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- PDB-4mcx: P. vulgaris HIGBA structure, crystal form 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mcx
タイトルP. vulgaris HIGBA structure, crystal form 2
要素
  • Antidote protein
  • Killer protein
キーワードTOXIN / bacterial toxins / biofilms / cell metabolism / energy metabolism / helix-turn-helix transcription factors / microbial pathogenesis / stress response / stringent response / transcription repressor / translation control / antitoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin sequestering activity / plasmid maintenance / RNA catabolic process / translation repressor activity / RNA endonuclease activity / negative regulation of cell growth / ribosome binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / negative regulation of translation / transcription cis-regulatory region binding ...toxin sequestering activity / plasmid maintenance / RNA catabolic process / translation repressor activity / RNA endonuclease activity / negative regulation of cell growth / ribosome binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / negative regulation of translation / transcription cis-regulatory region binding / protein heterodimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / mRNA binding / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Toxin HigB-1 / RelE-like toxin of type II toxin-antitoxin system HigB / Toxin-antitoxin system, antidote protein, HigA / RelE-like / YaeB-like fold / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin domain superfamily / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / lambda repressor-like DNA-binding domains ...Toxin HigB-1 / RelE-like toxin of type II toxin-antitoxin system HigB / Toxin-antitoxin system, antidote protein, HigA / RelE-like / YaeB-like fold / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin domain superfamily / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Antitoxin HigA / Endoribonuclease HigB
類似検索 - 構成要素
生物種Proteus vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Schureck, M.A. / Maehigashi, T. / Dunham, C.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structure of the Proteus vulgaris HigB-(HigA)2-HigB Toxin-Antitoxin Complex.
著者: Schureck, M.A. / Maehigashi, T. / Miles, S.J. / Marquez, J. / Cho, S.E. / Erdman, R. / Dunham, C.M.
履歴
登録2013年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月29日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antidote protein
B: Killer protein
C: Antidote protein
D: Killer protein
E: Antidote protein
F: Killer protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,8326
ポリマ－73,8326
非ポリマー00
水3,657203
1
A: Antidote protein
B: Killer protein
C: Antidote protein
D: Killer protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2214
ポリマ－49,2214
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7150 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area17330 Å2
手法PISA
2
E: Antidote protein
F: Killer protein

E: Antidote protein
F: Killer protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2214
ポリマ－49,2214
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_875-x+3,-y+2,z1
Buried area7070 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area16990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.503, 120.503, 64.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-212-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Antidote protein / Host inhibition of growth A


分子量: 11549.950 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus vulgaris (バクテリア) / 株: UR-75 / 遺伝子: higA / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7A224
#2: タンパク質 Killer protein / Host inhibition of growth B


分子量: 13060.770 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus vulgaris (バクテリア) / 株: UR-75 / 遺伝子: higB / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7A225
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.77 %
結晶化温度: 293.15 K / pH: 4.6
詳細: 25% PEG 4000, 90 mM sodium acetate pH 4.6, 180 mM ammonium acetate, 4% acetone (w/v), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: KOHZU DIAMOND MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→31 Å / Num. obs: 30863 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 34.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.957 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å30.79 Å
Translation2.5 Å30.79 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER2.3.0位相決定
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4MCT

4mct


解像度: 2.1→30.79 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.211 1242 4.56 %
Rwork0.173 --
obs0.174 27208 99.8 %
all-27208 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4403 0 0 203 4606
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114486
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1796053
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5541674
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071670
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006778
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.28810.27521390.21942866X-RAY DIFFRACTION100
2.2881-2.39220.29911430.21862853X-RAY DIFFRACTION100
2.3922-2.51820.23631360.20242877X-RAY DIFFRACTION100
2.5182-2.67590.2431350.20052881X-RAY DIFFRACTION100
2.6759-2.88240.23291360.20262853X-RAY DIFFRACTION100
2.8824-3.17220.25991380.2012893X-RAY DIFFRACTION100
3.1722-3.63060.17781370.16742887X-RAY DIFFRACTION100
3.6306-4.57180.17781360.1372915X-RAY DIFFRACTION100
4.5718-30.79350.19011420.15362941X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3375-0.36730.58642.2292-0.29460.72740.1523-0.13710.21650.1787-0.15640.0115-0.1011-0.06500.3535-0.04370.02570.3575-0.02810.277188.63897.059430.7633
24.06431.3731-0.48012.56420.12493.8991-0.0150.360.1645-0.32620.0050.2031-0.1433-0.38310.00090.36090.0644-0.01740.31970.03470.286488.3766105.715113.0867
31.0227-0.2984-0.48622.21890.77621.50830.1735-0.0248-0.17670.2483-0.03570.00150.2065-0.026900.3693-0.0522-0.01330.32990.00990.287192.718379.045431.0586
43.80481.84860.59182.50590.62314.6342-0.00780.2589-0.2569-0.12230.2008-0.3280.0150.33710.00180.29390.0089-0.01460.3257-0.07730.333693.456970.69313.3157
52.5650.24630.1131.5310.2420.61970.1289-0.2975-0.1014-0.0133-0.04940.1930.0058-0.093500.2431-0.0326-0.0050.29720.02410.2713113.27298.48579.2707
63.5307-1.2410.65573.0721-0.91872.83560.11490.3628-0.281-0.4429-0.04860.09210.22440.03670.00420.3179-0.0135-0.05310.2645-0.05790.2833105.520994.3239-8.3273
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D
5X-RAY DIFFRACTION5chain E
6X-RAY DIFFRACTION6chain F

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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