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- PDB-4mbu: Crystal structure of N-acetyltransferase from Staphylococcus aure... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4mbu | ||||||
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Title | Crystal structure of N-acetyltransferase from Staphylococcus aureus Mu50 | ||||||
![]() | Similar to N-acetyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / N-acetyltransferase | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Srivastava, P. / Khandokar, Y. / Forwood, J.K. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural characterization of a Gcn5-related N-acetyltransferase from Staphylococcus aureus. Authors: Srivastava, P. / Khandokar, Y.B. / Swarbrick, C.M. / Roman, N. / Himiari, Z. / Sarker, S. / Raidal, S.R. / Forwood, J.K. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 146.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 114.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 436.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 436.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 16.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 23.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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Components
#1: Protein | Mass: 18949.441 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: Mu50 / Gene: N-acetyltransferase, SAV2529 / Plasmid: pMCSG21 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-CD / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.13 Å3/Da / Density % sol: 60.69 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 0.047 M cadmium sulfate hydrate, 0.094 M HEPES pH 7.5,0.94 M sodium acetate trihydrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 13, 2013 |
Radiation | Monochromator: Silicon Double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.15→31.52 Å / Num. all: 82832 / Num. obs: 23855 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 23.875 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.15→33.15 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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