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万見
- PDB-4mf1: ITK kinase domain in complex with benzothiazole inhibitor 12b (1S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mf1
タイトルITK kinase domain in complex with benzothiazole inhibitor 12b (1S,2S)-2-{4-[(DIMETHYLAMINO)METHYL]PHENYL}-N-[6-(1H-PYRAZOL-4-YL)-1,3-BENZOTHIAZOL-2-YL]CYCLOPROPANECARBOXAMIDE
要素Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
キーワードtransferase/transferase inhibitor / protein kinase / phosphotransfer catalyst / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


NK T cell differentiation / gamma-delta T cell activation / Generation of second messenger molecules / cellular defense response / FCERI mediated Ca+2 mobilization / T cell activation / positive regulation of cytokine production / non-specific protein-tyrosine kinase / B cell receptor signaling pathway / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity ...NK T cell differentiation / gamma-delta T cell activation / Generation of second messenger molecules / cellular defense response / FCERI mediated Ca+2 mobilization / T cell activation / positive regulation of cytokine production / non-specific protein-tyrosine kinase / B cell receptor signaling pathway / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / cell-cell junction / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / intracellular signal transduction / signal transduction / ATP binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase ITK, SH3 domain / Tyrosine-protein kinase ITK/TSK, catalytic domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / : / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. ...Tyrosine-protein kinase ITK, SH3 domain / Tyrosine-protein kinase ITK/TSK, catalytic domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / : / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / PH-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-29Y / Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.113 Å
データ登録者Eigenbrot, C. / Shia, S.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2013
タイトル: Structure-based design and synthesis of potent benzothiazole inhibitors of interleukin-2 inducible T cell kinase (ITK).
著者: Mackinnon, C.H. / Lau, K. / Burch, J.D. / Chen, Y. / Dines, J. / Ding, X. / Eigenbrot, C. / Heifetz, A. / Jaochico, A. / Johnson, A. / Kraemer, J. / Kruger, S. / Krulle, T.M. / Liimatta, M. / ...著者: Mackinnon, C.H. / Lau, K. / Burch, J.D. / Chen, Y. / Dines, J. / Ding, X. / Eigenbrot, C. / Heifetz, A. / Jaochico, A. / Johnson, A. / Kraemer, J. / Kruger, S. / Krulle, T.M. / Liimatta, M. / Ly, J. / Maghames, R. / Montalbetti, C.A. / Ortwine, D.F. / Perez-Fuertes, Y. / Shia, S. / Stein, D.B. / Trani, G. / Vaidya, D.G. / Wang, X. / Bromidge, S.M. / Wu, L.C. / Pei, Z.
履歴
登録2013年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
B: Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0684
ポリマ－60,2332
非ポリマー8352
水5,044280
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2770 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area21310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.842, 51.745, 66.199
Angle α, β, γ (deg.)99.01, 104.62, 92.31
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The asymmetric unit contains two kinase domains. The activity biological assembly is understood to be a single kinase domain.

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase ITK/TSK / Interleukin-2-inducible T-cell kinase / IL-2-inducible T-cell kinase / Kinase EMT / T-cell-specific ...Interleukin-2-inducible T-cell kinase / IL-2-inducible T-cell kinase / Kinase EMT / T-cell-specific kinase / Tyrosine-protein kinase Lyk


分子量: 30116.418 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 357-620 / 変異: C477S, E614A, E617A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EMT, ITK, LYK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q08881, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-29Y / (1S,2S)-2-{4-[(dimethylamino)methyl]phenyl}-N-[6-(1H-pyrazol-4-yl)-1,3-benzothiazol-2-yl]cyclopropanecarboxamide / N-[6-(1H-ピラゾ-ル-4-イル)ベンゾチアゾ-ル-2-イル]-2β-[4-[(ジメチルアミノ)メチル]フェニル(以下略)


分子量: 417.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H23N5OS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG6000, 0.2M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月28日
放射モノクロメーター: Asymmetric curved crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→30 Å / Num. all: 26914 / Num. obs: 26887 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 12

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.113→29.881 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 24.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2286 864 3.21 %random
Rwork0.175 ---
obs0.1768 26887 93.73 %-
all-26914 --
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.527 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2465 Å20.8767 Å2-5.6315 Å2
2---4.2222 Å2-8.3731 Å2
3---2.9757 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.113→29.881 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3873 0 60 280 4213
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074039
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0135460
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.521466
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073591
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004692
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1173-2.24990.30151500.20673564X-RAY DIFFRACTION77
2.2499-2.42350.22041350.18464377X-RAY DIFFRACTION95
2.4235-2.66730.29481250.17834556X-RAY DIFFRACTION98
2.6673-3.05290.2231500.18434516X-RAY DIFFRACTION98
3.0529-3.8450.22241440.16344498X-RAY DIFFRACTION97
3.845-29.8840.1951600.1674512X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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