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万見
- PDB-4mf0: ITK kinase domain in complex with benzothiazole inhibitor compoun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mf0
タイトルITK kinase domain in complex with benzothiazole inhibitor compound 12a (1S,2S)-2-{4-[(DIMETHYLAMINO)METHYL]PHENYL}-N-[6-(PYRIDIN-3-YL)-1,3-BENZOTHIAZOL-2-YL]CYCLOPROPANECARBOXAMIDE (12a)
要素Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
キーワードtransferase/transferase inhibitor / protein kinase / phosphotransfer catalyst / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


NK T cell differentiation / gamma-delta T cell activation / Generation of second messenger molecules / cellular defense response / FCERI mediated Ca+2 mobilization / T cell activation / positive regulation of cytokine production / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / B cell receptor signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase ...NK T cell differentiation / gamma-delta T cell activation / Generation of second messenger molecules / cellular defense response / FCERI mediated Ca+2 mobilization / T cell activation / positive regulation of cytokine production / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / B cell receptor signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / cell-cell junction / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / intracellular signal transduction / signal transduction / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase ITK, SH3 domain / Tyrosine-protein kinase ITK/TSK, catalytic domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / PH domain / : / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. ...Tyrosine-protein kinase ITK, SH3 domain / Tyrosine-protein kinase ITK/TSK, catalytic domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / PH domain / : / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / PH-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-29Z / Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Eigenbrot, C. / Shia, S.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2013
タイトル: Structure-based design and synthesis of potent benzothiazole inhibitors of interleukin-2 inducible T cell kinase (ITK).
著者: Mackinnon, C.H. / Lau, K. / Burch, J.D. / Chen, Y. / Dines, J. / Ding, X. / Eigenbrot, C. / Heifetz, A. / Jaochico, A. / Johnson, A. / Kraemer, J. / Kruger, S. / Krulle, T.M. / Liimatta, M. / ...著者: Mackinnon, C.H. / Lau, K. / Burch, J.D. / Chen, Y. / Dines, J. / Ding, X. / Eigenbrot, C. / Heifetz, A. / Jaochico, A. / Johnson, A. / Kraemer, J. / Kruger, S. / Krulle, T.M. / Liimatta, M. / Ly, J. / Maghames, R. / Montalbetti, C.A. / Ortwine, D.F. / Perez-Fuertes, Y. / Shia, S. / Stein, D.B. / Trani, G. / Vaidya, D.G. / Wang, X. / Bromidge, S.M. / Wu, L.C. / Pei, Z.
履歴
登録2013年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
B: Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2864
ポリマ－60,4292
非ポリマー8572
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3990 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area24200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.145, 155.488, 47.257
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.74, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase ITK/TSK / Interleukin-2-inducible T-cell kinase / IL-2-inducible T-cell kinase / Kinase EMT / T-cell-specific ...Interleukin-2-inducible T-cell kinase / IL-2-inducible T-cell kinase / Kinase EMT / T-cell-specific kinase / Tyrosine-protein kinase Lyk


分子量: 30214.492 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 357-620 / 変異: Y512E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EMT, ITK, LYK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q08881, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-29Z / (1S,2S)-2-{4-[(dimethylamino)methyl]phenyl}-N-[6-(pyridin-3-yl)-1,3-benzothiazol-2-yl]cyclopropanecarboxamide


分子量: 428.549 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H24N4OS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.5 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: potassium thiocyanate, PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月16日
放射モノクロメーター: diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.67→50 Å / Num. all: 16381 / Num. obs: 16341 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 65.42 Å2 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 14

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.11.4精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.67→47.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9062 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8268 / SU R Cruickshank DPI: 1.309 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2677 829 5.07 %RANDOM
Rwork0.212 ---
all0.215 16381 --
obs0.2149 16341 99.66 %-
原子変位パラメータBiso mean: 54.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.6206 Å20 Å2-5.9186 Å2
2---11.0822 Å20 Å2
3---14.7028 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.371 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.67→47.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3817 0 62 25 3904
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0083969HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.065361HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1375SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes96HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes565HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3969HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.46
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.29
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion485SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4473SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.67→2.85 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2737 165 5.58 %
Rwork0.246 2790 -
all0.2475 2955 -
obs--99.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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