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- PDB-4mec: Crystal structure of RAT Heme oxygenase-1 in complex with ZN(II)-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mec
タイトルCrystal structure of RAT Heme oxygenase-1 in complex with ZN(II)-Protoporphyrin IX
要素Heme oxygenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / All Alpha / Oxygenase / Heme Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


arachidonate omega-hydroxylase activity / Regulation of HMOX1 expression and activity / Iron uptake and transport / response to 3-methylcholanthrene / Heme degradation / Cytoprotection by HMOX1 / negative regulation of mast cell degranulation / response to arachidonate / heme metabolic process / heme oxygenase (biliverdin-producing) ...arachidonate omega-hydroxylase activity / Regulation of HMOX1 expression and activity / Iron uptake and transport / response to 3-methylcholanthrene / Heme degradation / Cytoprotection by HMOX1 / negative regulation of mast cell degranulation / response to arachidonate / heme metabolic process / heme oxygenase (biliverdin-producing) / heme oxidation / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / heme oxygenase (decyclizing) activity / negative regulation of muscle cell apoptotic process / wound healing involved in inflammatory response / cellular response to cisplatin / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / cellular response to arsenic-containing substance / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / cellular response to nutrient / heme catabolic process / negative regulation of mast cell cytokine production / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / phospholipase D activity / epithelial cell apoptotic process / negative regulation of ferroptosis / erythrocyte homeostasis / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of macroautophagy / small GTPase-mediated signal transduction / cellular response to cadmium ion / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / positive regulation of macroautophagy / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / phospholipid metabolic process / liver regeneration / response to nicotine / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / macroautophagy / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / caveola / response to hydrogen peroxide / regulation of blood pressure / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / response to estrogen / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of angiogenesis / cellular response to heat / angiogenesis / negative regulation of neuron apoptotic process / response to oxidative stress / intracellular iron ion homeostasis / response to hypoxia / intracellular signal transduction / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / regulation of transcription by RNA polymerase II / perinuclear region of cytoplasm / structural molecule activity / enzyme binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Haem oxygenase conserved site / Heme oxygenase signature. / Haem oxygenase / Haem oxygenase-like / Heme oxygenase / Heme oxygenase-like / Heme Oxygenase; Chain A / Haem oxygenase-like, multi-helical / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING ZN / Heme oxygenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Sugishima, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / : 2015
タイトル: Distal regulation of heme binding of heme oxygenase-1 mediated by conformational fluctuations
著者: Harada, E. / Sugishima, M. / Harada, J. / Fukuyama, K. / Sugase, K.
履歴
登録2013年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月1日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Heme oxygenase 1
B: Heme oxygenase 1
C: Heme oxygenase 1
D: Heme oxygenase 1
E: Heme oxygenase 1
F: Heme oxygenase 1
G: Heme oxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,21614
ポリマ-187,8347
非ポリマー4,3827
00
1
A: Heme oxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4592
ポリマ-26,8331
非ポリマー6261
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Heme oxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4592
ポリマ-26,8331
非ポリマー6261
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Heme oxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4592
ポリマ-26,8331
非ポリマー6261
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Heme oxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4592
ポリマ-26,8331
非ポリマー6261
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Heme oxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4592
ポリマ-26,8331
非ポリマー6261
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Heme oxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4592
ポリマ-26,8331
非ポリマー6261
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Heme oxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4592
ポリマ-26,8331
非ポリマー6261
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.059, 73.167, 148.757
Angle α, β, γ (deg.)86.41, 87.62, 86.25
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16A
26G
17B
27C
18B
28D
19B
29E
110B
210F
111B
211G
112C
212D
113C
213E
114C
214F
115C
215G
116D
216E
117D
217F
118D
218G
119E
219F
120E
220G
121F
221G

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNTHRTHRAA11 - 22211 - 222
21GLNGLNTHRTHRBB11 - 22211 - 222
12GLNGLNTHRTHRAA11 - 22211 - 222
22GLNGLNTHRTHRCC11 - 22211 - 222
13SERSERTHRTHRAA10 - 22210 - 222
23SERSERTHRTHRDD10 - 22210 - 222
14SERSERGLUGLUAA10 - 22310 - 223
24SERSERGLUGLUEE10 - 22310 - 223
15ASPASPGLUGLUAA12 - 21212 - 212
25ASPASPGLUGLUFF12 - 21212 - 212
16ASPASPALAALAAA12 - 21912 - 219
26ASPASPALAALAGG12 - 21912 - 219
17GLNGLNTHRTHRBB11 - 22211 - 222
27GLNGLNTHRTHRCC11 - 22211 - 222
18GLNGLNTHRTHRBB11 - 22211 - 222
28GLNGLNTHRTHRDD11 - 22211 - 222
19GLNGLNTHRTHRBB11 - 22211 - 222
29GLNGLNTHRTHREE11 - 22211 - 222
110ASPASPGLUGLUBB12 - 21212 - 212
210ASPASPGLUGLUFF12 - 21212 - 212
111ASPASPALAALABB12 - 21912 - 219
211ASPASPALAALAGG12 - 21912 - 219
112GLNGLNTHRTHRCC11 - 22211 - 222
212GLNGLNTHRTHRDD11 - 22211 - 222
113GLNGLNGLUGLUCC11 - 22311 - 223
213GLNGLNGLUGLUEE11 - 22311 - 223
114ASPASPGLUGLUCC12 - 21212 - 212
214ASPASPGLUGLUFF12 - 21212 - 212
115ASPASPALAALACC12 - 21912 - 219
215ASPASPALAALAGG12 - 21912 - 219
116SERSERGLUGLUDD10 - 22310 - 223
216SERSERGLUGLUEE10 - 22310 - 223
117ASPASPGLUGLUDD12 - 21212 - 212
217ASPASPGLUGLUFF12 - 21212 - 212
118ASPASPALAALADD12 - 21912 - 219
218ASPASPALAALAGG12 - 21912 - 219
119ASPASPGLUGLUEE12 - 21212 - 212
219ASPASPGLUGLUFF12 - 21212 - 212
120ASPASPALAALAEE12 - 21912 - 219
220ASPASPALAALAGG12 - 21912 - 219
121ASPASPGLUGLUFF12 - 21212 - 212
221ASPASPGLUGLUGG12 - 21212 - 212

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21

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要素

#1: タンパク質
Heme oxygenase 1 / HO-1 / HSP32


分子量: 26833.406 Da / 分子数: 7 / 断片: UNP residues 1-232 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Hmox1 / プラスミド: PET21A / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P06762, heme oxygenase (biliverdin-producing)
#2: 化合物
ChemComp-ZNH / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING ZN


分子量: 626.051 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / : C34H32N4O4Zn

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG 4000, 0.2M Sodium Acetate, 0.1M Tris-HCL, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1.2 / 波長: 1.2 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月21日
放射モノクロメーター: SI(111) DOUBLE MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.21
21.21
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 27085 / Num. obs: 27085 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.27 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DVE
解像度: 3.2→38.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 81.531 / SU ML: 0.627 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.658 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.299 1347 5 %RANDOM
Rwork0.249 ---
all0.252 25650 --
obs0.252 25650 96.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 127.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å20.23 Å20.05 Å2
2---0.03 Å2-0.13 Å2
3---0.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→38.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11320 0 185 0 11505
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0211833
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8652.00216182
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.75751466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.55124.044544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.175151724
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.5521561
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.21740
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0219266
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRms dev position (Å)
11A2420.18
12B2420.18
21A2360.19
22C2360.19
31A2460.24
32D2460.24
41A2420.2
42E2420.2
51A1870.22
52F1870.22
61A1940.25
62G1940.25
71B2370.22
72C2370.22
81B2380.2
82D2380.2
91B2300.2
92E2300.2
101B1800.21
102F1800.21
111B1920.22
112G1920.22
121C2380.2
122D2380.2
131C2280.21
132E2280.21
141C1860.22
142F1860.22
151C1880.23
152G1880.23
161D2280.23
162E2280.23
171D1850.19
172F1850.19
181D1970.23
182G1970.23
191E1810.25
192F1810.25
201E1900.25
202G1900.25
211F1660.25
212G1660.25
LS精密化 シェル解像度: 3.19→3.28 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.434 98 -
Rwork0.318 1662 -
obs--85.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.10491.05110.71623.76721.66226.640.0080.23540.23-0.05110.16480.0246-0.2302-0.3633-0.17280.19490.25130.01110.3655-0.06480.8240.096-0.4540.323
25.2761.92221.3874.07941.07184.44270.0835-0.0245-0.66560.4013-0.06860.11520.2889-0.2078-0.01490.31870.30440.04020.398-0.00710.8338-20.626-27.00417
35.3468-0.52372.48212.12930.00116.38980.0953-0.2628-0.00840.4461-0.16450.2562-0.17840.03110.06920.54060.09330.1290.1097-0.11750.7505-29.726-52.7639.87
43.51941.42541.11843.77530.595212.03910.4089-0.10560.02691.22730.04840.12491.213-0.2481-0.45731.26320.13760.02970.0718-0.10320.4148-46.13-84.27356.432
52.78420.2211-1.15082.42362.986115.89190.4228-0.06260.2479-1.11410.03630.14571.1596-0.0248-0.4591.62930.1784-0.30460.1565-0.07620.3694-37.667-79.101103.433
66.31282.1435.10932.53651.651315.3038-0.1610.41830.01980.42920.1216-0.04920.55670.15960.03930.90820.1133-0.13280.1808-0.23230.3832-46.158-117.93877.868
72.4132-0.40093.83234.27834.504217.17950.23390.04630.0367-0.991-0.44160.17170.9690.20240.20761.08590.1658-0.0330.2655-0.12170.5636-31.568-111.321123.642
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 223
2X-RAY DIFFRACTION1A300
3X-RAY DIFFRACTION2B11 - 225
4X-RAY DIFFRACTION2B300
5X-RAY DIFFRACTION3C11 - 223
6X-RAY DIFFRACTION3C300
7X-RAY DIFFRACTION4D9 - 223
8X-RAY DIFFRACTION4D300
9X-RAY DIFFRACTION5E10 - 223
10X-RAY DIFFRACTION5E300
11X-RAY DIFFRACTION6F12 - 213
12X-RAY DIFFRACTION6F300
13X-RAY DIFFRACTION7G12 - 220
14X-RAY DIFFRACTION7G300

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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