_work	0.199	6554	-
obs	-	-	99.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0553	-0.0384	0.1266	0.2727	-0.0572	0.299	0.0004	-0.0138	-0.0049	-0.0103	0.0218	0.0174	-0.0047	-0.0333	-0.0222	0.007	0.0062	0.0028	0.0108	0.0067	0.0395	-23.5077	13.0104	-31.3678
2	0.2385	0.1276	-0.0234	0.1019	-0.0277	0.1049	-0.0276	0.0347	-0.0248	-0.0018	0.0072	-0.008	0.0104	-0.0027	0.0204	0.0123	-0.0075	0.0045	0.0098	-0.0078	0.031	-16.8515	-20.8578	-31.1857
3	0.1489	-0.1357	-0.1	0.1771	0.0951	0.231	0.0116	-0.0041	-0.0114	-0.0459	-0.0181	-0.0232	-0.0559	-0.0069	0.0066	0.0347	0.0112	0.0159	0.0081	0.0125	0.0242	6.267	1.5069	-43.3759
4	0.3914	-0.0022	-0.055	0.0511	-0.0417	0.1208	0.019	-0.0541	-0.0191	-0.0139	-0.0337	-0.0174	0.0154	0.0075	0.0148	0.0088	0.0025	-0.005	0.0378	0.017	0.0292	16.0622	-13.7192	-7.7487
5	0.154	0.1571	0.0434	0.3281	-0.1176	0.2181	-0.0008	-0.0025	0.0123	0.0656	0.0006	0.027	-0.0497	-0.0159	0.0002	0.0314	0.001	0.0106	0.0146	-0.0016	0.0073	-14.4806	-4.687	4.8868
6	0.1898	-0.1944	0.1239	0.3628	0.071	0.3201	-0.009	-0.0179	0.0263	0.0143	0.0244	-0.0529	-0.0009	-0.0037	-0.0155	0.0186	-0.0093	-0.0052	0.0106	-0.0097	0.0323	7.0525	19.4056	-6.595

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 261
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	4 - 261
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	4 - 261
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	4 - 261
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	5 - 261
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	5 - 261

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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