PDB-4men: Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4men

タイトル

Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in complex with a 5-methyl-triazolopyrimidine ligand

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

TRANSCRIPTION/TRANSCRIPTION inhibitor / BRD4 / CAP / HUNK1 / MCAP / Mitotic chromosome associated protein / BRD / Small molecule inhibitor / Structural Genomics COnsortium / SGC / TRANSCRIPTION-TRANSCRIPTION inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.81 Å

データ登録者

Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Felletar, I. / Martin, S. / Fedorov, O. / Vidler, L.R. / Brown, N. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Discovery of Novel Small-Molecule Inhibitors of BRD4 Using Structure-Based Virtual Screening.
著者: Vidler, L.R. / Filippakopoulos, P. / Fedorov, O. / Picaud, S. / Martin, S. / Tomsett, M. / Woodward, H. / Brown, N. / Knapp, S. / Hoelder, S.

履歴

登録	2013年8月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月30日	Group: Database references
改定 1.2	2014年2月19日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4men.cif.gz	70.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4men.ent.gz	50.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4men.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4men_validation.pdf.gz	743.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4men_full_validation.pdf.gz	744 KB	表示
XML形式データ	4men_validation.xml.gz	9.5 KB	表示
CIF形式データ	4men_validation.cif.gz	13.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/4men ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/4men	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4meoC 4mepC 4meqC 2ossS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5hq5-d 5wma-d 6uvm-d 6ft3-d 6prt-d 6v0u-d 4uyd-d 6uvj-d 4meq-d 6uwx-d 4cl9-d 5igk-d 4meo-d 4pce-d 4o72-d 6v1k-d 5m3a-d 4c67-d 5ad2-2 4o7a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

15.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.519, 44.229, 78.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 15099.380 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 44-168 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-25K / N,5-dimethyl-N-(4-methylbenzyl)[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7-amine / N,5-ジメチル-N-(4-メチルベンジル)[1,2,4]トリアゾロ[1,5-a]ピリミジン-7-アミン分子量: 267.329 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₇N₅
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.62 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.20M Na(malonate), 0.1M BTProp, 20.0% PEG 3350 10.0% EtGly, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.52 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年3月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.52 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 4.3 % / Av σ(I) over netI: 2.8 / 数: 53429 / R_sym value: 0.144 / D res high: 1.805 Å / D res low: 28.611 Å / Num. obs: 12486 / % possible obs: 99.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
5.71	28.61	99.3	1	0.083	0.083	3.9
4.04	5.71	100	1	0.087	0.087	4.3
3.3	4.04	100	1	0.09	0.09	4.4
2.85	3.3	100	1	0.115	0.115	4.4
2.55	2.85	100	1	0.14	0.14	4.4
2.33	2.55	100	1	0.165	0.165	4.3
2.16	2.33	100	1	0.204	0.204	4.3
2.02	2.16	99.9	1	0.267	0.267	4.3
1.9	2.02	99.9	1	0.405	0.405	4.2
1.8	1.9	99.7	1	0.59	0.59	4.2

反射

解像度: 1.8→28.6 Å / Num. all: 12498 / Num. obs: 12486 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 17.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.144 / R_sym value: 0.144 / Net I/σ(I): 7.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.8-1.9	4.2	0.59	1.3	1773	0.59	99.7
1.9-2.02	4.2	0.405	1.8	1684	0.405	99.9
2.02-2.16	4.3	0.267	2.6	1589	0.267	99.9
2.16-2.33	4.3	0.204	3.2	1505	0.204	100
2.33-2.55	4.3	0.165	3.9	1371	0.165	100
2.55-2.85	4.4	0.14	4	1252	0.14	100
2.85-3.3	4.4	0.115	4.4	1116	0.115	100
3.3-4.04	4.4	0.09	3.9	969	0.09	100
4.04-5.71	4.3	0.087	3.6	766	0.087	100
5.71-28.6	3.9	0.083	3.4	461	0.083	99.3

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	27.04 Å
Translation	2.5 Å	27.04 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
CrystalClear		データ収集
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OSS

2oss

解像度: 1.81→28.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / WR_factor R_free: 0.2032 / WR_factor R_work: 0.1534 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8884 / SU B: 4.612 / SU ML: 0.079 / SU R Cruickshank DPI: 0.1305 / SU R_free: 0.1321 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.219	601	4.8 %	RANDOM
R_work	0.163	-	-	-
obs	0.1658	12442	99.81 %	-
all	-	12466	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 95.11 Å² / B_iso mean: 16.6825 Å² / B_iso min: 6.15 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.7 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.81→28.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1056	0	24	192	1272

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.02	1118
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	764
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.581	1.994	1523
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.035	3	1879
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.946	5	128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.002	25.926	54
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.954	15	195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.956	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	159
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	1297
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	206

LS精密化シェル

解像度: 1.805→1.852 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.367	26	-
R_work	0.371	771	-
all	-	797	-
obs	-	-	99.25 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 30.7516 Å / Origin y: 25.6944 Å / Origin z: 8.5833 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0628 Å²	0.003 Å²	-0.0033 Å²	-	0.0559 Å²	0.0017 Å²	-	-	0.0359 Å²
L	0.0497 °²	0.0944 °²	0.0271 °²	-	0.1884 °²	0.0579 °²	-	-	0.2754 °²
S	0.0014 Å °	0.0002 Å °	-0.0073 Å °	0.0103 Å °	0.0081 Å °	0.0012 Å °	-0.0246 Å °	-0.0011 Å °	-0.0094 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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