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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4mdx | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Bacillus subtilis MazF in complex with RNA | ||||||
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![]() | HYDROLASE/RNA / Toxin-antitoxin complex / Toxin-mRNA complex / MazF / mRNA interferase / EndoA / YdcE / Toxin / Antitoxin / MazE / HYDROLASE-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() rRNA catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / DNA binding / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Simanshu, D.K. / Patel, D.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Basis of mRNA Recognition and Cleavage by Toxin MazF and Its Regulation by Antitoxin MazE in Bacillus subtilis. 著者: Simanshu, D.K. / Yamaguchi, Y. / Park, J.H. / Inouye, M. / Patel, D.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 130.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 99.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13081.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: 168 / 遺伝子: BSU04660, mazF, ndoA, ydcE / プラスミド: pET-SUMO / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P96622, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 #2: RNA鎖 | | 分子量: 2785.712 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically Synthesized ssRNA #3: 化合物 | ChemComp-IOD / #4: 化合物 | ChemComp-NA / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.48 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2 M sodium iodide, 20% w/v PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月7日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.5→25 Å / Num. obs: 60026 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 13.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Χ2: 1.171 / Net I/σ(I): 7.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 52.76 Å2 / Biso mean: 18.2771 Å2 / Biso min: 5.66 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→24.554 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 0.9071 Å / Origin y: 11.3641 Å / Origin z: 11.6708 Å
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精密化 TLSグループ |
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