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- PDB-4mdx: Crystal structure of Bacillus subtilis MazF in complex with RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mdx
タイトルCrystal structure of Bacillus subtilis MazF in complex with RNA
要素
  • RNA, mRNA
  • mRNA interferase EndoA
キーワードHYDROLASE/RNA / Toxin-antitoxin complex / Toxin-mRNA complex / MazF / mRNA interferase / EndoA / YdcE / Toxin / Antitoxin / MazE / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
SH3 type barrels. - #110 / mRNA interferase PemK-like / PemK-like, MazF-like toxin of type II toxin-antitoxin system / Plasmid maintenance toxin/Cell growth inhibitor / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / RNA / Endoribonuclease EndoA
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Simanshu, D.K. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2013
タイトル: Structural Basis of mRNA Recognition and Cleavage by Toxin MazF and Its Regulation by Antitoxin MazE in Bacillus subtilis.
著者: Simanshu, D.K. / Yamaguchi, Y. / Park, J.H. / Inouye, M. / Patel, D.J.
履歴
登録2013年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月30日Group: Database references
改定 1.22013年11月27日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mRNA interferase EndoA
B: mRNA interferase EndoA
C: RNA, mRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,73210
ポリマ－28,9483
非ポリマー7847
水6,377354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5680 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area11080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.793, 69.885, 79.209
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 mRNA interferase EndoA / Endoribonuclease EndoA / Toxin EndoA / mRNA interferase MazF-bs / MazF-bs


分子量: 13081.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: BSU04660, mazF, ndoA, ydcE / プラスミド: pET-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: P96622, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: RNA鎖 RNA, mRNA


分子量: 2785.712 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically Synthesized ssRNA
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M sodium iodide, 20% w/v PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月7日
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→25 Å / Num. obs: 60026 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 13.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Χ2: 1.171 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.5-1.554.70.53159470.6021100
1.55-1.624.70.39659110.5921100
1.62-1.694.70.31159200.6271100
1.69-1.784.70.20959270.6621100
1.78-1.894.70.15960000.7291100
1.89-2.044.70.11759571.0051100
2.04-2.244.70.10359791.5281100
2.24-2.564.60.09360161.8831100
2.56-3.234.50.06360611.8199.8
3.23-254.60.04763082.274199.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å48.42 Å
Translation2.5 Å48.42 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→24.554 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1776 1998 3.33 %Random
Rwork0.1644 ---
obs0.1648 59959 99.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 52.76 Å2 / Biso mean: 18.2771 Å2 / Biso min: 5.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→24.554 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1796 184 7 354 2341
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062084
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0882871
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071356
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005338
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.722845
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5001-1.53760.29451350.23324082421799
1.5376-1.57920.20851420.20740844226100
1.5792-1.62570.23841440.192241104254100
1.6257-1.67810.21621430.184540734216100
1.6781-1.73810.20031430.179440944237100
1.7381-1.80770.17381420.164941054247100
1.8077-1.88990.18071380.166741414279100
1.8899-1.98950.17111440.156541034247100
1.9895-2.11410.19861350.154641204255100
2.1141-2.27720.1721440.157941304274100
2.2772-2.50620.17851420.165241624304100
2.5062-2.86830.16241440.166941784322100
2.8683-3.6120.1471480.158641954343100
3.612-24.55750.17291540.151743844538100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.9071 Å / Origin y: 11.3641 Å / Origin z: 11.6708 Å
111213212223313233
T0.0608 Å2-0.0089 Å20.0033 Å2-0.0584 Å20.0022 Å2--0.0584 Å2
L1.2205 °2-0.404 °20.2726 °2-1.2066 °2-0.2526 °2--0.8395 °2
S0.0002 Å °-0.0363 Å °-0.05 Å °0.0191 Å °0.0078 Å °0.0064 Å °0.0258 Å °-0.0027 Å °-0.0009 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA0 - 114
2X-RAY DIFFRACTION1allB0 - 114
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 9
4X-RAY DIFFRACTION1allA - C1 - 101
5X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 204
6X-RAY DIFFRACTION1allA - B1 - 449

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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