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- PDB-4mc7: Crystal structure of a subtype N11 neuraminidase-like protein of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mc7
タイトルCrystal structure of a subtype N11 neuraminidase-like protein of A/flat-faced bat/Peru/033/2010 (H18N11)
要素NEURAMINIDASE
キーワードVIRAL PROTEIN / bat / influenza
機能・相同性Neuraminidase - #10 / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Yang, H. / Carney, P.J. / Chang, J.C. / Guo, Z. / Stevens, J.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2013
タイトル: New world bats harbor diverse influenza a viruses.
著者: Tong, S. / Zhu, X. / Li, Y. / Shi, M. / Zhang, J. / Bourgeois, M. / Yang, H. / Chen, X. / Recuenco, S. / Gomez, J. / Chen, L.M. / Johnson, A. / Tao, Y. / Dreyfus, C. / Yu, W. / McBride, R. / ...著者: Tong, S. / Zhu, X. / Li, Y. / Shi, M. / Zhang, J. / Bourgeois, M. / Yang, H. / Chen, X. / Recuenco, S. / Gomez, J. / Chen, L.M. / Johnson, A. / Tao, Y. / Dreyfus, C. / Yu, W. / McBride, R. / Carney, P.J. / Gilbert, A.T. / Chang, J. / Guo, Z. / Davis, C.T. / Paulson, J.C. / Stevens, J. / Rupprecht, C.E. / Holmes, E.C. / Wilson, I.A. / Donis, R.O.
履歴
登録2013年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEURAMINIDASE
B: NEURAMINIDASE
C: NEURAMINIDASE
D: NEURAMINIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,58213
ポリマ－162,4974
非ポリマー1,0859
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10000 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area49730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.374, 164.358, 214.912
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: TRP / End label comp-ID: TRP / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 75 - 437 / Label seq-ID: 11 - 373

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

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要素

#1: タンパク質
NEURAMINIDASE


分子量: 40624.199 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/flat-faced bat/Peru/033/2010 (H18N11) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 mM calcium acetate, 10% PEG8000, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月27日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→44.835 Å / Num. all: 39587 / Num. obs: 39587 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.99→3.11 Å / % possible all: 93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0111精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化解像度: 2.99→44.835 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 42.396 / SU ML: 0.338 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.431 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26009 2121 5.1 %RANDOM
Rwork0.21431 ---
all0.22 39587 --
obs0.21667 39587 93.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 80.133 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.01 Å20 Å2-0 Å2
2---0.31 Å20 Å2
3----3.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.99→44.835 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11164 0 61 0 11225
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02211528
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4221.94515684
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.37251448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.85324.16500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.56151780
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9651552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21712
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0218832
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2791 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)
1ATIGHT POSITIONAL0.05
2BTIGHT POSITIONAL0.06
3CTIGHT POSITIONAL0.05
4DTIGHT POSITIONAL0.05
1ATIGHT THERMAL11.05
2BTIGHT THERMAL12.58
3CTIGHT THERMAL10.22
4DTIGHT THERMAL10.6
LS精密化 シェル解像度: 2.99→3.067 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.426 111 -
Rwork0.339 2638 -
obs--88.45 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4694-0.6868-0.0141.25440.67411.7795-0.05080.0030.040.1135-0.0167-0.03420.1496-0.07990.06760.1689-0.0269-0.01690.0357-0.02960.067956.774624.07181.175
20.9036-1.27910.27971.9735-0.57280.5265-0.1804-0.19240.25870.31980.2114-0.4409-0.0160.1913-0.0310.14220.0724-0.15960.2081-0.16970.264219.682166.979265.4586
31.5464-0.83421.05671.4096-0.23021.3856-0.2185-0.04840.12530.2883-0.06580.0247-0.2473-0.14130.28430.35890.1082-0.20250.2054-0.1830.215939.55356.6983100.2611
41.3656-1.23930.45251.83950.14391.27070.31530.47520.1217-0.3225-0.3766-0.0326-0.09150.00160.06120.23310.1646-0.05630.3803-0.07750.196337.141734.45345.932
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A75 - 437
2X-RAY DIFFRACTION1A501
3X-RAY DIFFRACTION2B75 - 437
4X-RAY DIFFRACTION2B501
5X-RAY DIFFRACTION3C75 - 437
6X-RAY DIFFRACTION3C501
7X-RAY DIFFRACTION4D75 - 437
8X-RAY DIFFRACTION4D501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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