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万見
- PDB-4mcm: Human SOD1 C57S Mutant, As-isolated -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mcm
タイトルHuman SOD1 C57S Mutant, As-isolated
要素Superoxide dismutase [Cu-Zn]
キーワードOXIDOREDUCTASE / HUMAN CU / ZN SUPEROXIDE DISMUTASE / ANTIOXIDANT / METAL-BINDING / AMYOTROPHIC LATERAL SCLEROSIS / DISULFIDE BOND
機能・相同性
機能・相同性情報


action potential initiation / response to antipsychotic drug / neurofilament cytoskeleton organization / response to carbon monoxide / relaxation of vascular associated smooth muscle / regulation of organ growth / dense core granule / response to superoxide / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / peripheral nervous system myelin maintenance ...action potential initiation / response to antipsychotic drug / neurofilament cytoskeleton organization / response to carbon monoxide / relaxation of vascular associated smooth muscle / regulation of organ growth / dense core granule / response to superoxide / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / peripheral nervous system myelin maintenance / anterograde axonal transport / protein phosphatase 2B binding / regulation of T cell differentiation in thymus / 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く / regulation of GTPase activity / retina homeostasis / auditory receptor cell stereocilium organization / cellular response to potassium ion / hydrogen peroxide biosynthetic process / retrograde axonal transport / myeloid cell homeostasis / superoxide anion generation / superoxide metabolic process / response to copper ion / superoxide dismutase / muscle cell cellular homeostasis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / superoxide dismutase activity / heart contraction / cellular response to ATP / cellular response to cadmium ion / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / transmission of nerve impulse / regulation of multicellular organism growth / ectopic germ cell programmed cell death / response to axon injury / ovarian follicle development / neuronal action potential / positive regulation of superoxide anion generation / axon cytoplasm / removal of superoxide radicals / embryo implantation / reactive oxygen species metabolic process / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / positive regulation of phagocytosis / dendrite cytoplasm / placenta development / thymus development / positive regulation of cytokine production / response to amphetamine / regulation of mitochondrial membrane potential / determination of adult lifespan / glutathione metabolic process / response to hydrogen peroxide / locomotory behavior / sensory perception of sound / response to nutrient levels / mitochondrial intermembrane space / negative regulation of inflammatory response / regulation of blood pressure / small GTPase binding / Platelet degranulation / peroxisome / response to heat / protein-folding chaperone binding / cytoplasmic vesicle / spermatogenesis / gene expression / negative regulation of neuron apoptotic process / intracellular iron ion homeostasis / response to ethanol / positive regulation of MAPK cascade / lysosome / positive regulation of apoptotic process / response to xenobiotic stimulus / mitochondrial matrix / copper ion binding / neuronal cell body / apoptotic process / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / : / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 1. / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Superoxide dismutase [Cu-Zn]
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Sea, K. / Sohn, S.H. / Durazo, A. / Sheng, Y. / Shaw, B. / Cao, X. / Taylor, A.B. / Whitson, L.J. / Holloway, S.P. / Hart, P.J. ...Sea, K. / Sohn, S.H. / Durazo, A. / Sheng, Y. / Shaw, B. / Cao, X. / Taylor, A.B. / Whitson, L.J. / Holloway, S.P. / Hart, P.J. / Cabelli, D.E. / Gralla, E.B. / Valentine, J.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Insights into the role of the unusual disulfide bond in copper-zinc superoxide dismutase.
著者: Sea, K. / Sohn, S.H. / Durazo, A. / Sheng, Y. / Shaw, B.F. / Cao, X. / Taylor, A.B. / Whitson, L.J. / Holloway, S.P. / Hart, P.J. / Cabelli, D.E. / Gralla, E.B. / Valentine, J.S.
履歴
登録2013年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月24日Group: Database references
改定 1.22015年2月11日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
C: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
D: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
E: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
F: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
G: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
H: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
I: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
J: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
K: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
L: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,65350
ポリマ－189,73812
非ポリマー2,91538
水19,7081094
1
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1739
ポリマ－31,6232
非ポリマー5507
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2270 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area13800 Å2
手法PISA
2
C: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
D: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0778
ポリマ－31,6232
非ポリマー4546
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1980 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area13960 Å2
手法PISA
3
E: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
F: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0778
ポリマ－31,6232
非ポリマー4546
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2110 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area13840 Å2
手法PISA
4
G: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
H: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1739
ポリマ－31,6232
非ポリマー5507
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2110 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area14000 Å2
手法PISA
5
I: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
J: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0778
ポリマ－31,6232
非ポリマー4546
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1910 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area14030 Å2
手法PISA
6
K: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
L: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0778
ポリマ－31,6232
非ポリマー4546
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2120 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area13910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.530, 163.883, 174.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Superoxide dismutase [Cu-Zn] / Superoxide dismutase 1 / hSod1


分子量: 15811.496 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP residues 2-154 / 変異: C57S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOD1 / プラスミド: YEP351-HSOD / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P00441, superoxide dismutase
#2: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1094 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.11 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M bis-tris, 25% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 108701 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 32.9 Å2 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 25.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 10297 / Rsym value: 0.482 / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1161)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1AZV

1azv


解像度: 2.2→29.836 Å / SU ML: 0.3 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2621 5325 4.98 %random
Rwork0.2105 ---
obs0.213 106830 98.18 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.836 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13310 0 94 1094 14498
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00813588
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15418344
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9154862
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0742015
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042472
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.2250.35511570.28072982X-RAY DIFFRACTION88
2.225-2.25120.32621510.27033128X-RAY DIFFRACTION91
2.2512-2.27860.32491570.26733145X-RAY DIFFRACTION93
2.2786-2.30740.321710.25943209X-RAY DIFFRACTION94
2.3074-2.33780.33361950.25423243X-RAY DIFFRACTION96
2.3378-2.36980.30371440.25233279X-RAY DIFFRACTION96
2.3698-2.40360.28361650.25063344X-RAY DIFFRACTION97
2.4036-2.43950.33241590.25313290X-RAY DIFFRACTION97
2.4395-2.47760.28551920.25523359X-RAY DIFFRACTION98
2.4776-2.51820.29031700.2563388X-RAY DIFFRACTION99
2.5182-2.56160.36852070.25543368X-RAY DIFFRACTION99
2.5616-2.60820.29932100.24033328X-RAY DIFFRACTION99
2.6082-2.65830.35291710.24883435X-RAY DIFFRACTION100
2.6583-2.71250.32261840.24463356X-RAY DIFFRACTION99
2.7125-2.77150.28311800.23723457X-RAY DIFFRACTION100
2.7715-2.83590.29281860.23733394X-RAY DIFFRACTION100
2.8359-2.90670.32271730.24713436X-RAY DIFFRACTION100
2.9067-2.98530.26031760.23433463X-RAY DIFFRACTION100
2.9853-3.0730.3061760.23583410X-RAY DIFFRACTION100
3.073-3.17210.2941780.22263438X-RAY DIFFRACTION100
3.1721-3.28530.27472080.21193431X-RAY DIFFRACTION100
3.2853-3.41670.26991840.21053450X-RAY DIFFRACTION100
3.4167-3.5720.25872060.20893461X-RAY DIFFRACTION100
3.572-3.75990.24561630.19313442X-RAY DIFFRACTION100
3.7599-3.9950.22091860.18883471X-RAY DIFFRACTION100
3.995-4.30260.20781740.16833481X-RAY DIFFRACTION100
4.3026-4.73410.23341800.16113506X-RAY DIFFRACTION100
4.7341-5.41560.22661530.16423558X-RAY DIFFRACTION100
5.4156-6.80960.19581800.19013561X-RAY DIFFRACTION100
6.8096-29.83880.19661890.19183692X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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