PDB-4mbu: Crystal structure of N-acetyltransferase from Staphylococcus aure...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mbu

タイトル

Crystal structure of N-acetyltransferase from Staphylococcus aureus Mu50

要素

Similar to N-acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / N-acetyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

N-acetyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Srivastava, P. / Khandokar, Y. / Forwood, J.K.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Structural characterization of a Gcn5-related N-acetyltransferase from Staphylococcus aureus.
著者: Srivastava, P. / Khandokar, Y.B. / Swarbrick, C.M. / Roman, N. / Himiari, Z. / Sarker, S. / Raidal, S.R. / Forwood, J.K.

履歴

登録	2013年8月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年2月17日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2019年7月17日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mbu.cif.gz	146.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mbu.ent.gz	114.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mbu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4mbu_validation.pdf.gz	436.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4mbu_full_validation.pdf.gz	436.3 KB	表示
XML形式データ	4mbu_validation.xml.gz	16.6 KB	表示
CIF形式データ	4mbu_validation.cif.gz	23.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/4mbu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/4mbu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4lua 4m85
類似構造データ	2hau-1 6gl3-d 1gg2-d 4f9f-3 5dyh-1 5huu-d 3p3i-d 2hav-2 4d8m-d 3v6s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (3) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Similar to N-acetyltransferase

B: Similar to N-acetyltransferase

ヘテロ分子

39 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Similar to N-acetyltransferase

B: Similar to N-acetyltransferase

ヘテロ分子

A: Similar to N-acetyltransferase

B: Similar to N-acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.490, 78.860, 66.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.95, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-206- PO4

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.712427, -0.011989, 0.701644), (-0.011743, -0.999918, -0.005162), (0.701648, -0.004562, -0.712509)	22.44245, 2.42636, -54.87635

#1: タンパク質	Similar to N-acetyltransferase 分子量: 18949.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 株: Mu50 / 遺伝子: N-acetyltransferase, SAV2529 / プラスミド: pMCSG21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q99RA6, UniProt: A0A0H3JXG2*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.69 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.047 M cadmium sulfate hydrate, 0.094 M HEPES pH 7.5,0.94 M sodium acetate trihydrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月13日
放射	モノクロメーター: Silicon Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→31.52 Å / Num. all: 82832 / Num. obs: 23855 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
CCP4		モデル構築
REFMAC	5.7.0032	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
CCP4		位相決定
Blu-Ice	(McPhillips	データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.15→33.15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.884 / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 21.22 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2226	1299	5.17 %
R_work	0.1854	-	-
obs	0.1873	23855	99.32 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.875 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→33.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2647	0	18	266	2931

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2721
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.021	3686
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.891	970
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	397
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	466

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1501-2.2362	0.2623	161	0.1935	2623	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2362-2.3379	0.2819	136	0.2101	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3379-2.4611	0.2251	141	0.1929	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4611-2.6153	0.2488	125	0.2024	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6153-2.8171	0.249	160	0.2038	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8171-3.1004	0.2464	147	0.1978	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1004-3.5486	0.2132	127	0.1791	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5486-4.4691	0.182	168	0.1575	2643	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4691-33.1541	0.195	134	0.1784	2664	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0618	0.045	-0.0064	0.0429	0.0102	0.0437	0.0775	0.0051	0.0521	0.0123	0.0408	0.0296	0.0138	-0.0821	0.1056	0.044	-0.0501	0.0844	0.083	0.0146	0.2137	106.1975	-3.6254	32.9245
2	0.0525	0.0313	-0.0199	0.0235	-0.0143	0.0082	0.0068	0.0297	0.0494	0.0277	-0.0217	0.0785	0.0246	-0.0339	-0.0203	-0.0206	-0.1357	0.0069	0.1364	0.005	0.0826	105.4702	-9.9976	27.392
3	0.0092	0.0074	-0.0015	0.0151	-0.0002	0.0005	-0.0037	-0.0057	0.0233	0.0086	-0.0283	0.0426	0.0074	-0.0262	-0.0144	0.0291	-0.052	-0.021	0.0464	-0.0329	0.0303	117.1397	-7.0103	24.8085
4	0.0094	-0.0006	0.0012	0.0031	-0.0011	0.0005	-0.018	0.0093	0.0166	0.0047	0.0023	-0.0068	0.0676	-0.0153	-0	0.0949	-0.0271	0.0068	0.0555	-0.0131	0.0598	119.7226	-12.6633	27.6404
5	0.0017	0.001	0.0018	0.0022	0.0004	0.0035	0.0031	-0.0137	0.0038	0.0067	-0.0035	-0.0085	-0.0053	-0.0096	0.0011	0.0453	-0.0234	-0.0649	0.0259	-0.0112	0.0517	127.7439	-6.4106	31.6924
6	0.0342	-0.0049	-0.0282	0.0294	0.0085	0.0225	0.0218	0.016	0.0109	0.0183	0.0267	-0.0028	0.0006	-0.0052	0.0057	0.0674	0.0244	-0.0052	0.0434	-0.0011	0.0529	123.5572	3.6429	26.9025
7	-0.0018	0.0006	0.0024	0.0062	0.005	0.0058	0.0017	-0.0012	-0.0066	-0.018	-0.0008	0.0155	0.0329	-0.0286	0.0085	0.1826	0.0263	-0.1108	0.0015	0.0639	-0.0466	120.6639	3.3839	-3.3011
8	0.0201	0.0056	-0.0186	0.0068	-0.0101	0.0215	0.0529	-0.0138	-0.0076	-0.085	-0.0179	0.0276	0.0287	-0.0454	0.0142	0.0882	0.0309	-0.0457	0.1067	0.0872	0.0792	116.9845	11.0173	-0.4239
9	0.033	0.0114	0.0251	0.0094	0.0079	0.0194	0.0729	-0.0167	-0.008	-0.0587	-0.0217	0.0012	0.0234	-0.0337	0.0032	0.07	0.0154	0.0052	0.0414	0.013	0.0563	123.4976	7.9129	9.4565
10	0.0052	0.002	0.0057	0.0072	0.0028	0.0102	0.0279	0.0118	0.0221	0.0228	0.0211	0.0076	0.0047	-0.0057	0.0121	0.1032	0.0396	0.0249	0.0521	0.0237	0.0682	127.4244	13.5093	9.3358
11	0.0053	0.0079	-0.0053	0.0118	-0.0083	0.0056	0.0176	-0.0043	0.0103	-0.0079	-0.0132	-0.0156	-0.0118	0.0185	0.0013	0.0276	-0.0219	0.034	0.0486	0.0275	0.1123	135.9904	7.1312	12.026
12	0.0031	-0.0001	0.0058	0.0009	-0.0017	0.0043	0.0119	-0.0062	0.0063	-0.0245	-0.0003	-0.0095	0.0264	-0.001	0	0.083	-0.0054	-0.0009	0.0766	0.0108	0.0517	129.4894	-2.8057	12.4318

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -2 through 34 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 35 through 69 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 70 through 94 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 95 through 123 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 124 through 141 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 142 through 162 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 34 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 35 through 69 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 70 through 94 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 95 through 123 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 124 through 141 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 142 through 162 )

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